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[VASP] 天河2号编译vasp有坑

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发表于 2018-10-7 17:30:18 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 sky 于 2018-10-7 17:30 编辑

默认的编译器是Intel2013,在编译vasp5.3及其以上版本时会出错,详见:http://bbs.keinsci.com/thread-10975-1-1.html

天河2号有一份makefile文件可以通过编译正常运行,但它使用的是O1优化,大约有10%左右的速度损失。使用Intel2015.1版本的编译器和O2优化才能正确编译软件。

另外顺便测试了一下编译参数:-DMPI_BLOCK=8000和-DCACHE_SIZE=8000对vasp运行速度无影响,DCACHE_SIZE从4000加到30000,电子步运行速度差异在1s以内(单步耗时接近10s)。
此外INCAR中的参数NCORE对计算速度有重大影响,记得先测试后计算,取值一般为单个节点的CPU核数,比如天河二号上应该设置NCORE = 24



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发表于 2018-10-8 15:11:45 | 显示全部楼层
“此外INCAR中的参数NCORE对计算速度有重大影响,记得先测试后计算,取值一般为单个节点的CPU核数,比如天河二号上应该设置NCORE = 24“
这个说的好在行啊!!!

我维护的机器上,一堆菜鸟,不管三七二十一,无论算什么,都要24核心并行。 (机器硬件是单节点2个12核心的处理器)。

我曾经提示部分用户,请合理控制使用CPU核心数目,并合理修正输入文件,
当然也提到过,vasp计算,为了跑得快,请根据不同的任务类型,合理调控几个效率相关的关键词。这几个关键词手册中是有的,然后被用户给无情的忽视了。 那,算的慢,不要来找我哦。

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发表于 2018-10-9 21:56:31 | 显示全部楼层
本帖最后由 LGC020305 于 2018-10-9 21:59 编辑
abin 发表于 2018-10-8 15:11
“此外INCAR中的参数NCORE对计算速度有重大影响,记得先测试后计算,取值一般为单个节点的CPU核数,比如天 ...

"一堆菜鸟,不管三七二十一,无论算什么,都要24核心并行。 (机器硬件是单节点2个12核心的处理器)"
深有同感啊,有时候很无语.
我这边,好多老师(不是菜鸟啊)每次都用全部核心并行,一下子提交几十个任务,别提多烦人了.

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发表于 2018-10-14 11:00:47 | 显示全部楼层
abin 发表于 2018-10-8 15:11
“此外INCAR中的参数NCORE对计算速度有重大影响,记得先测试后计算,取值一般为单个节点的CPU核数,比如天 ...

大拿,什么时候写个东西,让我这些新手学习一下啊。我们也想省时省核啊

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发表于 2018-10-15 08:51:55 | 显示全部楼层
wswlgh 发表于 2018-10-14 11:00
大拿,什么时候写个东西,让我这些新手学习一下啊。我们也想省时省核啊

这个很简单。

我管理的机器上,我都有指定的脚本。 并且脚本所在的目录,都有readme.txt文档。
但是,绝大多数用户,都不会看的, 都会找百度的结果来用。

我的态度是,你爱用不用。 算的慢,又不是我的事情。

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发表于 2018-11-27 09:40:53 | 显示全部楼层
abin 发表于 2018-10-15 08:51
这个很简单。

我管理的机器上,我都有指定的脚本。 并且脚本所在的目录,都有readme.txt文档。

老师,请问在天河二号上高斯计算怎样最优化?

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发表于 2018-11-27 09:47:11 | 显示全部楼层
本帖最后由 abin 于 2018-11-27 09:48 编辑
哆啦哆啦 发表于 2018-11-27 09:40
老师,请问在天河二号上高斯计算怎样最优化?


我不使用天河二号, 你问他们的技术服务呗。
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