在服务器上安装高斯出问题

lastzealot

我把一个g09forlinux.rar文件解压后，通过ftp传到了服务器上。然后开始安装，遇到问题：

1. 首先进入/g09/bsd执行install，成功安装
2. 用vi .bashrc进入，然后修改bashrc文件，修改后其内容为
# .bashrc

# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
        . /etc/bashrc
fi

# User specific aliases and functions
export GAUSS_EXEDIR=/db/home/haha/g09/
export G09ROOT=/db/home/haha/g09/
export GAUSS_SCRDIR=/db/home/haha/g09/tmp/
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/$G09ROOT
export PATH=/db/home/haha/g09/:$PATH
3. 在g09文件夹中新建scratch和tmp文件夹
4. 执行bashrc文件   source ~/.bashrc，结果每次都出现   -bash: /db/home/haha/g09/gau-machine: Permission denied    错误


请问这到底是怎么回事？
谢谢大家。

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1、假定你说的不是源代码编译，因为我估计你没有源代码
2、假定你的~/.bashrc内容是完全的，其实可能你遗漏或隐藏了某段代码
3、假定2成立的话，则你除了修改~/.bashrc以外，肯定还执行了其他操作。比如大胆修改了/etc/bashrc，或者在/etc/profile.d/目录下新增了类似于g09.sh之类的配置文件，否则根本不会出现对gau-machine的调用，除非假定1错误，你是真有源代码试图自己编译
4、假定你获得的rar最初是在linux下压缩的（可能性不大，linux默认不支持rar，需要另行安装），而你先在windows下解压了，再上传到linux上的。
以上假定成立的话，显然你错在不该在windows下解压导致文件属性丢失。
如果最初rar就是在windows下压缩获得的，则更是错误，根本就不应该这样做。
其实在linux下压缩用rar就不是很好的选择，更何况win/linux混用。。直接tar个tgz来多好。。。如果你还能获取在linux下的gaussian，重新做成tgz吧。

sobereva

向linux机子传一堆文件时不要用.rar，个人建议压缩成.zip（winrar就支持），在Linux下直接就能解zip包。

如果你要安装的是已经编译好的版本，不要做第一步
G09ROOT必须写成小写，而且应当指向/db/home/haha
不要自己去这么设LD_LIBRARY_PATH、PATH

简单来说，这么设就行了：

解压到/sob下
建立/sob/g09/scratch
在/root/.bashrc里加入
export g09root=/sob
export GAUSS_SCRDIR=/sob/g09/scratch
source /sob/g09/bsd/g09.profile
在g09/Default.Route里面设定默认参数，如
-M- 3000MB
-P- 4

如果运行时提示
files in the gaussian directory are world accessible. this must be fixed
则在Gaussian目录下运行chmod 750 -R *

lastzealot

sobereva 发表于 2015-5-7 05:52
向linux机子传一堆文件时不要用.rar，个人建议压缩成.zip（winrar就支持），在Linux下直接就能解zip包。

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感谢大神

江占

sobereva 发表于 2015-5-7 05:52
向linux机子传一堆文件时不要用.rar，个人建议压缩成.zip（winrar就支持），在Linux下直接就能解zip包。

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你好
    我老板购买了一台电脑   Linux系统的  如果直接安装的高斯的话该怎么安装  我看了网上的教程   设置了不行啊

sobereva

江占 发表于 2015-12-25 18:30
你好
    我老板购买了一台电脑   Linux系统的  如果直接安装的高斯的话该怎么安装  我看了网上的教程   ...

3L的做法肯定没问题，没弄好的话是缺乏Linux基础知识

江占

sobereva 发表于 2015-12-26 07:22
3L的做法肯定没问题，没弄好的话是缺乏Linux基础知识

谢谢  我去试试

molu851

有可能是上传文件的时候处于root用户，所以导致文件是root用户下的，后面普通用户登录，会遇到这种被拒绝的提示，需要修改文件的组和用户，再更新一下环境变量即可。