请教 electronic coupling (电子耦合) 的计算

吃啥 · 发表于 Post on 2018-11-6 17:08:11

各位老师，同学，我想请教一下关于对于electronic coupling 的计算方法。如帅老师文章J. Mater. Chem. C, 2016, 4, 4546--4555中关于电子耦合的计算，这个结果什么怎么算出的，需要用到什么样的结果分析软件D:\a.png

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2018-11-6 19:54:21

本帖最后由让你变成回忆于 2018-11-6 19:57 编辑

这是他们组自己写的基于格点能修正方法算电子耦合的程序。其实不难实现，从Gaussian的log文件和fchk文件中读取输出，自己主要写一个构建fock矩阵的程序。
一些免费的程序如Nwchem也是可以计算的。

吃啥 · 发表于 Post on 2018-11-6 22:10:22

好的，非常感谢，nwchem没用过，要花点时间学习下。

yjmaxpayne · 发表于 Post on 2018-11-7 15:46:52

有多种选择：1) J_from_G03 2) ADF 3) VOTCA CTP
我自己较常用的是VOTCA CTP

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2018-11-7 16:19:12

yjmaxpayne 发表于 2018-11-7 15:46
有多种选择：1) J_from_G03 2) ADF 3) VOTCA CTP
我自己较常用的是VOTCA CTP

是的。VOTCA也可以做这个。而且是从MD模拟得到gro文件直接计算转移积分等参数进而可以给出迁移率。

lina · 发表于 Post on 2018-11-7 17:40:35

让你变成回忆发表于 2018-11-7 16:19
是的。VOTCA也可以做这个。而且是从MD模拟得到gro文件直接计算转移积分等参数进而可以给出迁移率。

你好，麻烦问一下，VOTCA是个什么软件，没听说过啊，谢谢！

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2018-11-7 18:08:27

lina 发表于 2018-11-7 17:40
你好，麻烦问一下，VOTCA是个什么软件，没听说过啊，谢谢！

http://www.votca.org/home

吃啥 · 发表于 Post on 2018-11-7 23:01:13

yjmaxpayne 发表于 2018-11-7 15:46
有多种选择：1) J_from_G03 2) ADF 3) VOTCA CTP
我自己较常用的是VOTCA CTP

您好，我用了 J_from_G03 ，算到readme文件中的第三和第四步的时候出现问题，不知道是什么原因
Assuming not using ZINDO
NBasis = 0
Read in S...  NBsUse = 70
***Error*** : Trying to read MOs without knowing the number of basis sets
Read in MOs
NBasis = 0
Read in S...  NBsUse = 70
***Error*** : Trying to read MOs without knowing the number of basis sets
Read in MOs
NBasis = 0
Read in S...  NBsUse = 140
***Error*** : Trying to read MOs without knowing the number of basis sets
Read in MOs

yjmaxpayne · 发表于 Post on 2018-11-8 06:18:34

吃啥发表于 2018-11-7 23:01
您好，我用了 J_from_G03 ，算到readme文件中的第三和第四步的时候出现问题，不知道是什么原因
Assuming ...

错误提示的很明确啊：
NBasis = 0
Read in S... NBsUse = 70
***Error*** : Trying to read MOs without knowing the number of basis sets
需要制定基组数量

yjmaxpayne · 发表于 Post on 2018-11-8 06:25:31

让你变成回忆发表于 2018-11-7 16:19
是的。VOTCA也可以做这个。而且是从MD模拟得到gro文件直接计算转移积分等参数进而可以给出迁移率。

可以直接调用ctp_tools来计算dimer的转移积分。只需要对dimer中A分子，B分子，以及dimer自身进行相应的单点能计算即可。我对比过计算结果，和ADF的一致。

吃啥 · 发表于 Post on 2018-11-8 09:21:16

yjmaxpayne 发表于 2018-11-8 06:18
错误提示的很明确啊：
NBasis = 0
Read in S... NBsUse = 70

非常感谢您。请问下具体的操作步骤，readme文件中没有给出具体的步骤，这个基组数量在哪里给出？
3) Run 'rewrite_S_Phi_E.x' with the prefix to gaussian calculation (1), (2)
and (3) !! IN THIS ORDER !!. This program expects to find 3 log files and 3 pun files.
4) You should now have 7 output .txt files:
Evls_pair.txt MOs_1.txt MOs_2.txt MOs_pair.txt S_1.txt S_2.txt S_pair.txt

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2018-11-8 09:32:10

yjmaxpayne 发表于 2018-11-8 06:25
可以直接调用ctp_tools来计算dimer的转移积分。只需要对dimer中A分子，B分子，以及dimer自身进行相应的 ...

目前我正在写一个基于Gaussian的输出结果，利用格点能修正方法计算转移积分的程序，已经写完了，正在做一些benchmark工作，过几天在论坛会发布！

yjmaxpayne · 发表于 Post on 2018-11-8 10:32:29

让你变成回忆发表于 2018-11-8 09:32
目前我正在写一个基于Gaussian的输出结果，利用格点能修正方法计算转移积分的程序，已经写完了，正在做一 ...

期待大作。

yjmaxpayne · 发表于 Post on 2018-11-8 10:44:10

吃啥发表于 2018-11-8 09:21
非常感谢您。请问下具体的操作步骤，readme文件中没有给出具体的步骤，这个基组数量在哪里给出？
3) Run ...

你有按照Readme里面的方法来写你的高斯输入文件么？你可以参考examples里面naphthalene_b3lyp的各种com写法（如果你用的是DFT计算的话）。

另外，运行rewrite_S_Phi_E.x的时候，后面需要Monomer A Monmer B 还有Dimer AB单点能计算的文件名前缀。

吃啥 · 发表于 Post on 2018-11-8 11:24:22

让你变成回忆发表于 2018-11-8 09:32
目前我正在写一个基于Gaussian的输出结果，利用格点能修正方法计算转移积分的程序，已经写完了，正在做一 ...

非常期待

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[波函数分析求助] 请教 electronic coupling (电子耦合) 的计算