运行pysoc.py后，唯独没有soc_out.dat文件产生

zhongyuabc

abin 发表于 2018-9-13 16:17
不清楚。
社长发表的Os算例。
我这里运行正常。

你这个计算TD的时候耗时多不？需要我这里帮你重新算一下不

abin

zhongyuabc 发表于 2018-9-13 16:40
你这个计算TD的时候耗时多不？需要我这里帮你重新算一下不

首先明确一个事情。

G09和G16的结果都可以处理。

ch2o0-g16.com， 该文件是pysoc里面的算例，我只是修改了输入文件名。

输入文件前几行如下：

==> ch2o0-g16.com <==

%chk=ch2o0-g16

%rwf=ch2o0-g16

# td(50-50,nstates=5) B3LYP 6-31G(d) 6D 10F nosymm GFInput

Run with G16

0 1

C         -0.131829      -0.000001      -0.000286

O          1.065288       0.000001       0.000090

H         -0.718439       0.939705       0.000097

计算后，输出结果前几行如下：

sum_soc, <S0|Hso|T1,1,0,-1> (cm-1):        64.67529       45.73233        0.00805       45.73233

sum_soc, <S0|Hso|T2,1,0,-1> (cm-1):         0.01966        0.01390        0.00002        0.01390

sum_soc, <S0|Hso|T3,1,0,-1> (cm-1):        62.21692       43.99400        0.00129       43.99400

sum_soc, <S0|Hso|T4,1,0,-1> (cm-1):        12.69759        0.01893       12.69756        0.01893

sum_soc, <S0|Hso|T5,1,0,-1> (cm-1):        13.41411        9.48521        0.00336        9.48521

参考http://bbs.keinsci.com/thread-9442-1-1.html

也能重复Os配合物的算例：

==> Os-pysoc-w-S0-geom.com <==

%mem=46GB

%CPU=0-11

%chk=Os-pysoc-w-S0-geom.chk

%rwf=Os-pysoc-w-S0-geom.rwf

! initial geom from Os-gr-opt-g16.xyz

#P b3lyp/def2TZVP scrf(solvent=CH2Cl2) TD(nstates=10,50-50) 6d 10f nosymm gfinput

td5050 with s0 geom

0 1

Os        -0.48196       -1.12900       -0.00060

C         -1.69521       -1.71037        1.36941

O         -2.39596       -2.04393        2.21170

C         -1.69545       -1.70871       -1.37110

O         -2.39655       -2.04101       -2.21359

输出结果sum_soc, <S1|Hso|T2,1,0,-1> (cm-1):       591.94128      418.56561        0.36573      418.56561， 和SOB的算例基本一致。

更换到自己的算例， Irppy3,

==> Aug16-Irppy3-pysoc-w-T1-geom-CH2Cl2-demo.com <==%mem=8GB%CPU=0-3%chk=Aug16-Irppy3-pysoc-w-T1-geom-CH2Cl2-demo.chk%rwf=Aug16-Irppy3-pysoc-w-T1-geom-CH2Cl2-demo.rwf! initial geom from Aug16-Irppy3-t1-opt-freq.xyz#P td(50-50,nstates=3) B3LYP/GenECP  6D 10F nosymm GFInput        SCRF(Solvent=dichloromethane)Run with G16, t1 geom, CH2Cl20 1Ir        -0.01623        0.00540        0.05635C         -0.62607       -1.65689        1.03633C         -1.37521       -4.13733        2.21900C         -1.49008       -1.71446        2.14630

然后无法计算。

错误信息摘要如下：

QM_code gauss_tddftopen file gaussian.log[[1, 2.1924], [3, 2.7052], [4, 2.7146]]2 2.6681['ANG', 'Zeff', 'DIP']Error when reading gaussian output

......

为了测试方便，我仅仅计算了三个态， 修改init.py如下：


head -n 15 init.py
#module called by soc.py
#general control for spin-orbit coupling calculation


import sys
#control parameter
QM_ex_flag = False #False we do QM calculation separately
QM_code = 'gauss_tddft' # gauss_tddft or tddftb
#QM_code = 'tddftb' # gauss_tddft or tddftb
#n_s = [1, 2, 3, 4, 5] #default # of excited singlets
n_s = [1, 2, 3] #default # of excited singlets
n_t = [1, 2, 3] #default # of excited triplets
#n_t = [1, 2, 3, 4, 5] #default # of excited triplets
n_g = ['True']       #default including ground state
soc_scal = 1.0 #scaling factor for Zeff in SOC operator
cicoeff_thresh = [1.0e-5] #thresh hold for ci coeff



所以涉及到的输入文件请看附件压缩包。


另，错误的原因，是不是ECP基组的问题， Irppy3中，使用的是老套的LanL2DZ;6-31G(d).

zhongyuabc

abin 发表于 2018-9-14 09:04
首先明确一个事情。 G09和G16的结果都可以处理。
ch2o0-g16.com， 该文件是pysoc里面的算例，我只是修 ...

社长好像在博文里面说啦，rwf与log的名字应该为gaussian.可能是这个原因，你试试看勒

abin

zhongyuabc 发表于 2018-9-14 11:09
社长好像在博文里面说啦，rwf与log的名字应该为gaussian.可能是这个原因，你试试看勒

我有自动运行脚本，

ln -s XXXX.log gaussian.log
ln -s XXXX.rwf gaussian.rwf

这点基础我还是能搞定的。

其实，自带的算例，以及Sob提供的算例， 我这里都可以正常运行。

zhongyuabc

abin 发表于 2018-9-14 14:17
我有自动运行脚本，

ln -s XXXX.log gaussian.log

您好，你的这个在我电脑上算出来了，我如何发给你？

ps:我觉得可能真的与命名有关，应该是要在算的时候就把名字改为gaussian，而不是在算完之后再改

abin

zhongyuabc 发表于 2018-9-14 17:59
您好，你的这个在我电脑上算出来了，我如何发给你？

ps:我觉得可能真的与命名有关，应该是要在算的时 ...

多谢多谢。

结果没有多大的意义。
我只是在写一个算例的时候，遇到这问题。

pysoc只是要求，输入文件是gaussian.log, gaussian.rwf而已。
所以只要指定，输入文件名是如此就可以。

我比较奇怪的问题是：
自带的算例，运行没有问题。

Sob提供的算例，也是没有问题。

然后在这种情况下， 我仅仅是把坐标替换为我自己的一个算例，
然后报错。

所以，我不晓得是哪里出现的问题。


另，
我使用的自动处理脚本是：

1. #!/bin/bash
   
2. for f in `ls *log`
   
3. do
   
4.         jobname=`echo $f | cut -f 1 -d. `
   
5.         #cp -f $jobname.log gaussian.log
   
6.         ln -s $jobname.log gaussian.log
   
7. 
   
8.         #cp -f $jobname.rwf gaussian.rwf
   
9.         ln -s $jobname.rwf gaussian.rwf
   
10.         /usr/bin/python pysoc.py
    
11.         #/usr/bin/python pysoc-v1.py
    
12.         mv soc_out.dat $jobname-soc_out.dat
    
13.         rm -fr gaussian.*
    
14. done
    
15. 
    
16. 
    
17. ### clean up
    
18. rm -fr molsoc.out  *coeffs  molsoc_*  mo_*  *overlap* ao_basis.dat dip_ao.dat ci_coeff.dat ene_out.dat init.pyc molsoc.inp MO_energy s_matr.dat soc_ao.dat soc_td_input.dat trans_dip_out.dat soint

复制代码

我检查了， 该脚本应该不存在问题。

这个烂脚本的意图就是，
把一堆算完的东西，堆在当前目录， 然后运行一个该脚本，
结果一股脑给出来。

zhongyuabc

abin 发表于 2018-9-15 09:24
多谢多谢。

结果没有多大的意义。

好的，如果你之前能成功算的算例也是后来再改的名字话，那出现这种情况真的好奇怪

abin

zhongyuabc 发表于 2018-9-15 10:46
好的，如果你之前能成功算的算例也是后来再改的名字话，那出现这种情况真的好奇怪

对啊，
作为一个老司机，
居然也翻车了。 我一直比较郁闷呢。

我还在琢磨这是为了什么？ 虽然我使用别的方案能解决。

zhongyuabc

abin 发表于 2018-9-15 12:47
对啊，
作为一个老司机，
居然也翻车了。 我一直比较郁闷呢。

期待你找出原因