使用Multiwfn结合VMD批量绘制轨道

让你变成回忆

最近在论坛里见大家讨论如何绘制分子的静电势讨论得比较多，由于本人在论坛里获得了无数次的帮助，因此也分享一下自己平时画轨道（如分子轨道、NTO轨道等）的经验。

其实在sob老师的博文《使用Multiwfn观看分子轨道：http://sobereva.com/269》也仔细讨论了这个方法，不过我用的方法与sob老师的方法略有不同，尤其是在利用Linux版本的VMD批量绘制轨道图形的时候。因为平时用得较多的量化软件是Gaussian，因此这里Multiwfn的输入文件为Gaussian产生的fchk文件。

用到的文件及程序：

Gaussian产生的fchk文件；

VMD 1.9.3的Linux版本（no cuda版本）；

Multiwfn3.5版本；

下面以画分子轨道为例进行演示。

首先是产生fchk文件，关于fchk文件，在sob老师的博文《详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换：http://sobereva.com/379》进行了详细说明。另外如果需要详细了解fchk文件里的内容，建议去读Multiwfn源代码中fileIO.f90源文件中的readfch子程序。

然后用Multiwfn载入fchk文件，输入：

200

3     /Generate cube file for multiple orbitalwavefunctions

5,6  /在这里输入想要的轨道对应的编号，例如5,6分别对应HOMO,LUMO（这里的输入非常灵活，根据提示使用一遍就了解了）

3     /High quality grid, covering whole system,about 1728000 points in total  由于Multiwfn产生分子轨道的cub文件的速度非常快，所以我一般都是用High quality

1     /Output the grid data of these orbitals asseparate cube files  导为单独的cub文件以便后面利用VMD批量绘制

这样就产生了HOMO,LUMO所对应的cub文件，文件名分别为: orb000005.cub, orb000006.cub。我习惯的做法是把这两个文件改名为：orb-5.cub，orb-6.cub以便后面循环起来简单。

利用VMD导入orb-5.cub文件，然后进行如下设置（见图）：

创建三个图层，图层1在Drawing method中选择CPK用于显示分子，图层2和图层3分别绘制isovalue为正、负所对应的isosurface，isovalue我一般用0.02与-0.02。一定要把Draw和Show改为图示的Solid Surface和Isosurface。这样在VMD的Display窗口就显示了所绘制出的轨道图形。然后在VMD的main窗口中选择File->Save visualization State，保存为orb-5（注意：这里没有任何后缀，文件名之所以选择与cub文件相同，也是为了方便后面的处理）。

然后把orb-5这个可视化态的文件上传到Linux下（与之前产生cub文件的目录相同），然后对orb-5这个文件进行如下修改：

在文件的任意位置加入：axes location off （这里不清楚是为什么，即使我在前面使用取消了显示xyz轴，但是这里仍然没有这个命令，需要自己手动加上）

然后在vi的命令模式下/orb-5定位到orb-5.cub这一行，修改其路径，一般直接删除前面的路径，仅仅留下orb-5.cub就行（注意：orb-5.cub这样的行有两行，因此需要修改两个地方）。然后跳到文件的末尾，加上下面这一行：

render Tachyon orb-5.dat "tachyon -aasamples 12 orb-5.dat–res 1200 900 –format BMP –o orb-5.bmp"

PS：要用Tachyon这个命令，需要VMD正确安装

这样，VMD可视化的模板文件就已经准备好了。然后把这个模板文件进行复制、修改。例如这里还需要绘制orb-6，就cp orb-5 orb-6，然后编辑orb-6，把这里面的所有orb-5替换成orb-6即可，即在vi的命令模式下输入:1,$s/orb-5/orb-6/g

接下来就可以利用VMD产生对应轨道的bmp图片文件了。命令为：vmd < orb-5

如果想批量处理，可以写一个shell脚本，内容如下

#!/bin/bash

for inf in *.cub

do

         vmd< ${inf%.cub}

done

然后执行之便可产生该目录下所有cub文件所对应的轨道的bmp图片。

总结：这是我绘制轨道的方法，我一般是把cub文件、可视化文件均命名为相同的名字，以方便批量处理。可能有些地方可以使用脚本处理更为简洁方便（比如如何得到每个cub文件所对应的可视化态文件）。

这样比起Gaussview绘制轨道最大的好处在于分子的朝向是完全一样的（因为用Gaussview的时候我经常一不小心就会改变分子的朝向）。而且轨道图像完全可以根据自己的喜好进行各种设置。

至于其他的轨道，如做激发态常用的NTO轨道，首先是要得到对应的fchk文件，然后基于fchk文件，剩余的操作就和文中完全一致。

如大家有更好的建议，欢迎指出。

PS：这种方法是跟组里的一个师兄学的，非常感谢！

gongx

这个帖子附加的那条命令不能正常运行。以下实测可用，供参考
windows下这条可以，tachyon_WIN32.exe vmdscene.dat -format BMP -o full.bmp -trans_raster3d -res 2000 1500 -fullshade -numthreads 4 -aasamples 24；
linux下tachyon_LINUXAMD64 加绝对路径可以。

让你变成回忆

gongx 发表于 2020-6-28 12:50
这个帖子附加的那条命令不能正常运行。以下实测可用，供参考
windows下这条可以，tachyon_WIN32.exe vmdsc ...

我一直都是这样用的呀，没有任何问题。