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[综合交流] 溶剂中算的吸附能比气相中的更负是怎么回事?

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大家好!我在计算吸附能时考虑了溶剂效应,计算结果显示溶剂中的吸附能比气相中的更负,而且随着溶剂界电常数增大,吸附能更负,请问这是怎么回事,应该从哪些方面解释,请高手指点,谢谢!

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发表于 Post on 2018-10-10 18:50:10 | 只看该作者 Only view this author
需要交代具体细节,什么溶剂模型,什么体系,带和不带溶剂模型结果分别是多少等

溶剂会屏蔽静电相互作用,通常在溶剂下吸附能会减小
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-11 13:03:57 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,您好!我计算的吸附模型输入文件如下附件,柚皮素nar吸附白藜芦醇res,采用PCM溶剂化模型,气相中吸附能为-10.717kcal/mol,丙酮中为-10.957kcal/mol,乙醇中为-10.987kcal/mol,乙腈中为-11.029kcal/mol,溶剂中的吸附能大于气相中,且随溶剂介电常数的增大,吸附能增大,这些与一般的规律相反,请问这个该如何解释?谢谢!

nar-res-eth.gjf

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发表于 Post on 2018-10-11 22:37:18 | 只看该作者 Only view this author
zml2009 发表于 2018-10-11 13:03
Sob老师,您好!我计算的吸附模型输入文件如下附件,柚皮素nar吸附白藜芦醇res,采用PCM溶剂化模型,气相中 ...

应当用SMD溶剂模型,你这个体系堆积特征很明显,溶剂的非极性部分可能产生很大影响

=noraman、=noeigen、test都是多余的
当前基组对于计算弱相互作用明显太小,最最最起码也得6-31+G*起步,你这种大小体系用6-311+G**结合counterpoise完全算得动,此时相互作用能才算达到基本定量准确的程度

先把这些问题都解决再考虑溶剂效应的事
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-12 10:34:57 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢sob老师,我之前是用6-31g*优化,6-311++g**计算单点能的,我现在按您说的溶剂模型、方法算一下!谢谢指导!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-31 12:02:10 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好!之前的问题已解决,后来计算溶剂中的吸附能时,考虑了不同溶剂的影响,吸附能大小并不是按照随介电常数增大而减小,没有一定的规律性,请问这个该从哪方面解释?谢谢!

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发表于 Post on 2019-7-31 22:44:37 | 只看该作者 Only view this author
zml2009 发表于 2019-7-31 12:02
sob老师,您好!之前的问题已解决,后来计算溶剂中的吸附能时,考虑了不同溶剂的影响,吸附能大小并不是按 ...

那你只能把吸附能里面涉及的每个因素都拆开来,至少一个或多个因素应当与介电常数有相关性
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-1 19:05:07 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师!我比较了一下,吸附体系和单个个体能量都是随介电常数增大而减小,但是吸附能与介电常数就没有相关性。另外,我用气相优化的结构直接在溶剂中计算单点能而没有优化,得出的吸附能和介电常数之间有明显的相关性,请问这种情况该如何解决,可以直接用气相结构在溶剂中算单点能进行计算吗?(之前溶剂环境中结构优化比较困难,用了一些促进收敛的方法,是不是这些会影响?)

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sobereva 发表于 2018-10-11 22:37
应当用SMD溶剂模型,你这个体系堆积特征很明显,溶剂的非极性部分可能产生很大影响

=noraman、=noeige ...

“应当用SMD溶剂模型”:是因为SMD是gaussian里现有溶剂模型里最好的(以前您有篇文章这么说来着),而PCM现在使用已经不多了?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-1 20:15:08 | 只看该作者 Only view this author
用SMD计算出来的吸附能和PCM同样没有一定的规律性

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发表于 Post on 2019-8-1 23:14:29 | 只看该作者 Only view this author
bobosiji 发表于 2019-8-1 19:51
“应当用SMD溶剂模型”:是因为SMD是gaussian里现有溶剂模型里最好的(以前您有篇文章这么说来着),而PC ...

看具体问题
如果感兴趣的不是体系能量,用SMD还是默认的IEFPCM ver.2结果通常都差不多,因为此时非极性部分的影响不显著,而用SMD做opt个别时候可能碰上难收敛。
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发表于 Post on 2019-8-1 23:15:49 | 只看该作者 Only view this author
zml2009 发表于 2019-8-1 19:05
谢谢sob老师!我比较了一下,吸附体系和单个个体能量都是随介电常数增大而减小,但是吸附能与介电常数就没 ...

这就是说明溶剂效应对各个部分都有影响,而且和eps的数值存在相关性,但合到一起后,各个因素相互抵消,导致结果缺乏规律性,这没什么不合理的地方。

如果你的体系在气相下和溶剂下优化结果本来就差不多(需要进行测试来体现),用气相结构完全可以。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-1 23:48:55 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢sob老师,谢谢bobosiji!

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