关于gromacs中模拟退火的问题

lewisbase · 发表于 2018-10-8 16:17:26

请问sob老师和各位朋友，我在计算聚合物的温敏性，探究其在LCST温度上下聚合物的回旋半径等性质变化。但是计算条件有限，模拟时间无法设置的太长，现在考虑在最后的MD过程中采用周期模拟退火的方法来增加不同的构象数量，这样可行吗？目前还没有看到有文献这么做过。
我的MDP文件设置如下，只对退火完成后的部分取样进行分析。

sobereva · 发表于 2018-10-8 17:00:23

“增加不同的构象数量”意义不明
考察当前问题，应当在不同温度下分别做MD计算回转半径

lewisbase · 发表于 2018-10-8 17:51:00

sobereva 发表于 2018-10-8 17:00
“增加不同的构象数量”意义不明
考察当前问题，应当在不同温度下分别做MD计算回转半径

谢谢sob老师!抱歉没有说清楚，我已经在多个温度下进行了模拟，但是得到的结果并不明显。我想可能是模拟时间不够长，得到的构象不够多导致的。但是计算资源有限，所以想通过上述这种模拟退火的方法达到长时间模拟的效果，这样可行吗？

sobereva · 发表于 2018-10-8 18:19:28

lewisbase 发表于 2018-10-8 17:51
谢谢sob老师!抱歉没有说清楚，我已经在多个温度下进行了模拟，但是得到的结果并不明显。我想可能是模拟时 ...

做法莫名其妙，除非能找到文章表明此做法的正当性

lewisbase · 发表于 2018-10-8 19:12:59

sobereva 发表于 2018-10-8 18:19
做法莫名其妙，除非能找到文章表明此做法的正当性

好的，谢谢sob老师！

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