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[波函数分析求助] 请教 electronic coupling (电子耦合) 的计算

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发表于 2018-11-6 17:08:11 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位老师,同学, 我想请教一下关于对于electronic coupling 的计算方法。如帅老师文章J. Mater. Chem. C, 2016, 4, 4546--4555中关于电子耦合的计算,这个结果什么怎么算出的,需要用到什么样的结果分析软件D:\a.png

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发表于 2018-11-6 19:54:21 | 显示全部楼层
本帖最后由 让你变成回忆 于 2018-11-6 19:57 编辑

这是他们组自己写的基于格点能修正方法算电子耦合的程序。其实不难实现,从Gaussian的log文件和fchk文件中读取输出,自己主要写一个构建fock矩阵的程序。
一些免费的程序如Nwchem也是可以计算的。

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 楼主| 发表于 2018-11-6 22:10:22 | 显示全部楼层
好的,非常感谢,nwchem没用过,要花点时间学习下。

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发表于 2018-11-7 15:46:52 | 显示全部楼层
有多种选择:1) J_from_G03 2) ADF 3) VOTCA CTP
我自己较常用的是VOTCA CTP

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发表于 2018-11-7 16:19:12 | 显示全部楼层
yjmaxpayne 发表于 2018-11-7 15:46
有多种选择:1) J_from_G03 2) ADF 3) VOTCA CTP
我自己较常用的是VOTCA CTP

是的。VOTCA也可以做这个。而且是从MD模拟得到gro文件直接计算转移积分等参数进而可以给出迁移率。

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发表于 2018-11-7 17:40:35 | 显示全部楼层
让你变成回忆 发表于 2018-11-7 16:19
是的。VOTCA也可以做这个。而且是从MD模拟得到gro文件直接计算转移积分等参数进而可以给出迁移率。

你好,麻烦问一下,VOTCA是个什么软件,没听说过啊,谢谢!

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发表于 2018-11-7 18:08:27 | 显示全部楼层
lina 发表于 2018-11-7 17:40
你好,麻烦问一下,VOTCA是个什么软件,没听说过啊,谢谢!

http://www.votca.org/home

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 楼主| 发表于 2018-11-7 23:01:13 | 显示全部楼层
yjmaxpayne 发表于 2018-11-7 15:46
有多种选择:1) J_from_G03 2) ADF 3) VOTCA CTP
我自己较常用的是VOTCA CTP

您好,我用了 J_from_G03 ,算到readme文件中的第三和第四步的时候出现问题,不知道是什么原因
Assuming not using ZINDO
NBasis = 0
Read in S...  NBsUse = 70
***Error*** : Trying to read MOs without knowing the number of basis sets
Read in MOs
NBasis = 0
Read in S...  NBsUse = 70
***Error*** : Trying to read MOs without knowing the number of basis sets
Read in MOs
NBasis = 0
Read in S...  NBsUse = 140
***Error*** : Trying to read MOs without knowing the number of basis sets
Read in MOs

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发表于 2018-11-8 06:18:34 | 显示全部楼层
吃啥 发表于 2018-11-7 23:01
您好,我用了 J_from_G03 ,算到readme文件中的第三和第四步的时候出现问题,不知道是什么原因
Assuming ...

错误提示的很明确啊:
NBasis = 0
Read in S...  NBsUse = 70
***Error*** : Trying to read MOs without knowing the number of basis sets
需要制定基组数量

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发表于 2018-11-8 06:25:31 | 显示全部楼层
让你变成回忆 发表于 2018-11-7 16:19
是的。VOTCA也可以做这个。而且是从MD模拟得到gro文件直接计算转移积分等参数进而可以给出迁移率。

可以直接调用ctp_tools来计算dimer的转移积分。 只需要对dimer中A分子,B分子,以及dimer自身进行相应的单点能计算即可。 我对比过计算结果,和ADF的一致。

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 楼主| 发表于 2018-11-8 09:21:16 | 显示全部楼层
yjmaxpayne 发表于 2018-11-8 06:18
错误提示的很明确啊:
NBasis = 0
Read in S...  NBsUse = 70

非常感谢您。请问下具体的操作步骤,readme文件中没有给出具体的步骤,这个基组数量在哪里给出?
3) Run 'rewrite_S_Phi_E.x' with the prefix to gaussian calculation (1), (2)
and (3) !! IN THIS ORDER !!.  This program expects to find 3 log files and 3 pun files.
4) You should now have 7 output .txt files:
        Evls_pair.txt  MOs_1.txt  MOs_2.txt  MOs_pair.txt  S_1.txt  S_2.txt S_pair.txt

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发表于 2018-11-8 09:32:10 | 显示全部楼层
yjmaxpayne 发表于 2018-11-8 06:25
可以直接调用ctp_tools来计算dimer的转移积分。 只需要对dimer中A分子,B分子,以及dimer自身进行相应的 ...

目前我正在写一个基于Gaussian的输出结果,利用格点能修正方法计算转移积分的程序,已经写完了,正在做一些benchmark工作,过几天在论坛会发布!

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发表于 2018-11-8 10:32:29 | 显示全部楼层
让你变成回忆 发表于 2018-11-8 09:32
目前我正在写一个基于Gaussian的输出结果,利用格点能修正方法计算转移积分的程序,已经写完了,正在做一 ...

期待大作。

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发表于 2018-11-8 10:44:10 | 显示全部楼层
吃啥 发表于 2018-11-8 09:21
非常感谢您。请问下具体的操作步骤,readme文件中没有给出具体的步骤,这个基组数量在哪里给出?
3) Run ...

你有按照Readme里面的方法来写你的高斯输入文件么? 你可以参考examples里面naphthalene_b3lyp的各种com写法(如果你用的是DFT计算的话)。

另外,运行rewrite_S_Phi_E.x的时候,后面需要Monomer A Monmer B 还有Dimer AB单点能计算的文件名前缀。

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 楼主| 发表于 2018-11-8 11:24:22 | 显示全部楼层
让你变成回忆 发表于 2018-11-8 09:32
目前我正在写一个基于Gaussian的输出结果,利用格点能修正方法计算转移积分的程序,已经写完了,正在做一 ...

非常期待
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