请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 326|回复: 5

[VASP] 用VASP 的AIMD 计算一个开环反应

[复制链接]

13

帖子

0

威望

173

eV
积分
186

Level 3 能力者

发表于 2018-10-10 09:26:13 | 显示全部楼层 |阅读模式
大家好,我研究一个环氧化合物的开环加成反应,作为第一步,首先要研究一下开环,我用Gaussian计算反应和催化剂作用的能垒,大约在160KJ/mol。
环氧化合物很活泼,实验上这个反应很容易进行,现在想用AIMD将反应物和催化剂放在一个box,计算一下开环的过程,但是我在高温下(800k)跑了接近2ps,调温和能量都比较稳定,但并没有观察到开环的情况发生。

我不知道下面怎么办,请高手指点一下。

60

帖子

0

威望

1688

eV
积分
1748

Level 5 (御坂)

发表于 2018-10-10 11:28:36 | 显示全部楼层
为什么能垒用Gaussian算,AIMD用VASP?2ps时间是否够呢,最终构型离产物差多大?

170

帖子

3

威望

2581

eV
积分
2811

Level 5 (御坂)

发表于 2018-10-10 17:07:24 | 显示全部楼层
CP2K的Metadynamic了解一下
Monte Carlo

146

帖子

0

威望

940

eV
积分
1086

Level 4 (黑子)

发表于 2018-10-10 23:49:54 | 显示全部楼层
才2ps,眨眼都不够。直接观察差不多几百ps,至少也得好几十吧

这和你实验上“放进去就反应”差远了

104

帖子

0

威望

909

eV
积分
1013

Level 4 (黑子)

发表于 2018-10-11 02:56:20 | 显示全部楼层
从反应物开始跑的话,你可以跑十万条轨线再看看。

如果想从过渡态附近开始跑的话,大概几百条吧。论坛里有Progdyn,可以用于你的目的。

104

帖子

0

威望

909

eV
积分
1013

Level 4 (黑子)

发表于 2018-10-12 21:57:00 | 显示全部楼层
你可以先用高斯找到决速步的过渡态,然后把这个过渡态的坐标保存到新的输入文件里,关键词就用freq=hpmodes。然后你在论坛里找progdyn,把你前一步得到的输出文件改名为freqinHP,跑个一百条轨线看看是什么模样。
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2018-12-16 10:33 , Processed in 0.106995 second(s), 23 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表