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[新手求助] 用Gaussian的counterpoise=2关键字计算两分子相互作用能,需要进行零点振动能校正吗?

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各位前辈好!用Gaussian的counterpoise=2关键字计算A、B两分子的相互作用能,直接读取complexation energy =      -6.56 kcal/mole (corrected)就是A、B分子在特定构型下的相互作用能吗?是否需要进行零点振动能校正吗?怎么计算这个零点振动能呢?目前使用的优化、频率验证方法是 m06-2x/6-311g(d,p)empiricaldispersion=gd3   opt freq ;能量计算方法是m06-2x/6-311+g(d,p)  EmpiricalDispersion=GD3 counterpoise=2。感谢解答!

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GOmathchem + 2 我也有同样的困惑,感谢提问和sob老师的回.

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发表于 Post on 2018-9-8 03:42:40 | 只看该作者 Only view this author

理论上研究结合能不用考虑热力学校正量(包括ZPE)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-8 08:42:40 | 只看该作者 Only view this author
嗯嗯,明白了,谢谢Sob老师解惑!

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发表于 Post on 2018-9-8 12:16:02 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-8 03:42

理论上研究结合能不用考虑热力学校正量(包括ZPE)

具体也看目的吧。比如氢键结合的二聚体,好像带零点能校正和不带零点校正的能量,实验上都可以测的

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发表于 Post on 2018-9-9 01:53:49 | 只看该作者 Only view this author
granvia 发表于 2018-9-8 12:16
具体也看目的吧。比如氢键结合的二聚体,好像带零点能校正和不带零点校正的能量,实验上都可以测的

当前没说和实验对比,跟实验对比显然得考虑热力学校正量
纯理论研究结合能不需要考虑ZPE或其它热力学校正量
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发表于 Post on 2021-1-14 05:17:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-9 01:53
当前没说和实验对比,跟实验对比显然得考虑热力学校正量
纯理论研究结合能不需要考虑ZPE或其它热力学校 ...

可以请教一下sob老师,在这种情况下,如果想算零点能怎么算呢?
因为我在计算的时候也用了counterpoise,然而freq计算在使用counterpoise和不使用counterpoise是不一样的。而counterpoise的计算只给出了最终构型的零点能校正,没有monomer的零点能矫正。

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发表于 Post on 2021-1-14 10:37:16 | 只看该作者 Only view this author
TonyAugustine 发表于 2021-1-14 05:17
可以请教一下sob老师,在这种情况下,如果想算零点能怎么算呢?
因为我在计算的时候也用了counterpoise ...

建议opt、freq时不要做counterpoise,实在怕BSSE可以把基组加大一点,或者用orca的gCP方法校正。单点能计算用counterpoise就行了。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2021-1-14 23:39:53 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-1-14 10:37
建议opt、freq时不要做counterpoise,实在怕BSSE可以把基组加大一点,或者用orca的gCP方法校正。单点能计 ...

我可以理解为用counterpoise算的单点能,再去加上用freq去算的ZPC和thermal correction,去得到最后的ZPE和thermal energy吗

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发表于 Post on 2021-1-15 01:04:22 | 只看该作者 Only view this author
你这两种结合能定义都不一样,参考态也不一样。考虑countpoise的情况,显然用的是结合之后片段的几何结构,这时候单算片段的话根本就不在极小点,频率和热力学校正量也就显得莫名其妙。类似于ALMO-EDA的那个文献里提的“绝热结合能”和“垂直结合能”的关系。如果你要算考虑热力学校正量的结合能,那片段的参考态结构也应该是各自的极小点结构,这时候也压根不存在counterpoise的问题。

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发表于 Post on 2021-1-15 07:54:18 | 只看该作者 Only view this author
TonyAugustine 发表于 2021-1-14 05:17
可以请教一下sob老师,在这种情况下,如果想算零点能怎么算呢?
因为我在计算的时候也用了counterpoise ...

类似的问题别在两个帖子里问
http://bbs.keinsci.com/thread-21294-1-1.html
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发表于 Post on 2022-8-7 13:25:32 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2021-1-15 01:04
你这两种结合能定义都不一样,参考态也不一样。考虑countpoise的情况,显然用的是结合之后片段的几何结构, ...

老师你说的ALMO-EDA是哪篇文献啊

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发表于 Post on 2022-8-7 15:37:55 | 只看该作者 Only view this author
zfy524 发表于 2022-8-7 13:25
老师你说的ALMO-EDA是哪篇文献啊

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Phys. Chem. Chem. Phys. 2017, 19, 5944--Energy decomposition analysis in an adia.pdf

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发表于 Post on 2022-8-7 16:42:10 | 只看该作者 Only view this author

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