请问如何构建非标准氨基酸残基的力场

nuu1988 · 发表于 Post on 2015-5-14 09:42:14

如题，最近遇到了点麻烦，以前看到百度微博里的帖子写的关于这个的，如今都看不到了。自己想做已经没有参考，请问各位大神如何构建非标准氨基酸残基的力场啊？

kunkun · 发表于 Post on 2015-5-14 11:32:48

同问上次在amber里面bond小分子和蛋白…提示无二面角参数。不过我想应该能用高斯来计算，但是实际怎么操作读取力常数二面角参数，还是有点困惑

fhh2626 · 发表于 Post on 2015-5-14 11:54:17

sobereva · 发表于 Post on 2015-5-14 13:36:49

kunkun 发表于 2015-5-14 11:32
同问上次在amber里面bond小分子和蛋白…提示无二面角参数。不过我想应该能用高斯来计算，但是实际怎么操作 ...

一方面可以用antechamber搞，一方面也可以先搞清楚那个二面角的原子类型，然后看看力场参数中有没有类似的能够近似代替的。若用高斯搞，可以对二面角做势能面扫描，极小点处的势能面曲率就是力常数，极小点对应的角度就是平衡角度。

kunkun · 发表于 Post on 2015-5-14 21:58:55

sobereva 发表于 2015-5-14 13:36
一方面可以用antechamber搞，一方面也可以先搞清楚那个二面角的原子类型，然后看看力场参数中有没有类似 ...

谢谢sob老师！

h626 · 发表于 Post on 2020-12-1 13:40:32

kunkun 发表于 2015-5-14 11:32
同问上次在amber里面bond小分子和蛋白…提示无二面角参数。不过我想应该能用高斯来计算，但是实际怎么操作 ...

请问你的问题解决了吗我也遇到了同样的问题

冷血 · 发表于 Post on 2021-3-28 19:41:32

本帖最后由冷血于 2021-4-7 22:50 编辑

fhh2626 发表于 2015-5-14 11:54
明明amber首页就有教程，问问题之前为什么不先搜索一下呢？

http://ambermd.org/tutorials/advanced/tut ...

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