经常遇到高斯在登录节点上运行，请问如何处理

lastzealot

如题
每次高斯在登录节点上运行都会被管理员把任务杀掉，请问如何写脚本才不会有这个问题？

这是我的脚本内容（脚本文件名为bats.sh，用setsid sh bats.sh &命令来运行）
#!/bin/bash
for inf in *.gjf
do
outf=`echo ${inf}|tr "gjf" "out"`
g09 < ${inf} > ${outf}
done


谢谢老师。

zhanfei

一般登录节点都会限制资源使用，保证大家正常登录进行设置 调试等工作，计算作业提交到指定计算队列就行了

lastzealot

zhanfei 发表于 2015-5-14 22:04
一般登录节点都会限制资源使用，保证大家正常登录进行设置 调试等工作，计算作业提交到指定计算队列就行了

管理员说需要在我的pbs脚本中增加一些内容
我就不懂了。我这个脚本也不是什么pbs脚本啊！
还需要增加哪些内容呢？

zhanfei

lastzealot 发表于 2015-5-14 22:31
管理员说需要在我的pbs脚本中增加一些内容
我就不懂了。我这个脚本也不是什么pbs脚本啊！
还需要增加哪 ...

那就是#PBS设置申请的队列 资源（节点数 cpu数） 日志文件 等等 google下或者直接问管理员，有时集群是根据标准pbs修改的有些不同

lastzealot

zhanfei 发表于 2015-5-14 22:40
那就是#PBS设置申请的队列 资源（节点数 cpu数） 日志文件 等等 google下或者直接问管理员，有时集群是根 ...

谢谢，您说的很对。
今天管理员把我的脚本修改了，改成如下格式：
#PBS -N g09
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -l walltime=7200:00:00
#PBS -q inspur
#PBS -V
#PBS -S /bin/bash
         
# code
EXEC=g09

# build nodelist
cd $PBS_O_WORKDIR

# execute parallel program
$EXEC < 1.gjf > 2.out

但是，我原先用的是批处理的脚本，格式如下：
#!/bin/bash
for inf in *.gjf
do
outf=`echo ${inf}|tr "gjf" "out"`
g09 < ${inf} > ${outf}
done

我想把批处理任务写在pbs脚本中，请问上面的那个pbs脚本应该如何修改？

abdoman

先写生成N个pbs 脚本，然后在提交。

for inf in *fjf
do

### generate pbs file
cat <<EOF > $inf.pbs
#PBS -N g09
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -l walltime=7200:00:00
#PBS -q inspur
#PBS -V
#PBS -S /bin/bash
         
# code
EXEC=g09

# build nodelist
cd $PBS_O_WORKDIR

# execute parallel program
$EXEC < $inf.gjf > $inf.out
EOF

### submit the job
qsub $inf.pbs

done

lastzealot

abdoman 发表于 2015-5-16 20:08
先写生成N个pbs 脚本，然后在提交。

for inf in *fjf

谢谢
把它们合到一起行不行？如下
#PBS -N g09
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -l walltime=7200:00:00
#PBS -q inspur
#PBS -V
#PBS -S /bin/bash
         
# code
EXEC=g09

# build nodelist
cd $PBS_O_WORKDIR

# execute parallel program
$EXEC
for inf in *.gjf
do
outf=`echo ${inf}|tr "gjf" "out"`
g09 < ${inf} > ${outf}
done

lastzealot

abdoman 发表于 2015-5-16 20:08
先写生成N个pbs 脚本，然后在提交。

for inf in *fjf

请问这个脚本的最下方
### submit the job
qsub $inf.pbs

done
也是在脚本里面写的吗？

最后的提交命令是
qsub 最终的pbs文件名.pbs &
吗？

zhanfei

lastzealot 发表于 2015-5-17 15:34
请问这个脚本的最下方
### submit the job
qsub $inf.pbs

#PBS 设置和脚本部分没什么关系，#PBS设置完，下面直接写你的脚本就行。qsub 是你对脚本文件提交的命令不写在脚本里

lastzealot

zhanfei 发表于 2015-5-18 16:36
#PBS 设置和脚本部分没什么关系，#PBS设置完，下面直接写你的脚本就行。qsub 是你对脚本文件提交的命令不 ...

谢谢