计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 14956|回复 Reply: 9
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求一个TIP3P.gro文件

[复制链接 Copy URL]

63

帖子

0

威望

213

eV
积分
276

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
请教各位:
我正在用GROMACS 5.1.4生成水箱,箱子已经生成了,尺寸是30.7*30.7*30.7nm。
使用gmx solvate 向箱子中填充tip3p.gro,结果程序提示:

System I/O error:
Library file 'tip3p.gro' not found in current dir nor in the default directories.
The following paths were searched:
  /home/Secret/GMX/ace (current dir)
  /apps/gromacs514/share/gromacs/top (default)
You can set additional directories to search with the GMXLIB path variable.

查看/apps/gromacs514/share/gromacs/top文件夹下还有spc216.gro、tip4p.gro以及tip5p.gro
于是我改成tip4p.gro,结果水箱里塞了95万多个水分子(实际应该在2000左右)。
具体输出如下:

Output configuration contains 3820023 atoms in 955002 residues
Volume                 :     28864.6 (nm^3)
Density                :     989.772 (g/l)
Number of SOL molecules:  955001   

大家帮我看看是哪里出了问题,或者直接发给我tip3p.gro也行。
谢谢。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125147

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2018-11-26 18:29:40 | 只看该作者 Only view this author
用spc216.gro填充就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

63

帖子

0

威望

213

eV
积分
276

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-26 19:28:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-26 18:29
用spc216.gro填充就完了

谢谢sob老师
用spc216.gro好像也是很多个水分子

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125147

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2018-11-26 20:10:36 | 只看该作者 Only view this author
ra2ghgzh 发表于 2018-11-26 19:28
谢谢sob老师
用spc216.gro好像也是很多个水分子

本来solvate填充空盒子就应该用已经跑平衡的溶剂盒子填充,而不是用单个分子结构文件来填充

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
ra2ghgzh + 5

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

30

帖子

0

威望

932

eV
积分
962

Level 4 (黑子)

5#
发表于 Post on 2019-3-1 16:31:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-26 20:10
本来solvate填充空盒子就应该用已经跑平衡的溶剂盒子填充,而不是用单个分子结构文件来填充

sob老师,如果想要填充TIP4PIce的水,能否直接采用GMX内置的TIP4P.gro,还是说需要修改M的位置,或者自己写一个TIP4PIce的gro文件。以及TIP4PIce的itp文件是不是也得自己根据文献进行修改。
谢谢老师

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125147

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2019-3-1 18:16:04 | 只看该作者 Only view this author
zc_charles_li 发表于 2019-3-1 16:31
sob老师,如果想要填充TIP4PIce的水,能否直接采用GMX内置的TIP4P.gro,还是说需要修改M的位置,或者自己 ...

用内置的就可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

30

帖子

0

威望

932

eV
积分
962

Level 4 (黑子)

7#
发表于 Post on 2019-3-1 19:18:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-1 18:16
用内置的就可以

再请问一下老师,内置的itp文件里,FLEXIBLE水分子的键、角的参数都有force.c.这一项,是要沿用tip4p的力常数,还是需要改成其他的参数,原文里面没有提到这个参数
谢谢老师

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125147

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2019-3-1 19:39:54 | 只看该作者 Only view this author
zc_charles_li 发表于 2019-3-1 19:18
再请问一下老师,内置的itp文件里,FLEXIBLE水分子的键、角的参数都有force.c.这一项,是要沿用tip4p的力 ...

原文没提那就是用的刚性水模型,这个参数无所谓,不影响你用刚性模型时候的结果

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +3 收起 理由
Reason
zc_charles_li + 3 谢谢

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

62

帖子

0

威望

1127

eV
积分
1189

Level 4 (黑子)

9#
发表于 Post on 2020-12-28 11:26:38 | 只看该作者 Only view this author
老师好,如果我要使用tip3p模型,该如何使用呢,top文件夹中里面没有tip3p.gro的文件

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125147

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2021-1-2 20:12:02 | 只看该作者 Only view this author
CruiseBend 发表于 2020-12-28 11:26
老师好,如果我要使用tip3p模型,该如何使用呢,top文件夹中里面没有tip3p.gro的文件

三点水模型一律用spc216.gro建模
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 16:13 , Processed in 0.334465 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list