有机反应+量化计算审稿意见求助

霜晨月 · 发表于 Post on 2018-12-6 12:33:00

尝试了一个有机反应，用DFT计算了过渡态、IRC、energy profile等，投出去之后，收到三个审稿人意见
审稿人B似乎是做有机实验的，量化做的不多，他说计算部分写得太繁琐了，只把过渡态和中间体写出来就行了。
审稿人C是纯做量化计算的，意见与B相反，建议扩充计算部分：
However, only energetic profiles are discussed. I would have expected some rationalization of the mechanism based on reactivity descriptors or chemical properties.

这种情况，是不是应该按照C的要求扩充计算部分？那么该怎么回复B呢？
更重要的是，该怎么rationalize the mechanism based on reactivity descriptors or chemical properties 呢？（其实我连什么是reactivity descriptors还不知道）

期盼各位老师指教！

wangyj · 发表于 Post on 2018-12-6 14:59:13

根据我们实验室实验加计算的经历来看，如果你的文章侧重点是实验的话，应该以B的为准。
我们这边实验加计算的文章中，计算其实更像一种材料的表征方式。
一种微观角度的表征方式，和XRD, SEM, XPS这类的一样。
正文中说一下我们用什么软件进行了计算模拟，结果表明啥啥啥，然后在SI里边写上一些细节。或者不写也行。

霜晨月 · 发表于 Post on 2018-12-6 15:14:46

wangyj 发表于 2018-12-6 14:59
根据我们实验室实验加计算的经历来看，如果你的文章侧重点是实验的话，应该以B的为准。
我们这边实验加计 ...

实验部分，有机反应不是新的，只是这个反应在我研究的骨架结构上从未报导过。我用这个反应合成了十几个化合物，用DFT计算了过渡态、IRC、活化能等，分析了各种因素对反应收率的影响。
感觉这篇文章实验与计算两方面重要性差不多，没法说侧重哪一个。。。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2018-12-6 16:35:40

虽然B和C的意见看起来是矛盾的，但其实可能可以同时满足。

B说计算部分写的繁琐、不一定是写的“太长”。有可能只是他觉得计算没有提供一般有机化学想不到的问题。现在确实有一些文章做的计算会用语言再把图上的东西描述一遍：“中间体XX比原料能量高XX kJ/mol，过渡态比中间体高XX kJ/mol，键长是多少多少......”，但是却没有新的东西，化学直觉都能预料得到，计算没有给出新的insight，这样可能这样就让人觉得“繁琐”、“没必要写”。

如果先使得语言描述简练一些，突出重点；再像C说的那样做一些分析，说不定能提供新的见解；这样即使篇幅比原来长，也不违背B表示不用那么繁琐的意见。

不过我没看过文章和完整的审稿意见，不知道是不是这样的情况。

霜晨月 · 发表于 Post on 2018-12-6 16:52:43

liyuanhe211 发表于 2018-12-6 16:35
虽然B和C的意见看起来是矛盾的，但其实可能可以同时满足。

B说计算部分写的繁琐、不一定是写的“太长” ...

您说得对，其实基本上就是您描述的那样。
能请您解释一下该怎么满足C的要求吗？我现在也没有搞清楚什么是reactivity descriptor，该怎么分析

youyno · 发表于 Post on 2018-12-6 20:57:37

霜晨月发表于 2018-12-6 16:52
您说得对，其实基本上就是您描述的那样。
能请您解释一下该怎么满足C的要求吗？我现在也没有搞清楚什么 ...

让你分析这些反应能垒降低或升高的原因，增加电荷分析，波函数分析等来充分解释计算结果。

sobereva · 发表于 Post on 2018-12-6 22:47:05

反应性描述符一般指福井函数，双描述符，软度，化学势等等，和反应活性、反应位点有关

霜晨月 · 发表于 Post on 2018-12-6 23:24:20

谢谢老师。福井函数、双描述符这些名词我从前或许见过，但一点也不明白什么意思，要算的话更是不知如何下手。这本来是一个常见的SN2-like有机反应，只是反应底物比较新颖。能否跟审稿人argue说这个反应没必要算这些东西？

霜晨月 · 发表于 Post on 2018-12-6 23:31:44

另外这些内容基础班讲义应该是没有，如果需要计算的话，老师可否推荐一些可靠的tutorial或introduction？Thanks

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2018-12-7 02:18:07

本帖最后由 liyuanhe211 于 2018-12-7 02:20 编辑

霜晨月发表于 2018-12-6 23:31
另外这些内容基础班讲义应该是没有，如果需要计算的话，老师可否推荐一些可靠的tutorial或introduction？Th ...

这是波函数分析的内容，用Multiwfn算，Multiwfn手册中有大量Tutorial，绝大多数算起来非常简单。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2018-12-7 02:19:56

霜晨月发表于 2018-12-6 23:24
谢谢老师。福井函数、双描述符这些名词我从前或许见过，但一点也不明白什么意思，要算的话更是不知如何下手 ...

Argue某一个描述符没用或许还可以，Argue“没有任何描述符/波函数分析方法对揭示反应的本质/能量差别的来源有帮助”是非常困难的。

霜晨月 · 发表于 Post on 2018-12-9 21:21:45

liyuanhe211 发表于 2018-12-7 02:18
这是波函数分析的内容，用Multiwfn算，Multiwfn手册中有大量Tutorial，绝大多数算起来非常简单。

嗯，非常感谢李老师。正在学习中。

sobereva · 发表于 Post on 2018-12-13 19:50:16

霜晨月发表于 2018-12-6 23:31
另外这些内容基础班讲义应该是没有，如果需要计算的话，老师可否推荐一些可靠的tutorial或introduction？Th ...

讨论反应位点的方法看：
1 亲电取代反应中活性位点预测方法的比较（http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract28694.shtml）、Comparative study on the methods for predicting the reactive site of nucleophilic reaction（https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11426-015-5494-7）
2 幻灯片：Predicting reactive sites（http://sobereva.com/234）
3 Multiwfn手册4.A.4节
4 概念密度泛函综述和重要文献合集：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=384

相关内容都是波函数分析与Multiwfn培训班里讲的

霜晨月 · 发表于 Post on 2018-12-22 13:41:24

sobereva 发表于 2018-12-13 19:50
讨论反应位点的方法看：
1 亲电取代反应中活性位点预测方法的比较（http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abst ...

非常感谢Sob老师

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