如何利用Multiwfn计算rmsd

wILlD · 发表于 Post on 2018-8-20 16:57:53

在文献上看到有人利用Multiwfn了，激发态和基态分子的rmsd.请问已经对基态和激发态进行了优化，如何通过Multiwfn计算他们的RMSD呢

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2018-8-20 17:03:39

在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差
http://sobereva.com/290

wILlD · 发表于 Post on 2018-8-20 17:15:29

让你变成回忆发表于 2018-8-20 17:03
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差
http://sobereva.com/290

这个我也有试过，不知道是不是文件没有写好的原因，总是出错。文件内容如下：
48
0f
1 -2.3400    1.3450 -4.1230
2    0.6530    2.7660 -3.9900
3    4.9030    1.1600    1.2110
4    -3.5630 -1.4070 -2.4480
5    -3.6660 -1.3370 -0.2240
6    4.9910    0.2680    2.3660
7    4.8660 -0.7750    2.0710
8    5.9750    0.3660    2.8150
9    4.2370    0.4960    3.1300
10    5.8400    2.2800    1.1240
11    5.3860    3.2300    1.4320
12    6.6920    2.0820    1.7690
13    6.2120    2.3990    0.1070
14    3.7920    1.1190    0.3790
15    3.6140    2.0660 -0.6630
16    4.3510    2.8340 -0.8330
17    2.4900    2.0380 -1.4700
18    2.3750    2.7640 -2.2620
19    1.4700    1.0750 -1.2870
20    1.6670    0.1120 -0.2750
21    0.9320 -0.6660 -0.1370
22    2.7850    0.1340    0.5440
23    2.8750 -0.6110    1.3190
24    0.2970    1.1300 -2.1110
25    0.0320    1.9240 -3.3240
26    -1.3550    1.2740 -3.3830
27    -0.9810    0.5060 -2.1340
28    -1.6490 -0.3220 -1.2140
29    -1.1840 -0.4140 -0.2430
30    -2.8850 -0.9620 -1.3220
31    -3.3450 -1.0700    1.1710
32    -2.7730 -0.1490    1.2460
33 -4.2670 -0.9450    1.7350
34    -2.7710 -1.8830    1.6160
35    -4.8290 -1.9800 -0.6640
36    -5.8980 -2.5460    0.0260
37    -5.9420 -2.5480    1.1060
38    -6.9180 -3.1330 -0.7340
39    -7.7620 -3.5820 -0.2300
40    -6.8660 -3.1470 -2.1340
41    -7.6730 -3.6000 -2.6930
42    -5.7890 -2.5770 -2.8260
43    -5.7590 -2.5780 -3.9050
44    -4.7730 -2.0030 -2.0690
45    -3.0170 -1.4950 -3.8040
46    -1.9320 -1.5240 -3.7450
47    -3.3680 -2.4220 -4.2560
48    -3.3040 -0.6360 -4.4000

48
jifa
1    1.5710 -8.8540 -2.9690
2    -1.6690 -8.8960 -3.2840
3    -5.3830 -6.3150    1.9290
4    3.3870 -6.6150 -1.5430
5    3.7180 -7.2220    0.5240
6    -5.2290 -5.6680    3.2050
7    -4.9220 -4.7680    3.0740
8    -6.0750 -5.6550    3.6600
9    -4.5880 -6.1510    3.7320
10    -6.6970 -6.7700    1.5850
11    -6.7350 -7.7260    1.6610
12    -7.3370 -6.3770    2.1830
13    -6.9010 -6.5110    0.6850
14    -4.2990 -6.6100    1.1560
15    -4.4350 -7.3130 -0.0510
16    -5.2830 -7.5550 -0.3450
17    -3.3510 -7.6480 -0.8030
18    -3.4790 -8.1230 -1.5920
19 -2.0550 -7.3000 -0.4270
20 -1.9200 -6.5660    0.7500
21    -1.0730 -6.2970    1.0230
22 -3.0030 -6.2340    1.5100
23    -2.8730 -5.7430    2.2900
24    -0.9390 -7.7030 -1.2280
25    -0.8710 -8.4160 -2.4810
26    0.6240 -8.3730 -2.3740
27    0.4780 -7.5940 -1.1120
28    1.3770 -7.1190 -0.1950
29    1.0470 -6.8520    0.6330
30    2.7590 -7.0060 -0.4090
31    3.4810 -7.7400    1.8620
32    2.6250 -8.1760    1.8890
33    4.1700 -8.3720    2.0870
34    3.4900 -7.0170    2.4920
35    4.9590 -6.9830 -0.0260
36    6.2400 -7.0800    0.4840
37    6.3950 -7.3440    1.3610
38    7.2740 -6.7650 -0.3670
39    8.1500 -6.8210 -0.0580
40    7.0430 -6.3690 -1.6700
41    7.7690 -6.1580 -2.2130
42    5.7820 -6.2780 -2.1870
43    5.6330 -6.0150 -3.0670
44    4.7480 -6.5960 -1.3420
45    2.7560 -6.0150 -2.7090
46    1.8460 -5.7860 -2.4990
47    3.2350 -5.2220 -2.9590
48    2.7680 -6.6400 -3.4380

ABetaCarw · 发表于 Post on 2018-8-20 20:16:56

wILlD 发表于 2018-8-20 17:15
这个我也有试过，不知道是不是文件没有写好的原因，总是出错。文件内容如下：
48
0f

多了空行？

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2018-8-20 21:00:14

ABetaCarw 发表于 2018-8-20 20:16
多了空行？

估计是。
VMD载入轨迹文件的时候不需要空行。

wILlD · 发表于 Post on 2018-8-23 22:51:48

让你变成回忆发表于 2018-8-20 21:00
估计是。
VMD载入轨迹文件的时候不需要空行。

是的感谢

wILlD · 发表于 Post on 2018-8-23 22:52:23

ABetaCarw 发表于 2018-8-20 20:16
多了空行？

是的感谢指点

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