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[GROMACS] 怎么用gromacs中的alchemy算相对自由能?

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发表于 2018-8-9 15:33:28 | 显示全部楼层 |阅读模式
大家好:
我目前想要基于某一个分子,稍作修改进成为其他分子,我想要计算这两个分子的相对自由能,我查到可以用gromacs中alchemy的办法。也找到了相关文献,但是没有找到相关教程,不知道具体该怎么去做,mdp该怎么设置,top该怎么修改,该怎么去跑模拟。请问各位大神谁有这方面的经验或者教程,求指导,万分感谢!

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发表于 2018-8-10 04:54:05 | 显示全部楼层
注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助(见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html),给你改了
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
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 楼主| 发表于 2018-8-10 10:10:43 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-8-10 04:54
注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助(见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html),给你 ...

非常抱歉,下次我会注意的。

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发表于 2018-8-10 20:02:01 | 显示全部楼层

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发表于 2018-8-13 11:40:26 | 显示全部楼层
给你来个中文的

https://jerkwin.coding.me/GMX/GMXtut-6/%E6%A6%82%E8%BF%B0

Alchemistry这玩意很靠谱了,只要体系别炸就行(狗头

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 楼主| 发表于 2018-8-29 20:35:25 | 显示全部楼层
k64_cc 发表于 2018-8-13 11:40
给你来个中文的

https://jerkwin.coding.me/GMX/GMXtut-6/%E6%A6%82%E8%BF%B0

十分感谢,但是这个链接打不开了,请问有其他的教程吗?
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