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楼主 Author: sobereva
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[配置讨论] 计算化学购机配置推荐(100%防被无良奸商坑)

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发表于 Post on 2023-3-29 11:29:44 | 只看该作者 Only view this author
请教 sobereva老师,1.极高性能分子动力学服务器推荐配置 中 AMD Ryzen 9 7950X(16核 )跑含12000CO2的超临界CO2微乳液的分子动力学模拟能跑动么?我原来课题组的电脑是64核的可能要跑小1周,但是当时没有GPU加速,如果按您写的这个极高性能配置,要跑上述体系,要花多长时间?是否有必要换个32核、48核什么的?2.淘宝询价之后,有的配件可能比您给的价格低一些,比如九州散热器 195,金士顿内存 385*2,商家说全新装好发货,那我有什么办法确定他给的都是全新的配件么?跑分?有软件推荐?实在不太懂这方面知识,求多指教。

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发表于 Post on 2023-3-29 17:48:26 | 只看该作者 Only view this author
呆宝可乐 发表于 2023-3-29 11:29
请教 sobereva老师,1.极高性能分子动力学服务器推荐配置 中 AMD Ryzen 9 7950X(16核 )跑含12000CO2的超 ...

这种事没有人可以三言两语讲明白,你也没提供关键信息。

仔细看
http://bbs.keinsci.com/thread-33296-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-35960-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-35986-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-35988-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-30 09:46:23 | 只看该作者 Only view this author
呆宝可乐 发表于 2023-3-29 11:29
请教 sobereva老师,1.极高性能分子动力学服务器推荐配置 中 AMD Ryzen 9 7950X(16核 )跑含12000CO2的超 ...

如果你是指GROMACS里基于经典力场,跑这种体系轻轻松松
GPU加速注重CPU单核性能,而不是CPU全核的并行性能
怕被坑就京东买

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-4-5 10:55:15 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 呆宝可乐 于 2023-4-5 10:58 编辑

请教一下sob老师,1.在极高性能分子动力学服务器推荐配置 中 , AMD Ryzen 9 7950X(16核 )商家说这个级别的处理器风冷压不住,是否真的压不住呢?求指教

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发表于 Post on 2023-4-5 18:23:03 | 只看该作者 Only view this author
呆宝可乐 发表于 2023-4-5 10:55
请教一下sob老师,1.在极高性能分子动力学服务器推荐配置 中 , AMD Ryzen 9 7950X(16核 )商家说这个级别 ...

FC140等最顶级的风冷没问题,否则自己把温度墙降到85℃
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-6 06:31:10 | 只看该作者 Only view this author
呆宝可乐 发表于 2023-4-5 10:55
请教一下sob老师,1.在极高性能分子动力学服务器推荐配置 中 , AMD Ryzen 9 7950X(16核 )商家说这个级别 ...

一般使用情景下、不超频就没问题。倘若对温度很敏感,或者环境温度高,可以用更贵的阿萨辛3代或FC140等,属于顶级风冷档次,但也相差不了太多。
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发表于 Post on 2023-4-21 10:54:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva老师,你好!
关于“计算化学购机配置推荐”,http://sobereva.com/444
能不能出一个非专业人士的配置,个人使用,一万元左右的。如做药物化学的,小分子药物(分子量1000以内,原子个数100左右),既要做一些药物设计(用Python软件)、量子化学计算(用gaussian软件),又要做一些分子对接(用AutoDock Vina)、分子动力学计算(用Gromacs软件)。精度要求过得去就行。
或者说可以直接用5号配置或2+5号的配置调整一下呢?
谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-22 03:20:28 | 只看该作者 Only view this author
yangping 发表于 2023-4-21 10:54
sobereva老师,你好!
关于“计算化学购机配置推荐”,http://sobereva.com/444
能不能出一个非专业人士 ...

在一万块钱左右情况下,没法很好权衡这些要求
跑Gaussian要CPU性能,跑GROMACS要GPU性能,只有一万块钱的话,二者都很鸡肋
要是预算再多几千,CPU能上7950X,跑Gaussian等靠CPU运算的程序都不错,同时GPU能上RTX4070 Ti,跑GROMACS以及GPU加速的分子对接程序都能速度挺快。
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发表于 Post on 2023-5-18 10:40:08 | 只看该作者 Only view this author
请教一下sob老师,在极高性能分子动力学服务器推荐配置中,跑GROMACS基于经典力场,涉及GPU加速,拿到服务器看到给装了两个盘,C盘111G,D盘3.63T,1.win10系统下,因为电脑知识实在薄弱,就没有直接安装Linux系统,如果想要装虚拟机(Ubuntu),直接装在D盘合适吗?2.Ubuntu 指定磁盘容量设置多少合适?看到系统推荐20G,3.内存设置多少合适? 看系统推荐是4G,处理器是2需要修改么?;4.装好之后是否有必要进行分区呢?5.后期可能还需要安装Material Studio,那是同时安装在D盘好还是把D盘分成两个盘分别安装好一些?感谢老师回复(问的问题多有些低low,还请老师见谅!)

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发表于 Post on 2023-5-18 10:50:35 | 只看该作者 Only view this author
呆宝可乐 发表于 2023-5-18 10:40
请教一下sob老师,在极高性能分子动力学服务器推荐配置中,跑GROMACS基于经典力场,涉及GPU加速,拿到服务 ...

必须使用WSL2,才能调用GPU加速,而WSL折腾起来比物理Linux机还要麻烦;另外,在Windows下跑GMX(尤其是Windows原生版GMX)性能很差,白白浪费你的4090。所以综上所述,不建议折腾在Windows下跑GMX。
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发表于 Post on 2023-6-30 11:29:24 | 只看该作者 Only view this author
sob老师 高级双路配置 想选Intel的CPU 配置有啥推荐吗? 之前的节点使用的是Intel 8375C CPU,不想重新编译软件做两套配置

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-1 06:59:59 | 只看该作者 Only view this author
zin 发表于 2023-6-30 11:29
sob老师 高级双路配置 想选Intel的CPU 配置有啥推荐吗? 之前的节点使用的是Intel 8375C CPU,不想重新编译 ...

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发表于 Post on 2023-7-7 12:52:47 | 只看该作者 Only view this author

感谢sob老师指点~  我去了解一下

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发表于 Post on 2023-7-18 11:09:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva老师,你好!冒昧打扰!
能推荐一个配置3万左右,主要用来做第一性原理计算,用Calypso做晶体结构预测,fluent模拟,还有深度学习神经网络的配置吗?由于对cpu和gpu都有要求,所以不知道怎么选?求老师指导一下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-19 13:59:21 | 只看该作者 Only view this author
Bright.Y 发表于 2023-7-18 11:09
sobereva老师,你好!冒昧打扰!
能推荐一个配置3万左右,主要用来做第一性原理计算,用Calypso做晶体结构 ...

fluent我没使用经验,不好推荐,没法准确推荐
双路8370C+4080/4090的配置或许可以
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