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[综合交流] 有机反应+量化计算 审稿意见求助

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发表于 2018-12-6 12:33:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
尝试了一个有机反应,用DFT计算了过渡态、IRC、energy profile等,投出去之后,收到三个审稿人意见
审稿人B似乎是做有机实验的,量化做的不多,他说计算部分写得太繁琐了,只把过渡态和中间体写出来就行了。
审稿人C是纯做量化计算的,意见与B相反,建议扩充计算部分:
However, only energetic profiles are discussed. I would have expected some rationalization of the mechanism based on reactivity descriptors or chemical properties.

这种情况,是不是应该按照C的要求扩充计算部分?那么该怎么回复B呢?
更重要的是,该怎么rationalize the mechanism based on reactivity descriptors or chemical properties 呢?(其实我连什么是reactivity descriptors还不知道)

期盼各位老师指教!


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发表于 2018-12-6 14:59:13 | 显示全部楼层
根据我们实验室实验加计算的经历来看,如果你的文章侧重点是实验的话,应该以B的为准。
我们这边实验加计算的文章中,计算其实更像一种材料的表征方式。
一种微观角度的表征方式,和XRD, SEM, XPS这类的一样。
正文中说一下我们用什么软件进行了计算模拟,结果表明啥啥啥,然后在SI里边写上一些细节。或者不写也行。
人丑就该多读书,嘴拙最好少说话。
行百里者半于九十,戒骄戒躁。

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 楼主| 发表于 2018-12-6 15:14:46 | 显示全部楼层
wangyj 发表于 2018-12-6 14:59
根据我们实验室实验加计算的经历来看,如果你的文章侧重点是实验的话,应该以B的为准。
我们这边实验加计 ...

实验部分,有机反应不是新的,只是这个反应在我研究的骨架结构上从未报导过。我用这个反应合成了十几个化合物,用DFT计算了过渡态、IRC、活化能等,分析了各种因素对反应收率的影响。
感觉这篇文章实验与计算两方面重要性差不多,没法说侧重哪一个。。。

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发表于 2018-12-6 16:35:40 | 显示全部楼层
虽然B和C的意见看起来是矛盾的,但其实可能可以同时满足。

B说计算部分写的繁琐、不一定是写的“太长”。有可能只是他觉得计算没有提供一般有机化学想不到的问题。现在确实有一些文章做的计算会用语言再把图上的东西描述一遍:“中间体XX比原料能量高XX kJ/mol,过渡态比中间体高XX kJ/mol,键长是多少多少......”,但是却没有新的东西,化学直觉都能预料得到,计算没有给出新的insight,这样可能这样就让人觉得“繁琐”、“没必要写”。

如果先使得语言描述简练一些,突出重点;再像C说的那样做一些分析,说不定能提供新的见解;这样即使篇幅比原来长,也不违背B表示不用那么繁琐的意见。

不过我没看过文章和完整的审稿意见,不知道是不是这样的情况。

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 楼主| 发表于 2018-12-6 16:52:43 | 显示全部楼层
liyuanhe211 发表于 2018-12-6 16:35
虽然B和C的意见看起来是矛盾的,但其实可能可以同时满足。

B说计算部分写的繁琐、不一定是写的“太长” ...

您说得对,其实基本上就是您描述的那样。
能请您解释一下该怎么满足C的要求吗?我现在也没有搞清楚什么是reactivity descriptor,该怎么分析

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发表于 2018-12-6 20:57:37 | 显示全部楼层
霜晨月 发表于 2018-12-6 16:52
您说得对,其实基本上就是您描述的那样。
能请您解释一下该怎么满足C的要求吗?我现在也没有搞清楚什么 ...

让你分析这些反应能垒降低或升高的原因,增加电荷分析,波函数分析等来充分解释计算结果。
Monte Carlo

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发表于 2018-12-6 22:47:05 来自手机 | 显示全部楼层
反应性描述符一般指福井函数,双描述符,软度,化学势等等,和反应活性、反应位点有关

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 楼主| 发表于 2018-12-6 23:24:20 来自手机 | 显示全部楼层
谢谢老师。福井函数、双描述符这些名词我从前或许见过,但一点也不明白什么意思,要算的话更是不知如何下手。这本来是一个常见的SN2-like有机反应,只是反应底物比较新颖。能否跟审稿人argue说这个反应没必要算这些东西?

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 楼主| 发表于 2018-12-6 23:31:44 来自手机 | 显示全部楼层
另外这些内容基础班讲义应该是没有,如果需要计算的话,老师可否推荐一些可靠的tutorial或introduction?Thanks

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发表于 2018-12-7 02:18:07 | 显示全部楼层
本帖最后由 liyuanhe211 于 2018-12-7 02:20 编辑
霜晨月 发表于 2018-12-6 23:31
另外这些内容基础班讲义应该是没有,如果需要计算的话,老师可否推荐一些可靠的tutorial或introduction?Th ...

这是波函数分析的内容,用Multiwfn算,Multiwfn手册中有大量Tutorial,绝大多数算起来非常简单。

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发表于 2018-12-7 02:19:56 | 显示全部楼层
霜晨月 发表于 2018-12-6 23:24
谢谢老师。福井函数、双描述符这些名词我从前或许见过,但一点也不明白什么意思,要算的话更是不知如何下手 ...

Argue某一个描述符没用或许还可以,Argue“没有任何描述符/波函数分析方法对揭示反应的本质/能量差别的来源有帮助”是非常困难的。

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 楼主| 发表于 2018-12-9 21:21:45 | 显示全部楼层
liyuanhe211 发表于 2018-12-7 02:18
这是波函数分析的内容,用Multiwfn算,Multiwfn手册中有大量Tutorial,绝大多数算起来非常简单。

嗯,非常感谢李老师。正在学习中。

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发表于 2018-12-13 19:50:16 | 显示全部楼层
霜晨月 发表于 2018-12-6 23:31
另外这些内容基础班讲义应该是没有,如果需要计算的话,老师可否推荐一些可靠的tutorial或introduction?Th ...

讨论反应位点的方法看:
1 亲电取代反应中活性位点预测方法的比较(http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract28694.shtml)、Comparative study on the methods for predicting the reactive site of nucleophilic reaction(https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11426-015-5494-7
2 幻灯片:Predicting reactive sites(http://sobereva.com/234
3 Multiwfn手册4.A.4节
4 概念密度泛函综述和重要文献合集:http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=384


相关内容都是波函数分析与Multiwfn培训班里讲的
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
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 楼主| 发表于 2018-12-22 13:41:24 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-12-13 19:50
讨论反应位点的方法看:
1 亲电取代反应中活性位点预测方法的比较(http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abst ...

非常感谢Sob老师
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