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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn资源与经验] 使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频)

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发表于 Post on 2025-9-11 09:50:49 | 只看该作者 Only view this author
好的谢谢老师

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发表于 Post on 2025-9-26 16:58:40 | 只看该作者 Only view this author
请问sob社长,关于计算静电势穿透程度有个疑问,如果是比较直勾勾的穿透图(比如您196博文里的2个水分子静电势穿透),那么可以以穿透距离进行衡量。但如果是两个复杂片段,两个片段多处都有不均匀穿透,那么再以穿透距离来衡量或许就不太合适了,以穿透面积或者穿透体积更合适,那么这个有办法可以计算吗?@sobereva

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-27 01:16:54 | 只看该作者 Only view this author
121089576 发表于 2025-9-26 16:58
请问sob社长,关于计算静电势穿透程度有个疑问,如果是比较直勾勾的穿透图(比如您196博文里的2个水分子静 ...

直接用Multiwfn算整体和各个片段的体积求差便知

谈谈分子体积的计算
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北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2025-12-18 11:04:37 | 只看该作者 Only view this author
现有的这个脚本我在VMD2里面画出来总是不对,所以改了一版ESPpt.vmd。如果有人画出来也很奇怪可以试试这个模板。参考了196号社长的博文。不过color bar似乎不可以用tcl语句添加。我看vmd有一个脚本但是那个不是原生color bar。有会添加的大佬可以试试加上去。 ESPpt.vmd (780 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)
本人五年COMSOL有限元模拟+三年DFT与MD理论学习,2+3联合培养项目毕业,在英期间做过计算机视觉相关AI应用工作。目前正在寻找国内外多尺度模拟方向的PhD职位。感兴趣的老师请私信我。

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