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[综合交流] 两个蛋白质,怎么样计算其相互作用的自由能势能面?

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Level 3 能力者

发表于 2018-11-9 16:56:32 | 显示全部楼层 |阅读模式
请问下,对于两个蛋白质的相互作用(PPI),怎么样用分子动力学计算他们相互之间吸附的自由能势能面,寻找到表面相结合自由能极小值的几个作用构象?

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发表于 2018-11-9 19:31:38 | 显示全部楼层
定义CV,跑enhanced sampling,处理数据。

没了。

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发表于 2018-11-10 00:26:38 | 显示全部楼层
算不了,没有任何办法

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管理员

公社社长

发表于 2018-11-10 00:49:30 | 显示全部楼层
对于你的实际最终目的,可以考虑蛋白质对接,把打分高的二聚体跑MD,做MMGBSA/MMPBSA考察结合自由能看哪种方式结合最强
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
思想家公社QQ群,1号:18616395,2号:466017436。达5000人,专门交流理论、计算化学。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一概不批。
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发表于 2019-2-8 18:22:17 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-11-10 00:49
对于你的实际最终目的,可以考虑蛋白质对接,把打分高的二聚体跑MD,做MMGBSA/MMPBSA考察结合自由能看哪种 ...

MMPBSA算出的自由能和free energy calculations算出的自由能这两种方法有什么区别吗?

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Level 5 (御坂)

发表于 2019-2-10 18:47:10 | 显示全部楼层
ZDOCK刚性对接 - ROSETTA DOCK优化 - MD+MMPBSA计算 - 实验突变验证结合位点。
主攻: 蛋白-蛋白对接,蛋白de novo设计、蛋白结构建模,抗体设计等方向。Rosetta/PyRosetta
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