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[GROMACS] 关于gromacs中模拟退火的问题

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发表于 2018-10-8 16:17:26 | 显示全部楼层 |阅读模式
请问sob老师和各位朋友,我在计算聚合物的温敏性,探究其在LCST温度上下聚合物的回旋半径等性质变化。但是计算条件有限,模拟时间无法设置的太长,现在考虑在最后的MD过程中采用周期模拟退火的方法来增加不同的构象数量,这样可行吗?目前还没有看到有文献这么做过。
我的MDP文件设置如下,只对退火完成后的部分取样进行分析。


mdp文件

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发表于 2018-10-8 17:00:23 | 显示全部楼层
“增加不同的构象数量”意义不明
考察当前问题,应当在不同温度下分别做MD计算回转半径
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 楼主| 发表于 2018-10-8 17:51:00 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-10-8 17:00
“增加不同的构象数量”意义不明
考察当前问题,应当在不同温度下分别做MD计算回转半径

谢谢sob老师!抱歉没有说清楚,我已经在多个温度下进行了模拟,但是得到的结果并不明显。我想可能是模拟时间不够长,得到的构象不够多导致的。但是计算资源有限,所以想通过上述这种模拟退火的方法达到长时间模拟的效果,这样可行吗?

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发表于 2018-10-8 18:19:28 | 显示全部楼层
lewisbase 发表于 2018-10-8 17:51
谢谢sob老师!抱歉没有说清楚,我已经在多个温度下进行了模拟,但是得到的结果并不明显。我想可能是模拟时 ...

做法莫名其妙,除非能找到文章表明此做法的正当性
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 楼主| 发表于 2018-10-8 19:12:59 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-10-8 18:19
做法莫名其妙,除非能找到文章表明此做法的正当性

好的,谢谢sob老师!
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