关于无定型材料重组能的计算问题

mitsks

各位老师同学大家好。我看过sob老师的《乱谈外重组能的计算》一文后对于无定型材料（这里我的意思是非晶型）的重组能的计算有些想法，想向大家请教。
如果要计算无定型材料的总重组能，我想这样进行：
随机向盒子中插入一些目标分子，通过分子动力学模拟平衡（在这里我使用OPLS-AA力场）。如果密度与实验结果相近，在盒子中以某一分子为中心，取出分子数适量的团簇。接下来使用分子力场（OPLS）优化这个团簇，并使用类似于计算晶体的重组能的方法计算这个团簇的重组能。
不知是否可行呢？
希望各位同仁和sob老师能够指点一下，谢谢。

mitsks

@sobereva 请教sob老师

让你变成回忆

以下是一些个人的看法：
（1）用OPLS力场来算能量的话，力场选的还是有点太随意了，因为OPLS力场并不是可极化力场，算能量是否能够算准确都还是未知数。当然，用于MD模拟获取无定型的结构还是没有什么问题的；
（2）MD模拟平衡以后，仅仅只取某一个cluster出来的话，不具有代表性，因为MD模拟得到的不同sites之间的差异可能非常大；
（3）其实这涉及到传输中经常提到的一个问题：能量的无序。包括静态无序与动态无序，前者就是衡量不同sites之间的差异的，而后者是用来衡量单个site随时间的演化的。
我曾看过一篇文章，他们的做法是：把单个分子放入一个大的盒子里，然后在不同的温度下跑MD，在平衡阶段每隔一定时间取一个结构出来计算能量，然后统计这些能量的标准差sigma，然后根据公式sigma^2 = 2 * Lambda * K_B * T去拟合sigma^2和T的关系，就可以得到重组能Lambda。当然，这里因为只有一个分子，不存在分子间的相互作用，所以得到的重组能就是内部重组能。
至于要计算总的重组能，可以在盒子中放入多个分子，然后按照上面的思路来计算。但是这又导致另外一个问题，因为有多个分子，不得不去考虑静态无序与动态无序。其次，用什么方法去计算这个Cluster也比较困难，虽然有些比如基于AMOEBA可极化力场、QM/MM、迭代QM方法等等，但是这些程序除非能够自己写出来，往往没有现成的代码（AMOEBA除外）。其次，对计算量的要求往往也不小。