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[辅助/分析程序] 求推荐计算RRKM的软件及使用KiSThelP遇到的问题

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本帖最后由 快乐如我 于 2018-8-1 16:06 编辑

请教群里各位前辈如何通过RRKM计算反应速率。。。
我从网上搜了一下,也专门学习了一下sob老师的帖子,其中使用KiSThelP计算反应速率常数的,但里面没有涉及RRKM的讨论,我翻看了软件手册,还是不太懂:
1) 需要输入反应物的the depth of the Lennard-Jones potential well in kelvin和collision diameter。。。
    但我计算的反应物只是一个反应中间体,其越过能垒生成另一个中间体的速率,该如何确定这些值呢?
2)另外从一个中间体解离成两个产物的速率,中间不需要过渡态,又该如何计算呢?

此外,MultiWell这个软件不知道有木有人尝试过呢?



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发表于 Post on 2018-8-1 05:44:16 | 只看该作者 Only view this author
1 自行获得参数。可通过势能面扫描拟合中间体与环境分子之间的质心距离曲线,用LJ势拟合,来确定这俩参数
2 看情况。可能变分RRKM理论会有用

如果你的目的不是计算压力依赖的k,没必要用RRKM。高压极限下RRKM和TST结果是相同的。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-1 16:06:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-1 05:44
1 自行获得参数。可通过势能面扫描拟合中间体与环境分子之间的质心距离曲线,用LJ势拟合,来确定这俩参数
...

非常非常感谢老师的解答。
还有个问题想请教一下sob老师,如果我只是用您帖子里提到的VTST方法,在计算没有过渡态的产物解离情况,怎么做IRC计算得到输入文件呢?

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发表于 Post on 2018-8-1 23:03:32 | 只看该作者 Only view this author
快乐如我 发表于 2018-8-1 16:06
非常非常感谢老师的解答。
还有个问题想请教一下sob老师,如果我只是用您帖子里提到的VTST方法,在计算 ...


IRC和平时完全一样,只不过对于正则变分过渡态理论,需要手动对TS附近的IRC各个点做振动分析,看IRC上有没有自由能极大点
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-2 01:58:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-1 23:03
IRC和平时完全一样,只不过对于正则变分过渡态理论,需要手动对TS附近的IRC各个点做振动分析,看IRC上 ...

好的,我试一下,谢谢老师

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发表于 Post on 2018-9-12 10:16:32 | 只看该作者 Only view this author
Sobereva老师,我用KiSThelP计算反应速率常数,昨天还能计算,但今天我一打开这个软件,打算构建用于TST计算的反应路径的.kinp文件的时候,就显示错误,但我的IRC文件是正常结束的,请问下老师,这个问题该如何解决呢?显示的错误如下图所示。

QQ图片20180912101113.png (31.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 109)

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发表于 Post on 2018-9-12 10:47:00 | 只看该作者 Only view this author
陈丢丢 发表于 2018-9-12 10:16
Sobereva老师,我用KiSThelP计算反应速率常数,昨天还能计算,但今天我一打开这个软件,打算构建用于TST计 ...

本来就不应该用IRC任务的输出文件
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发表于 Post on 2018-9-12 11:06:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-12 10:47
本来就不应该用IRC任务的输出文件

谢谢sobereva老师。我一下子给看叉了,应该是用OUT文件,我刚才又用了OUT文件尝试计算了,我计算两个反应,一个OUT文件在构建.kinp文件时会跳出来如下图所示的窗口,另外一个OUT文件就不会跳出,直接让我命名保存,请问下老师,这是因为什么呢?

QQ图片20180912110230.png (35.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 95)

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陈丢丢 发表于 2018-9-12 11:06
谢谢sobereva老师。我一下子给看叉了,应该是用OUT文件,我刚才又用了OUT文件尝试计算了,我计算两个 ...

因为这是多步任务
不用管那个提示
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sobereva 发表于 2018-9-12 11:09
因为这是多步任务
不用管那个提示

好的,好的,谢谢老师!

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发表于 Post on 2019-3-22 22:47:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-1 05:44
1 自行获得参数。可通过势能面扫描拟合中间体与环境分子之间的质心距离曲线,用LJ势拟合,来确定这俩参数
...

sob老师能不能稍微详细解释一下这个1 自行获得参数,我最近在做一个自由基的研究,要知道这个自由基单分子解离和异构化的速率常数,需要用RRKM,但是那俩参数,我完全不知道怎么获得,你的这个解释我还是不是很明白,麻烦解释的详细一些,找了半天也没找到,只有您能帮我了

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发表于 Post on 2019-3-23 03:34:25 | 只看该作者 Only view this author
xuejunfei1987 发表于 2019-3-22 22:47
sob老师能不能稍微详细解释一下这个1 自行获得参数,我最近在做一个自由基的研究,要知道这个自由基单分 ...

用量化扫描二者间的距离,用Origin拟合势能曲线。善用本论坛首页google框
不可能每一步都详细说明,那就成写专题文章了
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发表于 Post on 2020-3-31 12:41:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-23 03:34
用量化扫描二者间的距离,用Origin拟合势能曲线。善用本论坛首页google框
不可能每一步都详细说明,那就 ...

请问一下,在用rrkm求速率时,软件中还提到dilute gas 的the depth of the Lennard-Jones potential well in kelvin和collision diameter。假如我不考虑与其它环境分子的作用,这里都写0吗?
如果是就会跳出警告说too many evaluations excption error. problem encounted while performing 3-parameters arrhenius fit during the optimization procedure. 然后得到的能量速率什么的都是NaN

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发表于 Post on 2020-4-1 03:19:27 | 只看该作者 Only view this author
最爱喵星人 发表于 2020-3-31 12:41
请问一下,在用rrkm求速率时,软件中还提到dilute gas 的the depth of the Lennard-Jones potential well ...

有这个问题体现你完全没搞懂RRKM的基本原理,多看看相关知识再做计算
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