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楼主 Author: sobereva
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[配置讨论] 计算化学购机配置推荐(100%防被无良奸商坑)

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发表于 Post on 2020-5-29 16:17:30 | 只看该作者 Only view this author
RTX2060 6G的价格淘宝查2000多 比一次更新推荐的GTX1080Ti便宜了好几千,性能却差不多? 有点不敢相信呢

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发表于 Post on 2020-5-29 19:13:50 | 只看该作者 Only view this author
RTX2060 6G 淘宝价格2000多 上一次更新的 GTX1080Ti  七八千 这个价格差这么多 是我查错了价格吗?确认一下 刚好要配服务器

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-30 14:31:23 | 只看该作者 Only view this author
sslc1985 发表于 2020-5-29 19:13
RTX2060 6G 淘宝价格2000多 上一次更新的 GTX1080Ti  七八千 这个价格差这么多 是我查错了价格吗?确认一下 ...

此一时彼一时
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2020-5-31 08:56:16 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,这样还要装作业系统么?另外如果比如偶尔给别人ssh用一下,或者计算的时候还得干点儿基本操作之类的小任务,要不要再配一块普通CPU来控制作业系统等额外任务?谢谢~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-31 20:45:16 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-5-31 08:56
请问老师,这样还要装作业系统么?另外如果比如偶尔给别人ssh用一下,或者计算的时候还得干点儿基本操作之 ...

机子只是自己用的话完全不需要装,我从来不装那玩意。就算偶尔有别人用,跟他说好使用规矩就行
没必要折腾作业系统
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发表于 Post on 2020-5-31 20:48:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-31 20:45
机子只是自己用的话完全不需要装,我从来不装那玩意。就算偶尔有别人用,跟他说好使用规矩就行
没必要折 ...

谢谢老师!

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发表于 Post on 2020-5-31 21:03:26 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-5-31 08:56
请问老师,这样还要装作业系统么?另外如果比如偶尔给别人ssh用一下,或者计算的时候还得干点儿基本操作之 ...

比如一台机器,也许是两个处理器,
假定有56个CPU核心。

可以在PBS调度器中,指定有55个CPU核心。

然后可以通过PBS灵活的调度自己的计算。

你要做的是,想到要算啥了,在可以区分的projet目录,运行相应的计算就可以。
系统自动处理。

也许你有两个项目要进行,
每个可能都有多个计算。
这个时候,队列控制就有一定的应用价值了。

可以参考这个,自己设定哦。
https://www.bilibili.com/video/BV1d4411r7WF/
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发表于 Post on 2020-5-31 21:39:53 | 只看该作者 Only view this author
abin 发表于 2020-5-31 21:03
比如一台机器,也许是两个处理器,
假定有56个CPU核心。

我明白这个意思,我是说有必要分出来一个核么

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发表于 Post on 2020-5-31 22:22:49 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-5-31 21:39
我明白这个意思,我是说有必要分出来一个核么

强迫症患者,会分派出来一个核心的。
因为他们还需要用这个机器浏览网页,听音乐之类的。
/手动狗头
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发表于 Post on 2020-6-2 09:48:53 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 kfwangguan 于 2020-6-2 09:51 编辑

sobereva老师您好,本人刚开始接触量化计算。以后想算一些纳米复合材料类的体系。主要用的软件是GROMACS和VASP。
我看您列出的“ 顶级量化计算用双路服务器推荐配置”:

CPU:2* XEON Platinum 8173M(28核2.0G,全核睿频到2.7G,散,无集显)2*9000
散热器:2*捷豹LGA3647散热器  2*260
主板:超微X11DAI-N(C621芯片组,集显) 3200
机械硬盘:希捷ST4000NM0033企业级4TB SATA 480
固态硬盘:PM981A 1TB 1030
内存:12*三星DDR4-2666 ECC 16GB  12*530
电源:海韵S12II-620(额定620W)或 台达NX650(额定650W) 皆530  
机箱:先马黑洞玻璃版 330
键盘鼠标:罗技MK200 多媒体套装  85
总价:约30500


如果不要机箱和键鼠,想再升级一下,预算在4万元以内,请问有没有什么建议哈,是不是需要加一块独立显卡?非常感谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-3 21:11:17 | 只看该作者 Only view this author
kfwangguan 发表于 2020-6-2 09:48
sobereva老师您好,本人刚开始接触量化计算。以后想算一些纳米复合材料类的体系。主要用的软件是GROMACS和V ...

加个RTX 2080 SUPER,电源提升到1000W左右的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-6-7 16:01:21 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 azero 于 2020-6-7 16:17 编辑

看了sob老师你的购机推荐,
1. GMX是不是2696 v3 +1080ti 跟 i5 9600KF +2060 性能差不多?
2. 感觉大体系2696V3+1080ti 优势还是比较明显吧,核心那么多

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-8 18:58:31 | 只看该作者 Only view this author
azero 发表于 2020-6-7 16:01
看了sob老师你的购机推荐,
1. GMX是不是2696 v3 +1080ti 跟 i5 9600KF +2060 性能差不多?
2. 感觉大体 ...

GPU加速时对于CPU核数没那么敏感。详见http://bbs.keinsci.com/thread-13910-1-1.html里的测试
9600KF足矣
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发表于 Post on 2020-6-8 19:50:47 | 只看该作者 Only view this author
社长这个配置含税吗?我微调了一下配置,有一家报的30250元含专票,感觉价格不错,商家说没有比他便宜的了

CPU:XEON Platinum 8173M 两颗(28核2.0G,全核睿频到2.7G,散,正式版)
散热器:捷豹LGA3647散热器  两个
主板:超微X11DAI-N(C621芯片组,集显)
机械硬盘:东芝 3TB 64MB 7200RPM (HDWD130)
固态硬盘:铠侠(Kioxia)RD10 1TB  NVMe SSD
内存:12*三星DDR4-2666 ECC 16GB
电源:海韵S12II-620(额定620W)或 台达NX650(额定650W)
机箱:先马黑洞玻璃版

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发表于 Post on 2020-6-9 08:55:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-8 18:58
GPU加速时对于CPU核数没那么敏感。详见http://bbs.keinsci.com/thread-13910-1-1.html里的测试
9600KF足 ...

SOB老师,
我之前实验室的配置是双路2696V4 + 单张 1080ti,GMX2018
12W原子的蛋白+水体系, 44核心速度明显比 22核心快 30%
而9W原子以下的蛋白+水体系,22核心是最快

会不会是 20系列跟10系列不太一样

现在换了实验室,得重新组一台,对配置非常纠结

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