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[VASP] 用VASP 的AIMD 计算一个开环反应

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Level 3 能力者

发表于 2018-10-10 09:26:13 | 显示全部楼层 |阅读模式
大家好,我研究一个环氧化合物的开环加成反应,作为第一步,首先要研究一下开环,我用Gaussian计算反应和催化剂作用的能垒,大约在160KJ/mol。
环氧化合物很活泼,实验上这个反应很容易进行,现在想用AIMD将反应物和催化剂放在一个box,计算一下开环的过程,但是我在高温下(800k)跑了接近2ps,调温和能量都比较稳定,但并没有观察到开环的情况发生。

我不知道下面怎么办,请高手指点一下。

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Level 5 (御坂)

发表于 2018-10-10 11:28:36 | 显示全部楼层
为什么能垒用Gaussian算,AIMD用VASP?2ps时间是否够呢,最终构型离产物差多大?

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Level 5 (御坂)

发表于 2018-10-10 17:07:24 | 显示全部楼层
CP2K的Metadynamic了解一下
Monte Carlo

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Level 4 (黑子)

发表于 2018-10-10 23:49:54 | 显示全部楼层
才2ps,眨眼都不够。直接观察差不多几百ps,至少也得好几十吧

这和你实验上“放进去就反应”差远了

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Level 4 (黑子)

发表于 2018-10-11 02:56:20 | 显示全部楼层
从反应物开始跑的话,你可以跑十万条轨线再看看。

如果想从过渡态附近开始跑的话,大概几百条吧。论坛里有Progdyn,可以用于你的目的。

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Level 4 (黑子)

发表于 2018-10-12 21:57:00 | 显示全部楼层
你可以先用高斯找到决速步的过渡态,然后把这个过渡态的坐标保存到新的输入文件里,关键词就用freq=hpmodes。然后你在论坛里找progdyn,把你前一步得到的输出文件改名为freqinHP,跑个一百条轨线看看是什么模样。

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Level 5 (御坂)

发表于 2019-3-9 16:56:24 | 显示全部楼层
可以问下你用VASP跑MD的一般过程是什么样的吗?你的INCAR的参数设置可以发给我看下吗?谢谢。

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Level 4 (黑子)

发表于 2019-3-10 02:37:19 | 显示全部楼层
如果能垒真是160 kJ/mol的话,实验结果应该不是“很容易进行”。也许你应该先探索一下有没有别的反应路径。至少你目前的计算的结果和实验的结果。。。吻合得不是特别好。
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