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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn资源与经验] 使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-3 21:47:10 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-5-3 16:07
老师,想对镍卟啉二聚体进行能量分解分析,但是没有找到镍的Amber type,想请问一下老师,应该如何写?

原子类型写UF,用UFF的参数。博文里说了这点
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发表于 Post on 2021-8-6 11:14:36 | 只看该作者 Only view this author
老师,想基于amber力场进行能量分解分析,但是分子有接近200个原子,使用SAPT没有成功,同时由于存在se原子,该力场中没有se的原子类型,导致无法分析,能不能这时把se用其它原子比如碳原子替代进行分析,如果不能,还想做能量分析分析,还有什么方法吗,谢谢老师

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发表于 Post on 2021-8-6 15:04:20 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-8-6 04:14
老师,想基于amber力场进行能量分解分析,但是分子有接近200个原子,使用SAPT没有成功,同时由于存在se原子 ...

你楼上已经说了,用UFF力场的Se的参数就行了,其他仍然用Amber的参数
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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发表于 Post on 2021-8-6 18:14:18 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-8-6 15:04
你楼上已经说了,用UFF力场的Se的参数就行了,其他仍然用Amber的参数

知道了,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-31 22:59:21 | 只看该作者 Only view this author
笔者近期发表了Mat. Sci. Eng. B-Adv., 273, 115425 (2021) DOI: 10.1016/j.mseb.2021.115425,其中笔者对EDA-FF能量分解方法做了简要的介绍,并将之用于研究18碳环与石墨烯的相互作用,可以视为EDA-FF的原文。如果你将本贴介绍的EDA-FF方法应用于你的研究中,请引用这篇文章。
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发表于 Post on 2021-8-31 23:28:51 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-8-6 11:14
老师,想基于amber力场进行能量分解分析,但是分子有接近200个原子,使用SAPT没有成功,同时由于存在se原子 ...

还可以用GKS-EDA在DFT水平下做能量分解,<200个原子是算的动单点的,因此也算的动GKS-EDA
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发表于 Post on 2022-5-8 19:27:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-30 10:07
可以,但是由于AMBER/GAFF力场没有Au的参数,对Au需要用UFF(分子类型文件里对Au的原子类型写UF),实际 ...

老师请问正的和负的Total值有什么物理意义上的差别吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-9 21:41:35 | 只看该作者 Only view this author
天天121 发表于 2022-5-8 19:27
老师请问正的和负的Total值有什么物理意义上的差别吗

正说明当前结构下两个片段是彼此排斥的,负说明是吸引的
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发表于 Post on 2022-5-11 19:10:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-9 21:41
正说明当前结构下两个片段是彼此排斥的,负说明是吸引的

嗯嗯 谢谢老师

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发表于 Post on 2022-10-21 14:44:35 | 只看该作者 Only view this author
老师,如果要对结构中不同片段间的非键作用(如下图:两个取代基之间,取代基与氢)进行能量分解,通过EDA-FF有办法处理吗?如果可以,取代基的末端是通过加氢封闭吗?如果EDA-FF不能处理,有其他可行的方法吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-21 18:24:26 | 只看该作者 Only view this author
终_焉 发表于 2022-10-21 14:44
老师,如果要对结构中不同片段间的非键作用(如下图:两个取代基之间,取代基与氢)进行能量分解,通过EDA- ...

可以用EDA-FF
如果取代基就是普通的有机基团,可以用H封闭末端
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发表于 Post on 2022-10-24 15:34:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-21 18:24
可以用EDA-FF
如果取代基就是普通的有机基团,可以用H封闭末端

老师,因为取代基离得太近了,末端加氢后取代基会与封端的氢产生非键作用。除EDA-FF以外,有其他合适的分析方法吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-24 23:58:05 | 只看该作者 Only view this author
终_焉 发表于 2022-10-24 15:34
老师,因为取代基离得太近了,末端加氢后取代基会与封端的氢产生非键作用。除EDA-FF以外,有其他合适的分 ...

EDA-FF定义片段时可以不把末端的氢包含进去
另外,GAFF力场里氢的范德华参数为0,不会对范德华作用有贡献
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