用VASP 的AIMD 计算一个开环反应求助

gaussian08 · 发表于 Post on 2018-10-10 09:26:13

大家好，我研究一个环氧化合物的开环加成反应，作为第一步，首先要研究一下开环，我用Gaussian计算反应和催化剂作用的能垒，大约在160KJ/mol。
环氧化合物很活泼，实验上这个反应很容易进行，现在想用AIMD将反应物和催化剂放在一个box，计算一下开环的过程，但是我在高温下（800k）跑了接近2ps，调温和能量都比较稳定，但并没有观察到开环的情况发生。

我不知道下面怎么办，请高手指点一下。

archer · 发表于 Post on 2018-10-10 11:28:36

为什么能垒用Gaussian算，AIMD用VASP？2ps时间是否够呢，最终构型离产物差多大？

youyno · 发表于 Post on 2018-10-10 17:07:24

CP2K的Metadynamic了解一下

一颗赛艇 · 发表于 Post on 2018-10-10 23:49:54

才2ps，眨眼都不够。直接观察差不多几百ps，至少也得好几十吧

这和你实验上“放进去就反应”差远了

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2018-10-11 02:56:20

从反应物开始跑的话，你可以跑十万条轨线再看看。

如果想从过渡态附近开始跑的话，大概几百条吧。论坛里有Progdyn，可以用于你的目的。

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2018-10-12 21:57:00

你可以先用高斯找到决速步的过渡态，然后把这个过渡态的坐标保存到新的输入文件里，关键词就用freq=hpmodes。然后你在论坛里找progdyn，把你前一步得到的输出文件改名为freqinHP，跑个一百条轨线看看是什么模样。

15whyhq · 发表于 Post on 2019-3-9 16:56:24

可以问下你用VASP跑MD的一般过程是什么样的吗？你的INCAR的参数设置可以发给我看下吗？谢谢。

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2019-3-10 02:37:19

如果能垒真是160 kJ/mol的话，实验结果应该不是“很容易进行”。也许你应该先探索一下有没有别的反应路径。至少你目前的计算的结果和实验的结果。。。吻合得不是特别好。

yydy · 发表于 Post on 2021-11-3 11:04:25

请问，AIMD算一个任务大概需要多久？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-11-3 16:01:16

yydy 发表于 2021-11-3 04:04
请问，AIMD算一个任务大概需要多久？

没有这么问问题的。显然和体系大小、模拟时间以及计算资源有关，不同情况下可以差出好几个数量级，不给这些前提没法回答。
就好比你不能问，一个国家的人口大概是多少

yydy · 发表于 Post on 2021-11-3 18:14:05

wzkchem5 发表于 2021-11-3 16:01
没有这么问问题的。显然和体系大小、模拟时间以及计算资源有关，不同情况下可以差出好几个数量级，不给这 ...

你好，比如一个分子筛体系，大概200多个原子，负载双金属，优化一个任务需要多久

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-11-3 18:30:01

yydy 发表于 2021-11-3 11:14
你好，比如一个分子筛体系，大概200多个原子，负载双金属，优化一个任务需要多久

你问的是优化还是AIMD？如果是AIMD，打算跑多少ps？

yydy · 发表于 Post on 2021-11-3 19:29:08

wzkchem5 发表于 2021-11-3 18:30
你问的是优化还是AIMD？如果是AIMD，打算跑多少ps？

其实我还没有算过，现在还在尝试摸索，一般5ps应该可以吧？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-11-3 20:34:04

yydy 发表于 2021-11-3 12:29
其实我还没有算过，现在还在尝试摸索，一般5ps应该可以吧？

取决于你要研究什么过程，不一定够，不过受限于计算资源，可能最多也就只能算几十ps，如果需要时间更长，只能用AIMD以外的其他方法解决

yydy · 发表于 Post on 2021-11-3 21:21:39

wzkchem5 发表于 2021-11-3 20:34
取决于你要研究什么过程，不一定够，不过受限于计算资源，可能最多也就只能算几十ps，如果需要时间更长， ...

谢谢你，我在考虑它的可行性，对于分子筛MFI来说，可能AIMD的适用性不会很好

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