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计算化学公社

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[综合交流] 计算分子内质子转移的轨迹,该用什么软件呢?大家来给我的想法提提意见吧

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发表于 2018-8-8 07:43:55 | 显示全部楼层 |阅读模式
苯环上有一个氨基(-NH3)、一个羧基(-COOH),质子在这两个基团之间转移,如果要计算这个质子的运动轨迹,有没有哪款免费软件能算全过程呢?
感觉已有的各种分子模拟软件都是针对周期性体系的,那我这个不是周期性的,就是单个分子(目前不考虑溶剂),不知能不能用那些软件,如果能用,用哪款最适合?并且,该选哪种算法,velocity verlet? Leapfrog? 还是别的?
如果真的没有一款软件能算这种东西,需要我手动一步一步的计算的话,大家看看我这个方案可行不可行:假设每一步的步长是1飞秒(这个是不是太长了呢?),我每一步用Gaussian里的DFT方法(DFT算这个是不是足够了?)算质子受力,然后根据这个力把质子移动到下一飞秒它该在的位置,然后再进行DFT计算,这样一步一步的算,直到质子最终和另一基团成键。
但是我对这个一步一步手算的方案有一个很大的疑问:每一步DFT计算时,Gaussian算出的都是能量最低的电子结构,但是在现实中,这个质子转移的过程中,不一定总是能量最低的结构(在几个飞秒内它不能迅速转换电子结构以达到能量最低),那我这样算出来的质子运动轨迹,是不是就和现实有很大偏差了?这种情况有解决办法吗?如果用分子模拟软件,会不会也出现这种情况?
谢谢大家花时间阅读我这么多问题!