QST3寻求过渡态原子坐标的书写方式？

lao7 · 发表于 Post on 2015-5-15 11:18:26

本帖最后由 lao7 于 2015-5-15 11:19 编辑

高斯中QST3寻求反应的过渡态，需要书写三个方面的信息，即反应物，产物，猜测的过渡态结构。这三项，1）其中反应物与产物需要优化后的结构。产物结构的优化倒是容易。反应物如何优化结构？例如2个A，与一个B反应，如果把上述三者原子放在一起优化，很明显要么不能优化，要么直接优化成产物了，就不是反应物了。
2）如果针对A和B分别进行优化，然后通过拷贝加入到一个gjf坐标文件中，那么需要产物中原子坐标与反应物中原子坐标对应一致。那么，拷贝的拼接在一起的反应物文件原子坐标如何与生成的产物的原子坐标一致呢？（产物原子坐标是优化自动生成的结果）

sobereva · 发表于 Post on 2015-5-15 13:11:44

分子间反应，首先我不太推荐用QST3，太麻烦，效果也不比opt=TS强哪去。

1 反应物分子放到一起优化不会优化到产物，毕竟有势垒挡着，正常情况下只会优化成反应物的复合物。
2 并不是坐标一致，而是原子顺序一致。

lao7 · 发表于 Post on 2015-5-15 13:18:09

sobereva 发表于 2015-5-15 13:11
分子间反应，首先我不太推荐用QST3，太麻烦，效果也不比opt=TS强哪去。

1 反应物分子放到一起优化不会优 ...

谢谢！
我想优化一个结构。2个A，一个B。B与2A的羰基通过配位形成桥接作用（形成A-B-A）。我现在想用过度态，描述一下A-B-A配位连接顺序（B先和一个A先连接，然后另外一个A跑上去再次连接）。但如果把A,B,A摆放到一个文件中优化，要么出错，要么直接就生成了A-B-A配位体了，请问如何在一个文件中优化A,B,A初始结构呢？这里有无技巧？
谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2015-5-15 14:13:20

直接形成配位作用，体系能量是单调下降的，中间不会有过渡态。

lao7 · 发表于 Post on 2015-5-15 15:46:35

sobereva 发表于 2015-5-15 14:13
直接形成配位作用，体系能量是单调下降的，中间不会有过渡态。

谢谢帮助，明白了。

小书童 · 发表于 Post on 2015-8-5 19:25:49

原来这样啊

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[Gaussian/gview] QST3寻求过渡态原子坐标的书写方式？