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[任务提交/队列管理] Centos7 安装torque,在pbs提交作业的脚本中加入ulimit –s unlimited 报错!

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发表于 2018-10-9 17:59:46 | 显示全部楼层 |阅读模式
entOS7,运行vasp程序时会遇到segmentationfault,通过ulimit –s unlimited命令更改stack size 限制可以解决这个问题,但是在torque pbs系统下提交vasp计算还是会遇到同样的问题,做了如下尝试:
1.pbs提交作业的脚本中加入ulimit–s unlimited 则会提示/var/spool/torque/mom_priv/jobs/22.node1.SC: line 7: ulimit: stacksize: cannot modify limit: Operation not permitted
2. root账号的/etc/profile中设置ulimit –sunlimited 则提示/etc/profile: line 90: ulimit: stack size: cannot modify limit:Operation not permitted
3.尝试过在/etc/systemd/system.conf/etc/systemd/user.conf里面设置DefaultLimitSTACK=infinity,但是torque提交的任务还是会遇到segmentationfault

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发表于 2018-10-9 18:42:12 | 显示全部楼层
我用SGE队列,除了把root作为SGE队列的用户、用root提交作业之外没找到其他做法。

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 楼主| 发表于 2018-10-9 18:53:51 | 显示全部楼层
liyuanhe211 发表于 2018-10-9 18:42
我用SGE队列,除了把root作为SGE队列的用户、用root提交作业之外没找到其他做法。

请问,怎么把root作为队列的用户呢

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 楼主| 发表于 2018-10-16 09:40:23 | 显示全部楼层
本帖最后由 qishiyy 于 2018-10-16 10:25 编辑

问题已解决,在pbs_mom.service中修改了限制

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发表于 2018-10-16 16:09:02 | 显示全部楼层
qishiyy 发表于 2018-10-16 09:40
问题已解决,在pbs_mom.service中修改了限制

我也遇到一样的问题,后来解决方法是在 /etc/rc.d/init.d/pbs_mom 加入ulimit -s unlimited
修改/usr/lib/systemd/system/pbs_mom.service 改LimitSTACK=infinity好像还不够

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 楼主| 发表于 2018-10-16 18:22:04 | 显示全部楼层
xyy 发表于 2018-10-16 16:09
我也遇到一样的问题,后来解决方法是在 /etc/rc.d/init.d/pbs_mom 加入ulimit -s unlimited
修改/usr/li ...

是的,pbs_mom 和pbs_mom.service两个都设置
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