VMD升级后分子内参数文件怎样生成？

赵云跳槽

以前我是用VMD 1.9.1版本的，在Extensions -- Modeling -- Parameterization Tool中导入分子pdb，opt文件和freq文件就可以得到分子内键长，键角和二面角参数文件了
现在我改为了VMD 1.9.3版本，参数工具路径改为了Extensions -- Modeling -- Force Field Toolkit了，导入opt文件和freq文件后生成不了分子内参数啊
请有检验的同学帮忙下。
另外，每个项目中都需要导入psf文件，这是什么东西？我是单分子，有了pdb文件还不够吗

赵云跳槽

我又重新看了下，VMD 1.9.1的Extensions -- Modeling中也有Force Field Toolkit，说明VMD1.9.3版本只是把Parameterization Tool删了

我在网上搜索了下，发现有这个 http://www.quantumchemistry.net/book/export/html/27

1. ParaTools：研究势能面的脚本程序。
   
2. https://github.com/alexei-matveev/pts
   
3. http://hub.darcs.net/amgarching/pts

复制代码

可惜的是，看不懂程序说明（Latex写了，都没看到安装说明），直接悲剧了

赵云跳槽

我再具体问下，如果我想得到C60分子的分子内力常数，这个键长常数，键角常数和二面角常数怎样得到？
一般分子可以使用扫描方法得到这些量，C60分子应该不行
另外，可以认为所有C原子是同一种类型吗？但我看到优化后的分子的键长并不完全相同，尤其带电荷的情况
但如果区分C原子类型的话，怎样区分也是个问题。

fhh2626

The current version of the CGenFF program at paramchem.org will accept fullerenes, albeit with warnings. As can be read in the change log, the reason for this is that the diameter of the buckyball will be a bit too small; this could be remedied by defining a new atom type, copying all the parameters from CG2R61, then setting the reference value for the bond to 1.42 rather than 1.3750 (with thanks to Christian Schönbeck for pointing this out). We have a separate script for graphene structures but it suffers the same shortcoming when applied to C60.
https://www.charmm.org/ubbthread ... at&Number=34288

diaok

赵云跳槽 发表于 2018-8-16 16:34
我又重新看了下，VMD 1.9.1的Extensions -- Modeling中也有Force Field Toolkit，说明VMD1.9.3版本只是把Pa ...

paratool还能调出来      只是面板上没放出来
在tkconsole里面输入paratool就行

赵云跳槽

diaok 发表于 2018-8-18 12:32
paratool还能调出来      只是面板上没放出来
在tkconsole里面输入paratool就行

确实可以，谢谢

虽然还是和VMD 1.9.1 版本一样，导入C60的pdb出错

qcy6830100

楼主你好，我刚开始学习vmd然后从本帖知道蛋白质结合的小分子的力场要用paratool建立，我看了一下用户手册，想请问是不是edit-atom properties中的原子类型要自己一个个手选，还是有更便捷的方法？然后是否有例子可以学习或者视频可以跟着学习一遍流程？？？感谢你的帮助，希望能得到解答。