gromacs计算面径向分布函数

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-10-15 11:33:44

请问大家一个计算两片石墨rdf的问题

请问上图的sRDF怎么做出来的？（文献 DOI: 10.1039/c7cp01277b）
gmx_mpi rdf -f npt.xtc -s npt.tpr -n index.ndx -o rdf.xvg -ref 'A' -sel 'B' (这是我的代码，计算出来的结果不对)

我计算出来，是这样

拜托拜托！

shaofeng · 发表于 Post on 2018-10-15 16:04:38

用 gmx density

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-10-15 16:08:47

shaofeng 发表于 2018-10-15 16:04
用 gmx density

您好，上图是rdf图，不是密度分布图。

beyond · 发表于 Post on 2018-10-16 00:12:38

把bin size设置大一些试试， -bin

另外还跟你的group A 与 B 有关

sobereva · 发表于 Post on 2018-10-16 01:18:36

我暂时没时间看那篇文献也不清楚模拟的具体结构，如果你是考察一种物质的密度与石墨的垂直距离的变化，用gmx density比用rdf方式展现强得多。rdf并不适合展现当前情况

shaofeng · 发表于 Post on 2018-10-17 11:32:48

不像是rdf图

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-10-18 08:53:49

sobereva 发表于 2018-10-16 01:18
我暂时没时间看那篇文献也不清楚模拟的具体结构，如果你是考察一种物质的密度与石墨的垂直距离的变化，用gm ...

感谢sob老师的回答。这是两片石墨烯的srdf图（graphene1相对于graphene2，两个平面在Z轴投影几乎重合），我问了论文作者，是他自己编的程序计算的。我自己也去试试编程吧。

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