THF盒子平衡相模拟问题

deltazheng · 发表于 Post on 2018-12-2 12:56:52

我尝试用gromacs模拟一个纯THF盒子，在做平衡相模拟时遇到一个问题。如果使用eq.mdp文件可以正常进行前处理和模拟，但是如果将eq.mdp中compressibility从4.6e-5改为9.7e-5（THF的等温压缩系数）则会出现如下错误提示：

$ gmx grompp -f eq.mdp -c em.gro -p THFbox.top -o eq.tpr
...
$ gmx mdrun -v -deffnm eq
...
Step 11 Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 0.987387 0.987387 0.987387

Step 21 Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 0.986063 0.986063 0.986063
...

请问应该如何解决？

sobereva · 发表于 Post on 2018-12-2 13:17:58

其实改这个意义不大，因为各种液体的可压缩系数差的并不多，而且这个参数主要影响控压过程的盒子波动情况，对最终感兴趣的问题影响不大。
虽然有warning，但最终模拟的结果没问题，那也无妨。可压缩系数大了，控压造成的盒子体积波动就会变大，就更容易出现这个提示。你的任务前期是升温，等温度稳定后，估计这种warning也就基本没了。

deltazheng · 发表于 Post on 2018-12-2 13:25:20

sobereva 发表于 2018-12-2 13:17
其实改这个意义不大，因为各种液体的可压缩系数差的并不多，而且这个参数主要影响控压过程的盒子波动情况， ...

感谢Sob老师的解答~

deltazheng · 发表于 Post on 2018-12-2 13:39:10

sobereva 发表于 2018-12-2 13:17
其实改这个意义不大，因为各种液体的可压缩系数差的并不多，而且这个参数主要影响控压过程的盒子波动情况， ...

的确，平衡相模拟9000步以后就没有这种提示了。

牧生 · 发表于 Post on 2021-7-28 21:16:20

近几日也遇到了这个问题，改成如下参数，就好了。

tau_t = 2

tau_p = 4

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[GROMACS] THF盒子平衡相模拟问题

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