请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 222|回复: 2

[波函数分析求助] multiwfn与vmd进行弱相互作用分析,如何一次性载入两个分子?

[复制链接]

37

帖子

0

威望

422

eV
积分
459

Level 3 能力者

发表于 2018-10-9 15:38:42 | 显示全部楼层 |阅读模式
求助
在使用multiwfn和vmd对分子体系进行弱相互作用分析的时候,如何在vmd中一次性载入两个或者多个体系,每次只能做一个,有点麻烦(尤其是想对比的时候)。
目前是在multiwfn中操作导出"fuc1.cub、fuc2.cub"两个文件,然后再在vmd中载入以下脚本便可以进行弱相互作用分析
  1. mol new func1.cub
  2. mol addfile func2.cub
  3. mol delrep 0 top
  4. mol representation CPK 1.0 0.3 18.0 16.0
  5. mol addrep top
  6. mol representation Isosurface 0.50000 1 0 0 1 1
  7. mol color Volume 0
  8. mol addrep top
  9. mol scaleminmax top 1 -0.04 0.02
  10. color scale method BGR
  11. color Display Background white
  12. axes location off
复制代码

但是如果想要一次性做两个分子体系怎么办?我目前是这么做的,把另一个分子导出的.cub文件重命名为"fuc3.cub、fuc4.cub",然后再按照以下代码重建一个.vmd文件,然后vmd载入一个体系后,再载入这个体系。
  1. mol new func3.cub
  2. mol addfile func4.cub
  3. mol delrep 0 top
  4. mol representation CPK 1.0 0.3 18.0 16.0
  5. mol addrep top
  6. mol representation Isosurface 0.50000 1 0 0 1 1
  7. mol color Volume 0
  8. mol addrep top
  9. mol scaleminmax top 1 -0.04 0.02
  10. color scale method BGR
  11. color Display Background white
  12. axes location off
复制代码

但是结果是在vmd的分子窗口中两个体系一起出现了,我只能通过在"VMD main"窗口中点击"D"来让某个分子显示或者不现实,
那么,有没有办法让两个分子各占据一个窗口,分离开他们呢,这样也方便进行比较。
求指教。

1万

帖子

25

威望

1万

eV
积分
36319

管理员

公社社长

发表于 2018-10-9 18:25:40 | 显示全部楼层
VMD只能有一个图形窗口,显示两个图形窗口你得启动两个VMD
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最流行的量子化学波函数分析程序)
计算化学公社论坛:http://bbs.keinsci.com(高水平、高人气、综合性计算化学交流论坛)
思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。用于讨论理论、计算化学,两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一概不批。研究方向和理论、计算化学无关者勿加,以免浪费宝贵的空位

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

37

帖子

0

威望

422

eV
积分
459

Level 3 能力者

 楼主| 发表于 2018-10-9 18:58:59 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-10-9 18:25
VMD只能有一个图形窗口,显示两个图形窗口你得启动两个VMD

谢谢
看来我这个方法还是比较可行的
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2018-12-16 10:31 , Processed in 0.112293 second(s), 23 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表