请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 301|回复: 5

[GROMACS] 分子动力学模拟GPU加速问题

[复制链接]

49

帖子

0

威望

161

eV
积分
210

Level 3 能力者

发表于 2018-10-9 15:57:36 | 显示全部楼层 |阅读模式
请教大家一下,分子动力学模拟GPU加速具体要怎么操作,我需要什么东西

1万

帖子

25

威望

1万

eV
积分
36319

管理员

公社社长

发表于 2018-10-9 18:16:25 | 显示全部楼层
编译GPU版GROMACS,mdrun的时候自动就会用GPU计算。

无标题.png
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最流行的量子化学波函数分析程序)
计算化学公社论坛:http://bbs.keinsci.com(高水平、高人气、综合性计算化学交流论坛)
思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。用于讨论理论、计算化学,两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一概不批。研究方向和理论、计算化学无关者勿加,以免浪费宝贵的空位

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

49

帖子

0

威望

161

eV
积分
210

Level 3 能力者

 楼主| 发表于 2018-10-10 16:35:20 | 显示全部楼层
我在ubuntu系统上安装了gromacs了,怎么再用GPU加速呢

49

帖子

0

威望

161

eV
积分
210

Level 3 能力者

 楼主| 发表于 2018-10-12 16:18:29 | 显示全部楼层
老师我的电脑显卡是 NVIDIA Corporation GK107GL [Quadro K600] 的  CPU是E3-1270 v3  @3.50GHZ的使用GPU加速运行速度会加快吗

1万

帖子

25

威望

1万

eV
积分
36319

管理员

公社社长

发表于 2018-10-13 00:37:36 | 显示全部楼层
shanxitaiyuan 发表于 2018-10-10 16:35
我在ubuntu系统上安装了gromacs了,怎么再用GPU加速呢

我已经回复得很明白了
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最流行的量子化学波函数分析程序)
计算化学公社论坛:http://bbs.keinsci.com(高水平、高人气、综合性计算化学交流论坛)
思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。用于讨论理论、计算化学,两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一概不批。研究方向和理论、计算化学无关者勿加,以免浪费宝贵的空位

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

1万

帖子

25

威望

1万

eV
积分
36319

管理员

公社社长

发表于 2018-10-13 00:38:18 | 显示全部楼层
shanxitaiyuan 发表于 2018-10-12 16:18
老师我的电脑显卡是 NVIDIA Corporation GK107GL [Quadro K600] 的  CPU是E3-1270 v3  @3.50GHZ的使用GPU加 ...

K600是极其低端显卡,GPU加速效果可忽略。
有起码1500个以上流处理器的GPU才有加速的意义
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最流行的量子化学波函数分析程序)
计算化学公社论坛:http://bbs.keinsci.com(高水平、高人气、综合性计算化学交流论坛)
思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。用于讨论理论、计算化学,两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一概不批。研究方向和理论、计算化学无关者勿加,以免浪费宝贵的空位

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2018-12-16 10:31 , Processed in 0.175470 second(s), 26 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表