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Fu老师您好，您的教程写的很棒，但是我目前碰到了一个问题想请教一下。
目前的工作是用gmx自带的colvar研究蛋白LAP和配体TFG的解离。colvar的配置文件我放在最后。
1/从自由能曲线上看似乎很正常(图1)，但是我在动力学轨迹上看到蛋白和配体的位置并没有什么变化？（图2是gmx pairdist的数据）
2/自由能曲线上横坐标即距离的第一帧，和我对动力学轨迹第一帧的坐标不同。
3/Fullsample × dt的值就是每一步模拟的时长吗？
图3是md.colvars.trj文件的内容。
以下是colvar配置文件的内容
colvarsTrajFrequency 20000
colvarsRestartFrequency 1000000
colvar {
name dist_protein_mol
width 1.0
extendedlagrangian on
extendedFluctuation 1.0
extendedTimeConstant 200
subtractAppliedForce on
expandboundaries on
distance {
group1 {
indexGroup TGF
}
group2 {
indexGroup LAP
}
}
}
abf {
colvars dist_protein_mol
fullSamples 500
historyfreq 1000000
writeCZARwindowFile
}
metadynamics {
name eABFMetaDynamic
colvars dist_protein_mol
hillwidth 5
hillweight 0.1
welltempered on
biastemperature 4000
}
indexFile index.ndx
smp on
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发表于 Post on 2025-5-15 15:43:10
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