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[综合交流] 两个蛋白质,怎么样计算其相互作用的自由能势能面?

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发表于 2018-11-9 16:56:32 | 显示全部楼层 |阅读模式
请问下,对于两个蛋白质的相互作用(PPI),怎么样用分子动力学计算他们相互之间吸附的自由能势能面,寻找到表面相结合自由能极小值的几个作用构象?

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发表于 2018-11-9 19:31:38 | 显示全部楼层
定义CV,跑enhanced sampling,处理数据。

没了。

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发表于 7 天前 | 显示全部楼层
算不了,没有任何办法

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管理员

公社社长

发表于 7 天前 | 显示全部楼层
对于你的实际最终目的,可以考虑蛋白质对接,把打分高的二聚体跑MD,做MMGBSA/MMPBSA考察结合自由能看哪种方式结合最强
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