酶分子纳米管固定化求助

kunkun · 发表于 Post on 2015-5-7 18:41:17

用ambertools14的tleap将蛋白和纳米管结合到了一个【molecule】里后。想通过一个限制势来模拟酶分子固定在纳米管上。但是在升温后，正式MD时，酶分子的锚定残基和纳米管上的距离并没有保持在限制的距离2.6A。而纳米管一直在滚动运动..
也尝试过加大限制的力。还是没固定住..
MDP：限制势相关的设置。

title = MD

define = -DBOND; restrain protein and nano tube

disre = simple

disre-weighting = equal

disre-fc = 10000

disre-tau = 0

nstdisreout = 100

限制文件通过
gmx genrestr -f complex -n index -o bond.itp -disre_dist 2.6 生成

索引文件index 只有锚定的赖氨酸N原子和与其最近的纳米管C原子。

还请有相关经验的同学告知告知

sobereva · 发表于 Post on 2015-5-7 19:03:03

何必用限制文件，直接手动加个bond项或者distance_restraints不就得了，这样自己也放心

kunkun · 发表于 Post on 2015-5-7 19:12:14

本帖最后由 kunkun 于 2015-5-7 19:16 编辑

sobereva 发表于 2015-5-7 19:03
何必用限制文件，直接手动加个bond项或者distance_restraints不就得了，这样自己也放心

谢谢sob老师，我刚才试了加了个bond在【bond】里..tpye 5 原始距离从4.5跑到了10A。。，还是跑偏了... tpye6 grmpp error...
现在再去试试distance_restraints。。但是我看manual里面的的限制文件内容也和自己写的差不多,至少内容是一样的哇

kunkun · 发表于 Post on 2015-5-7 20:00:24

sobereva 发表于 2015-5-7 19:03
何必用限制文件，直接手动加个bond项或者distance_restraints不就得了，这样自己也放心

sob老师，尝试了只在top里写距离限制也还是跑了...
谷歌也有人说可能是原子序号写错了，但是我对着VMD里的标记出限制原子的index来编写的。应该也没错啊..
真是纳闷了

sobereva · 发表于 Post on 2015-5-7 20:34:36

注意VMD里index是从0开始编号的

kunkun · 发表于 Post on 2015-5-7 21:20:11

sobereva 发表于 2015-5-7 20:34
注意VMD里index是从0开始编号的

！！谢谢老师提醒！！这点真没注意到。
而且我还发现了更严重的问题...
distance-restraint中。限制势距离的单位是nm。。
所以..2.6是nm单位。。而不是2.6A..正确的命令应该是：gmx genrestr -f complex -n index -o bond.itp -disre_dist 0.26

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