NAMD中能否引入谐振函数的更高次项

喵帕斯 · 发表于 Post on 2018-9-11 10:04:03

fhh2626 发表于 2018-9-10 18:04
用namd 里面的 tubulated potential直接添加morse势就行了，不影响体系中的其他部分

看了一下手册，Tabulated势修改的是Non-bonded interactions，请问它能否应用于成键势？

ene · 发表于 Post on 2018-9-11 10:40:00

fhh2626 发表于 2018-9-11 09:39
你就定义几种新原子类型，其他参数都和以前的一样，就把那几个原子对的势能函数覆盖了就行

收到，谢谢您，我去尝试一下

fhh2626 · 发表于 Post on 2018-9-11 11:22:40

喵帕斯发表于 2018-9-11 10:04
看了一下手册，Tabulated势修改的是Non-bonded interactions，请问它能否应用于成键势？

morse本来就是“非键”形式的函数啊

只要E(tabulated poteitial)=E(morse) + E(vdw)就能正确描述你的体系了吧

喵帕斯 · 发表于 Post on 2018-9-11 11:25:18

fhh2626 发表于 2018-9-11 11:22
morse本来就是“非键”形式的函数啊

只要E(tabulated poteitial)=E(morse) + E(vdw)就能正确描述你的 ...

感谢指点

tjuptz · 发表于 Post on 2019-10-7 19:29:10

ene 发表于 2018-9-10 22:16
是只改变两个片段间的原子作用力，不改变片段内的作用力。就比如小分子结合到靶点上，只改变小分子和受体 ...

您好，请问您指的这种操作在GROMACS中能实现吗？我看GROMACS的手册上似乎只能对成键势用列表势

ene · 发表于 Post on 2019-10-12 23:02:19

tjuptz 发表于 2019-10-7 19:29
您好，请问您指的这种操作在GROMACS中能实现吗？我看GROMACS的手册上似乎只能对成键势用列表势

不清楚，我不太熟悉gmx

tjuptz · 发表于 Post on 2019-10-13 19:27:33

ene 发表于 2019-10-12 23:02
不清楚，我不太熟悉gmx

我找到相关说明了，gmx的非键作用也可以用列表势

tjuptz · 发表于 Post on 2020-1-6 17:45:45

本帖最后由 tjuptz 于 2020-1-6 21:18 编辑

ene 发表于 2018-9-11 10:40
收到，谢谢您，我去尝试一下

请问您是如何确定自己需要的势函数形式的呢？

tjuptz · 发表于 Post on 2020-1-6 18:04:42

请问楼主是如何获得morse势的函数参数的呢？量化拟合得到的吗

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[NAMD] NAMD中能否引入谐振函数的更高次项