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[GROMACS] gromacs模拟表面张力时同样的mdp文件换了温度出现错误

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发表于 2018-9-10 17:51:28 | 显示全部楼层 |阅读模式
gromacs模拟表面张力时, npt.mdp文件的其他参数都不变只改变了温度,308.15k时可已运行。但是改其他温度就会出现一堆错误
TE94)3GUE9MB~KE8H[AEJGH.png

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发表于 2018-9-10 18:33:40 | 显示全部楼层
遇到错误必须把报错给出来。诸如步长这种重要参数在mdp中也没体现

没特殊情况强烈不建议用反应场,对静电作用的描述不够真实也不够普适
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 楼主| 发表于 2018-9-10 18:59:56 | 显示全部楼层
本帖最后由 shanxitaiyuan 于 2018-9-10 19:05 编辑

另外 将反应场换为PME也会出现警告

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发表于 2018-9-11 05:24:53 | 显示全部楼层
shanxitaiyuan 发表于 2018-9-10 18:59
另外 将反应场换为PME也会出现警告

无标题.png
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发表于 2019-1-3 14:05:46 | 显示全部楼层
您好,请问您有模拟表面张力的教程吗?gromacs的表面张力如何计算呢
?

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发表于 2019-1-4 07:48:37 | 显示全部楼层
青青青 发表于 2019-1-3 14:05
您好,请问您有模拟表面张力的教程吗?gromacs的表面张力如何计算呢
?

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发表于 2019-1-4 09:57:02 | 显示全部楼层
我也是出现了这个报错,查了好些帖子,多次能量最小化也没用最后设置constraints=none

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发表于 2019-1-4 17:14:36 | 显示全部楼层

哇,谢谢sob老师,您给的信息太有用了!谢谢您的回复!真心想去听一下分子动力学的课程,可是没有时间,这个课件真的不能自己买吗

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发表于 2019-1-4 20:37:28 | 显示全部楼层

sob老师,您这个公式算的是平均表面张力吧,如果算某一单磷脂分子面积下的表面张力的话如何计算呢, gmx energy 后有一个#Surf*SurfTen选项,选这个直接算出来的是体系每时刻的表面张力吗?

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发表于 2019-1-5 09:17:39 | 显示全部楼层
青青青 发表于 2019-1-4 17:14
哇,谢谢sob老师,您给的信息太有用了!谢谢您的回复!真心想去听一下分子动力学的课程,可是没有时间, ...

不单独卖,见
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html

算出来的是模拟过程的平均表面张力。
#Surf*SurfTen选项用不着,应该是面积与表面张力的乘积

我看不太懂你那个问题,你可以找找类似的计算文章,一般用的公式都是我ppt里那套公式。

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本帖最后由 青青青 于 2019-1-7 10:00 编辑
sobereva 发表于 2019-1-5 09:17
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谢谢老师,不好意思老师,我没表达清楚,我是说把md模拟和LB实验的值进行比较时,比较的是Π-A曲线,如图,即单层膜压缩过程中不同单磷脂分子面积下的表面压力,这时候就要分析模拟中对应每一单磷脂分子面积下的表面张力,请问老师如何计算呢? 捕获.PNG

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发表于 2019-1-7 14:38:34 | 显示全部楼层
青青青 发表于 2019-1-7 09:59
谢谢老师,不好意思老师,我没表达清楚,我是说把md模拟和LB实验的值进行比较时,比较的是Π-A曲线,如图 ...

照常计算表面张力。用盒子X尺寸乘以Y尺寸得到膜面积,除以单层的磷脂数得到平均每个磷脂占的膜面积。用这两个数据作为图中的每个数据点,估计是你要求的。
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