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[综合交流] 确定磷光材料在器件和溶液中的发射波长

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发表于 2018-8-3 10:16:50 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 柒月小鱼 于 2018-8-3 10:22 编辑

现在有这样几个问题想和大家交流下
背景:一种Pt的金属配合物,在溶液中的实验测得磷光发射波长在450nm(我直接用高斯优化单个分子得到的发射波长在450附近),在薄膜中测得的发射波长为650nm,我很感兴趣
一:为此我用GMX来进行了两步操作:1是能量最小化,2是升温退火得到分子在器件中的相对空间构型
二:把得到的heat-npt.gro文件用VMD打开,另存为heat-npt.pdb文件,取中心分子5埃内(这个范围合适么)的所有分子得到test.pdb文件
三:在高斯中用oniom的方法,是用PM6D3计算低层更好对吧,很有可能是分子间弱相互作用造成的
#p ONIOM(b3lyp/genecp EmpiricalDispersion=GD3BJ:UFF=QEq)=Embedcharge  opt scf=(maxcyc=400,conver=8)
#p ONIOM(b3lyp/genecp EmpiricalDispersion=GD3BJ:PM6D3) opt scf=(maxcyc=400,conver=8)
然后分别计算基态和激发态,得到高层中心分子的相对能量差
四:我还想对基态和激发态振动分析来得到振动分辨光谱,所以对外层做背景电荷处理#p pop=chelpg nosymm,然后做振动分析,希望能够同时得到不同掺杂量的发光体的发射光谱的情况
我以上的思路有问题么,还请各位多多指教

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发表于 2018-8-3 14:05:48 | 显示全部楼层
咨询一下:
一:为此我用GMX来进行了两步操作:1是能量最小化,2是升温退火得到分子在器件中的相对空间构型.
1.你这个无序的构型如何选取的,如何确定你最后这个薄膜构型?是去了最后一帧?
2.MD计算的时候,GAFF力场参数如何调节?
3.有了薄膜结构,如何搭建的QM/MM计算模型?选取哪一部分为QM?
三:在高斯中用oniom的方法,是用PM6D3计算低层更好对吧,很有可能是分子间弱相互作用造成的。
4. 你这个内层QM用色散。g16支持。但是,准确性用不用测试呢?我的意思是,你这个加的色散,是对QM加的吧。高斯16虽然能计算。但是靠谱吗?
我不太懂,咨询你一下。
四:我还想对基态和激发态振动分析来得到振动分辨光谱,所以对外层做背景电荷处理#p pop=chelpg nosymm,然后做振动分析,希望能够同时得到不同掺杂量的发光体的发射光谱的情况。
5. 这个不同掺杂量,是做盒子的时候塞入的分子数目不一样?然后MD之后,聚集的不一样。

以上是我的个人理解哈,不一定对。特来请教楼主。
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 楼主| 发表于 2018-8-3 16:01:37 | 显示全部楼层
本帖最后由 柒月小鱼 于 2018-8-3 17:30 编辑
小范范1989 发表于 2018-8-3 14:05
咨询一下:
一:为此我用GMX来进行了两步操作:1是能量最小化,2是升温退火得到分子在器件中的相对空间构 ...

一.1.我是直接把分子投进去,应该是有很大的随意性的,取跑完后稳定的最后一帧
3.选取一个客体分子为中心
我也是刚做,大概的流程是这样
三.4.G09不支持在内层加色散校正么,不晓得诶?
四.5.我是这样想的,不同的聚集情况,可能对实际的构型有一定的影响,光谱是与振动模式很相关的

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发表于 2018-8-3 20:17:51 | 显示全部楼层
柒月小鱼 发表于 2018-8-3 16:01
一.1.我是直接把分子投进去,应该是有很大的随意性的,取跑完后稳定的最后一帧
3.选取一个客体分子为中 ...

偶,这样子。
.“选取一个客体分子为中心”  那你这里面不止一个客体分子吧,这样的选取,有什么意义吗?是不是有点随性?个人理解哈,不一定对。
“.G09不支持在内层加色散校正么,不晓得诶?”。应该不支持。即使16支持,但是,可靠性如何呢?
个人见解。
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 楼主| 发表于 2018-8-3 20:31:41 | 显示全部楼层
小范范1989 发表于 2018-8-3 20:17
偶,这样子。
.“选取一个客体分子为中心”  那你这里面不止一个客体分子吧,这样的选取,有什么意义吗 ...

所以我在还在考虑
我的选取确实存在随机性,不过我是想着还要做oniom的计算,可能说的过去,不太懂,请指教

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发表于 2018-8-3 23:53:14 | 显示全部楼层
柒月小鱼 发表于 2018-8-3 20:31
所以我在还在考虑
我的选取确实存在随机性,不过我是想着还要做oniom的计算,可能说的过去,不太懂,请 ...

之前我知道动力学结束之后,选择oniom 不能随便乱选。因为一帧里面很多客体。清华有一个文章,选取了很多来做qmmm ,你查查,一个动力学的,我手机没有
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发表于 2018-8-4 07:28:14 | 显示全部楼层
小范范1989 发表于 2018-8-3 20:17
偶,这样子。
.“选取一个客体分子为中心”  那你这里面不止一个客体分子吧,这样的选取,有什么意义吗 ...

G16在ONIOM中用色散校正没有问题
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发表于 2018-8-4 07:36:22 | 显示全部楼层
对于算激发能的目的,低级别方法应当用UFF=QEq结合电子嵌入。低级别若用半经验,是没法在高层计算激发态的时候体现低层的影响的。

默认就是conver=8,完全没必要写
强烈不建议写maxcyc=几百
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
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发表于 2018-8-4 09:09:38 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-8-4 07:28
G16在ONIOM中用色散校正没有问题

谢谢sob老师。
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 楼主| 发表于 2018-8-4 09:25:18 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-8-4 07:36
对于算激发能的目的,低级别方法应当用UFF=QEq结合电子嵌入。低级别若用半经验,是没法在高层计算激发态的 ...

好的老师,我是想得到两个电子态的绝热能,然后代入发射系数公式得到发射波长的
谢谢老师在关键词方面的提醒

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 楼主| 发表于 2018-8-4 09:42:48 | 显示全部楼层
本帖最后由 柒月小鱼 于 2018-8-4 09:56 编辑
小范范1989 发表于 2018-8-3 23:53
之前我知道动力学结束之后,选择oniom 不能随便乱选。因为一帧里面很多客体。清华有一个文章,选取了很多 ...

好的,非常谢谢
Electrostatic Interaction-Induced Room-Temperature Phosphorescence in Pure Organic Molecules from QM/MM Calculations (DOI: 10.1021/acs.jpclett.6b01156)
您说的这篇文章呢么,我看到他们是把分子摆好了计算的QM/MM,而不是升温退火,我不太懂哈,觉得这样得到的是一个均匀混合的状态
不过您说的这个问题太致命了,我@sobereva 老师,该怎么取这个来算oniom
谢谢您

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发表于 2018-8-8 15:27:18 | 显示全部楼层
本帖最后由 让你变成回忆 于 2018-8-8 15:30 编辑
柒月小鱼 发表于 2018-8-4 09:42
好的,非常谢谢
Electrostatic Interaction-Induced Room-Temperature Phosphorescence in Pure Organic ...

两种分子混合时用MD模拟得到的薄膜,然后以guest为中心,选择一定半径范围的周围分子作为环境来考察,这样的做法是没有任何问题的。你取的5埃明显取得太小,5埃甚至连qm分子周围的第一层环境分子都无法完全包含。
而真正的问题在于:MD模拟中,不同guest分子周围的环境一定是不同的,这对guest分子本身的影响更大(比如对guest分子的结构、guest分子受到的极化等)。而你仅仅只取MD模拟的某一帧来分析,完全没有普适性,因为MD模拟薄膜,会出现所谓的动态、静态能量无序等问题,每一个guest位点的能量无序一定是不同的。比较稳妥的做法是要对不同的site,分别进行时间平均、系综平均,然后通过无序分布的标准差来分析问题。

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 楼主| 发表于 2018-8-9 12:45:56 | 显示全部楼层
让你变成回忆 发表于 2018-8-8 15:27
两种分子混合时用MD模拟得到的薄膜,然后以guest为中心,选择一定半径范围的周围分子作为环境来考察,这 ...

非常谢谢您的回复,我仔细去了解您所告知的
谢谢您

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 楼主| 发表于 2018-8-23 10:08:35 | 显示全部楼层
小范范1989 发表于 2018-8-3 20:17
偶,这样子。
.“选取一个客体分子为中心”  那你这里面不止一个客体分子吧,这样的选取,有什么意义吗 ...

师兄我刚刚测试了
09e版本是支持在内层加色散作用的
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