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[综合交流] MMPBSA能否用于非水相溶剂体系的结合自由能计算?

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发表于 2018-10-10 13:40:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
如题,两个有机分子在环己烷、正丁醇溶剂中做了MD模拟,接下来能用MMPBSA 计算两个分子的结合自由能吗?
我看了g_mmpbsa 和 Amber里面的MMPBSA,没有提到这一点(因为程序主要是用于计算蛋白与配体体系,都是水相)。不过,从原理上看,似乎这两个程序不能直接计算非水体系,因为溶剂化自由能ΔGsolv是通过PB或GB方式计算的,里面默认溶剂为水(ε=80),而正丁醇ε=17.8,环己烷只有1~2。
这个溶剂或ε,在g_mmpbsa或Amber中似乎没法手动设置或更改。
请问各位老师有做过类似工作的吗?有无其他程序可以实现?

以下是Amber的MMPBSA tutorial相关说明:
In the MM-PBSA approach the different contributions to the binding free energy above are calculated in various ways:
       
Solvation free energies are calculated by either solving the         linearised Poisson Boltzman or Generalized Born equation for each of the         three states (this gives the electrostatic contribution to the solvation         free energy) and adding an empirical term for hydrophobic contributions:
       
       
delta-Gvacuum is obtained by calculating the         average interaction energy between receptor and ligand and taking the         entropy change upon binding into account if necessary/desired:
       



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发表于 2018-10-10 17:31:34 | 显示全部楼层
你说的那两个没用过,这个肯定是可以的
https://mccammon.ucsd.edu/iapbs/

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发表于 2018-10-10 18:51:59 | 显示全部楼层
自己改下代码就行了,原理上完全可行
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 楼主| 发表于 2018-10-11 18:39:22 | 显示全部楼层
谢谢fhh2626和sob老师,我仔细看了g_mmpbsa的tutorial文件,里面的mdp文件应该是可以设置溶剂的介电常数。
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