请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 87|回复: 8

[Amber] Amber如何在后台运行水分子

[复制链接]

8

帖子

0

威望

55

eV
积分
63

Level 2 能力者

发表于 2018-11-9 14:29:20 | 显示全部楼层 |阅读模式
用amber计算一个分子,用Xshell与服务器相连。创建好了水盒子,在平衡电荷的时候,由于时间比较长,经常和服务器断开连接,求问各位大佬,有什么代码可以直接在后台进行电荷平衡计算的?

1万

帖子

25

威望

1万

eV
积分
35736

管理员

公社社长

发表于 2018-11-9 14:46:27 | 显示全部楼层
用nohup [命令] &提交,用exit登出。这在此文里提到了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最流行的量子化学波函数分析程序)
计算化学公社论坛:http://bbs.keinsci.com(高水平、高人气、综合性计算化学交流论坛)
思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。用于讨论理论、计算化学,两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一概不批。研究方向和理论、计算化学无关者勿加,以免浪费宝贵的空位

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

8

帖子

0

威望

55

eV
积分
63

Level 2 能力者

 楼主| 发表于 2018-11-9 15:03:06 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-11-9 14:46
用nohup [命令] &提交,用exit登出。这在此文里提到了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sob ...

谢谢sob老师,我去试试看

8

帖子

0

威望

55

eV
积分
63

Level 2 能力者

 楼主| 发表于 2018-11-9 15:12:02 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-11-9 14:46
用nohup [命令] &提交,用exit登出。这在此文里提到了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sob ...

sob老师,您好。我的任务没有gjf文件,之前算别的分子的时候,都是直接在Xshell中输命令的,怎么在断开服务器连接的情况下仍然继续跑呢?

1万

帖子

25

威望

1万

eV
积分
35736

管理员

公社社长

发表于 7 天前 | 显示全部楼层
Abandon-fmt 发表于 2018-11-9 15:12
sob老师,您好。我的任务没有gjf文件,之前算别的分子的时候,都是直接在Xshell中输命令的,怎么在断开服 ...

这和有没有gjf文件毫无关系
你把我的回复里的[命令]改成你的运行语句就完了
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最流行的量子化学波函数分析程序)
计算化学公社论坛:http://bbs.keinsci.com(高水平、高人气、综合性计算化学交流论坛)
思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。用于讨论理论、计算化学,两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一概不批。研究方向和理论、计算化学无关者勿加,以免浪费宝贵的空位

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

8

帖子

0

威望

55

eV
积分
63

Level 2 能力者

 楼主| 发表于 7 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-11-10 00:48
这和有没有gjf文件毫无关系
你把我的回复里的[命令]改成你的运行语句就完了

好的~谢谢sob老师

8

帖子

0

威望

55

eV
积分
63

Level 2 能力者

 楼主| 发表于 7 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-11-10 00:48
这和有没有gjf文件毫无关系
你把我的回复里的[命令]改成你的运行语句就完了

sob老师,我的命令是这样的
nohup addions2 m Cl- 0 &
但是报错ERROR: syntax error
不知道哪儿错了

1万

帖子

25

威望

1万

eV
积分
35736

管理员

公社社长

发表于 7 天前 | 显示全部楼层
Abandon-fmt 发表于 2018-11-10 08:59
sob老师,我的命令是这样的
nohup addions2 m Cl- 0 &
但是报错ERROR: syntax error

addions2得在leap里用啊
而且这样的命令瞬间就跑完了,何必放到后台去
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最流行的量子化学波函数分析程序)
计算化学公社论坛:http://bbs.keinsci.com(高水平、高人气、综合性计算化学交流论坛)
思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。用于讨论理论、计算化学,两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一概不批。研究方向和理论、计算化学无关者勿加,以免浪费宝贵的空位

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

8

帖子

0

威望

55

eV
积分
63

Level 2 能力者

 楼主| 发表于 7 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-11-10 09:15
addions2得在leap里用啊
而且这样的命令瞬间就跑完了,何必放到后台去

这个分子比较奇怪,之前算的分子确实是瞬间就出来了,这个要好久,久到和服务器断开连接。
sob老师有解决方法么?
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2018-11-17 05:14 , Processed in 0.108138 second(s), 23 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表