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[GROMACS] 模拟液体粘度时,用gmx energy命令怎么没有1/viscosity那一项

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发表于 2018-8-8 17:44:10 | 显示全部楼层 |阅读模式
模拟液体粘度时,nvt 200ps,npt200ps,用gmx energy 命令怎 么没有1/viscosity那一项,在最后npt.mdp文件中添加了cos-acceleration=0.05

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发表于 2018-8-8 18:12:57 | 显示全部楼层
只要操作完全正确,没有理由没有那一项
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 楼主| 发表于 2018-8-8 18:39:56 | 显示全部楼层
什么问题会导致这样的情况呢

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 楼主| 发表于 2018-8-8 20:04:49 | 显示全部楼层
一个是我的mdp文件,一个是报错,那个cos-acceleration应该怎么添加到里面
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发表于 2018-8-9 01:38:51 | 显示全部楼层
mdp里cos-acceleration 拼错了

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发表于 2018-8-9 01:40:08 | 显示全部楼层
P coupling 去掉。最好用NVE。模拟时间最少20 ns

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 楼主| 发表于 2018-8-9 09:06:55 | 显示全部楼层
wbn 发表于 2018-8-9 01:40
P coupling 去掉。最好用NVE。模拟时间最少20 ns

为什么要用NVE呢,我用了NVT.NPT有什么不合理吗

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发表于 2018-8-9 09:45:43 | 显示全部楼层
shanxitaiyuan 发表于 2018-8-9 09:06
为什么要用NVE呢,我用了NVT.NPT有什么不合理吗

cos-accelaration和pressure coupling 好像不兼容。NVT也可以,但是一般NVE artifect 可能会小一些。当然这也有可能是迷信

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发表于 2018-8-10 05:08:57 | 显示全部楼层
原作者是在NVT下做的,NVT下做比用NPT原理上应该更严格些,但我用NPT做过,结果也很合理
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 楼主| 发表于 2018-8-11 19:34:12 | 显示全部楼层
好的,谢谢
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