计算分子内质子转移的轨迹，该用什么软件呢？大家来给我的想法提提意见吧

yflchx

算一算 发表于 2018-8-10 18:37
谢谢这个建议。我去Gaussian官网看了一下BOMD，没太明白它这个步长是怎么弄的……它原话是这么写的：
St ...

这个跟轨线积分的算法有关系。Gaussian里面的BOMD默认用Hessian-based predictor-corrector（预测-校正）方法，此时的步长单位是sqrt(amu)*bohr，跟构建即时势能面有关。默认步长为0.25 sqrt(amu)*bohr，相当于stepsize=2500。

这种方法需要update Hessian，一般选取update=5左右比较理想（权衡计算耗时和能量守恒）。当然，如果模拟时间过长（比如若干个ps），能量守恒也会明显变差。

我没测试过GradientOnly，不确定GradientOnly是不是用的Velocity-Verlet。如果设定步长为1fs，太大了吧？

sobereva

算一算 发表于 2018-8-10 18:37
谢谢这个建议。我去Gaussian官网看了一下BOMD，没太明白它这个步长是怎么弄的……它原话是这么写的：
St ...

论坛里就有过讨论，可以首页google框搜索
amu1/2*Bohr是质权坐标的单位。高斯里有固定距离步长的算法，也有固定时间步长的算法

算一算

yflchx 发表于 2018-8-10 19:37
这个跟轨线积分的算法有关系。Gaussian里面的BOMD默认用Hessian-based predictor-corrector（预测-校正） ...

谢谢批评我的步长。其实我不知道该选多大的步长合适。我隐约觉得，如果是velocity verlet或者leapfrog的话，也许步长大一点也没事……

yflchx

算一算 发表于 2018-8-12 04:20
谢谢批评我的步长。其实我不知道该选多大的步长合适。我隐约觉得，如果是velocity verlet或者leapfrog的 ...

可以测试，选择步长要确保：

1.能量守恒、角动量守恒如何？

2.相同的初始条件，轨迹之情形基本不受步长影响。



注：BOMD对于稍微大些的体系，非常耗时。

算一算

sobereva 发表于 2018-8-11 06:49
论坛里就有过讨论，可以首页google框搜索
amu1/2*Bohr是质权坐标的单位。高斯里有固定距离步长的算法， ...

搜到了，谢谢。另外我还想问一下，4楼和5楼都提到了用IRC解决这个问题，但是我觉得用MD可以加入键的振动，所以更真实一点。但是我有一点担忧就是，如果用MD算的话，每一步都是重新去找最稳定的电子结构，那么有可能出现在短短几步内在不同的PES之间切换的局面，而现实中，短时间内不会在不同的势能面间切换，所以这就导致MD的结果不那么真实，从这个角度讲，或许IRC更真实一点。您对此怎么看？

算一算

yflchx 发表于 2018-8-12 08:32
可以测试，选择步长要确保：

1.能量守恒、角动量守恒如何？

谢谢这么迅速的回复。我刚才找了一个很简单的小分子试探了一下BOMD，发现那个ETOT一直是在变的，这个是我的问题吗，还是高斯的问题？我原以为这个计算会是constant energy的，看到总能量一直在变，有点懵

yflchx

算一算 发表于 2018-8-12 08:41
谢谢这么迅速的回复。我刚才找了一个很简单的小分子试探了一下BOMD，发现那个ETOT一直是在变的，这个是我 ...

所谓总能量守恒是指总能量守恒到一个很小的能量范围，并非固定数值不变。

比如：短时，1ps左右的基本应该守恒到 10^（-5）hartree，也就是说总能量浮动在这个范围之内。

既然准备用Gaussian里面的BOMD，H. B. Schlegel组的文章（BOMD计算相关的）应该先读几篇。


如果总能量浮动过大，减小步长试试。减小步长、提高SCF收敛标准、增加DFT积分格点都是解决途径。

k64_cc

质子转移的时间步长常用0.5fs，因为氢原子质量太小，不支持太大的时间步长。
以及MD能跨越的势垒也就是3/2kbT的大小。势垒低于这个数，就平衡好然后祈祷；势垒如果高于这个数，可以在TS做起点跑一堆轨迹分析动力学。
如果选择从TS开始跑轨迹，那么请别用Gaussian直接跑BOMD，好歹也要先预平衡一下……

算一算

k64_cc 发表于 2018-8-13 12:00
质子转移的时间步长常用0.5fs，因为氢原子质量太小，不支持太大的时间步长。
以及MD能跨越的势垒也就是3/2 ...

预平衡是什么意思?