请教 electronic coupling (电子耦合) 的计算

吃啥 · 发表于 Post on 2018-11-8 11:26:08

yjmaxpayne 发表于 2018-11-8 10:44
你有按照Readme里面的方法来写你的高斯输入文件么？你可以参考examples里面naphthalene_b3lyp的各种com ...

非常感谢，我看到例子中的两个分子是一样的。我算的两个分子不一样，是不是一样的分子才能够用J_from_G03这个小程序计算？

yjmaxpayne · 发表于 Post on 2018-11-8 12:44:18

吃啥发表于 2018-11-8 11:26
非常感谢，我看到例子中的两个分子是一样的。我算的两个分子不一样，是不是一样的分子才能够用J_from_G03 ...

分子是否一样没有关系，只是你需要定义好A，B还有AB就行了。主要是高斯输入文件的写法，还有随后处理的输入命令。

吃啥 · 发表于 Post on 2018-11-8 22:30:48

本帖最后由吃啥于 2018-11-9 15:10 编辑

yjmaxpayne 发表于 2018-11-8 12:44
分子是否一样没有关系，只是你需要定义好A，B还有AB就行了。主要是高斯输入文件的写法，还有随后处理的 ...

高斯文件的写法我也是按照例子中写，随后处理的命令也没有问题（我用命令运行了作者给出的例子是成功的），不知道为什么还是不行，您可以帮我看下是什么问题吗？非常感谢您。附件是输入com文件和结果log和pun文件。
实在不好意思，因为上传文本文件违规，这里从新上传。

sobereva · 发表于 Post on 2018-11-9 03:01:38

吃啥发表于 2018-11-8 22:30
高斯文件的写法我也是按照例子中写，随后处理的命令也没有问题（我用命令运行了作者给出的例子是成功的） ...

如置顶的新人必读贴和论坛首页的公告栏所示，上传超过500KB的文本型文件上传前必须先压缩再上传，以节约论坛空间、加快下载速度。
超规的pun和log附件已经被删了，请压缩后重新上传

yjmaxpayne · 发表于 Post on 2018-11-9 15:05:32

吃啥发表于 2018-11-8 22:30
高斯文件的写法我也是按照例子中写，随后处理的命令也没有问题（我用命令运行了作者给出的例子是成功的） ...

我需要你的gjf或者com输入文件。另外，请注意Sob社长的提示。 log有问题的话，把出错部分贴出就好。

吃啥 · 发表于 Post on 2018-11-9 15:12:15

yjmaxpayne 发表于 2018-11-9 15:05
我需要你的gjf或者com输入文件。另外，请注意Sob社长的提示。 log有问题的话，把出错部分贴出就好。

刚刚已经按照社长的说明从新上传。谢谢您。

吃啥 · 发表于 Post on 2018-11-9 15:12:55

sobereva 发表于 2018-11-9 03:01
如置顶的新人必读贴和论坛首页的公告栏所示，上传超过500KB的文本型文件上传前必须先压缩再上传，以节约 ...

好的，谢谢社长。

yjmaxpayne · 发表于 Post on 2018-11-9 17:38:46

吃啥发表于 2018-11-8 22:30
高斯文件的写法我也是按照例子中写，随后处理的命令也没有问题（我用命令运行了作者给出的例子是成功的） ...

大致清楚了，是J_from_G03对G09输出格式兼容有问题，读不出G09的log里面NBasis信息。可能需要对J_from_G03的源代码进行一些修改才行。

yjmaxpayne · 发表于 Post on 2018-11-9 17:48:49

吃啥发表于 2018-11-8 22:30
高斯文件的写法我也是按照例子中写，随后处理的命令也没有问题（我用命令运行了作者给出的例子是成功的） ...

还有一个办法，不用修改源代码，可以把输出文件里面：
400 basis functions, 752 primitive gaussian.......
至nuclear repulsion energy ...... 共三行，拷贝到
Two-electron integral symmetry is turned off. 这一行之后

亲测可用。

吃啥 · 发表于 Post on 2018-11-9 18:34:44

yjmaxpayne 发表于 2018-11-9 17:48
还有一个办法，不用修改源代码，可以把输出文件里面：
400 basis functions, 752 primitive gaussian... ...

真的可以了，太感谢了。

吃啥 · 发表于 Post on 2018-11-9 19:18:09

yjmaxpayne 发表于 2018-11-9 17:48
还有一个办法，不用修改源代码，可以把输出文件里面：
400 basis functions, 752 primitive gaussian... ...

在运行最后一步的时候，出现如下的错误。提示矩阵无法相乘。我看到第四步产生的文件中都是200行和400行。不知道是什么原因。

yjmaxpayne · 发表于 Post on 2018-11-12 14:10:33

本帖最后由 yjmaxpayne 于 2018-11-12 14:13 编辑

吃啥发表于 2018-11-9 19:18
在运行最后一步的时候，出现如下的错误。提示矩阵无法相乘。我看到第四步产生的文件中都是200行和400行。 ...

错误挺明显的，你的Number of MOs输错了。 Number of MOs填200，然后HOMO (of monomer)填34就行了。或者，你在改get_J.m的时候， nbasis = 200 nhomo_mon = 34即可。

吃啥 · 发表于 Post on 2018-11-13 10:43:11

yjmaxpayne 发表于 2018-11-12 14:10
错误挺明显的，你的Number of MOs输错了。 Number of MOs填200，然后HOMO (of monomer)填34就行了。或者 ...

已经成功了，真的太感谢了

yjmaxpayne · 发表于 Post on 2018-11-13 14:03:01

吃啥发表于 2018-11-13 10:43
已经成功了，真的太感谢了

不客气

TDHFjiang · 发表于 Post on 2018-12-21 09:36:33

让你变成回忆发表于 2018-11-8 09:32
目前我正在写一个基于Gaussian的输出结果，利用格点能修正方法计算转移积分的程序，已经写完了，正在做一 ...

非常期待

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[波函数分析求助] 请教 electronic coupling (电子耦合) 的计算

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