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[GROMACS] 进行伞状采样时,发现力加到很大,还是拉不过去,能帮我看下mdp文件有没有问题

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发表于 2018-9-17 15:14:07 | 显示全部楼层 |阅读模式
一开始我是限制整个晶体的xy方向,后来限制所有磷酸根的xy方向。最后把限制条件改成只限制拉伸组的磷酸根的xy方向时,力只能加到几千,还是拉不过去。
要求只沿Z轴方向拉伸

confout.gro

325.76 KB, 下载次数: 3

grompp_nvt.mdp

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index.ndx

212.21 KB, 下载次数: 4

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发表于 2018-9-17 17:02:34 | 显示全部楼层
体系先描述一下啊,都不知道具体啥情况,还有磷酸根你指的是溶液中的?

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 楼主| 发表于 2018-9-17 17:25:43 | 显示全部楼层
zai_13 发表于 2018-9-17 17:02
体系先描述一下啊,都不知道具体啥情况,还有磷酸根你指的是溶液中的?

我把构型放上面了,就是在羟基磷灰石晶体表面有一层水溶液,取羟基磷灰石表面中间的一个磷酸根作为拉伸组

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发表于 2018-9-17 22:42:04 | 显示全部楼层
你可以把itp文件发上来看看,这种靠非键作用形成的晶体,通常情况下具有很强的分子间相互作用,你可以想象,这种非键作用代替了通常模拟键相互作用,另外,如果可能的话把轨迹文件发上来几针有助于分析问题

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 楼主| 发表于 2018-9-18 11:41:19 | 显示全部楼层
hdmd 发表于 2018-9-17 22:42
你可以把itp文件发上来看看,这种靠非键作用形成的晶体,通常情况下具有很强的分子间相互作用,你可以想象 ...

好的,马上发

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 楼主| 发表于 2018-9-18 11:46:25 | 显示全部楼层
轨迹文件太大,发不了

ca.itp

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ffzhaohap.itp

214 Bytes, 下载次数: 3

oh.itp

937 Bytes, 下载次数: 3

po4.itp

1.36 KB, 下载次数: 3

tip3p.itp

557 Bytes, 下载次数: 2

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发表于 2019-3-14 15:18:28 | 显示全部楼层
朋友 我看你出现这个问题是因为你把两个group都固定了吧?

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发表于 2019-3-15 11:30:25 | 显示全部楼层
hdmd 发表于 2018-9-17 22:42
你可以把itp文件发上来看看,这种靠非键作用形成的晶体,通常情况下具有很强的分子间相互作用,你可以想象 ...

你好! 我想请教一下,GROMACS中使用constant_force的恒力拉伸,其力常数k就是恒力的大小,我换算过来的单位比pN大很多量级。还是这个力常数根本就不是代表的外加力的大小?  我读过的文献中加的力都是pN量级,在软件中怎样确定?谢谢
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