肉桂酸与二邻甲苯胍的结合能在gaussian中该怎么输入？

比基尼

我想知道  gaussian的输入文件中  分子坐标 这一块该怎么查，还是说有其他方法？还有一个问题，假如要知道肉桂酸（CA）与二邻甲苯胍（DOTG）的结合能，在gaussian  中该怎么输入？

zjxitcc

能这么问，看来是新手了，离实现目标的距离不短。推荐一条稳妥的路子：
Step 1. 在chemdraw里使用Convert Name to Structure功能，英文名称越标准越好，即得到键线式。将其复制进chem3d，得到三维结构，另存为gjf文件，里面有坐标。
Step 2. 在高斯里选用合适的泛函、基组优化结构。你需要阅读sob老师关于泛函和基组的博文。
Step 3. 考虑结合能和BSSE校正等问题。你需要阅读sob老师的博文http://sobereva.com/46。

PS1：不要问我提到的这些软件怎么下载的，自己搜索；
PS2：不要问我相关博文去哪里找，自己搜索。
PS3：提问前先在论坛里搜索类似问题，往往有答案。

liyuanhe211

Chem3D从键线式的自动构建算法对稍微复杂一些的分子经常会给出一个只能优化到局域极小点的结构，如果发生了这样的情况，算出来的结果会是非常错误的。结合能的结构搭建或构象搜索需要仔细考虑其结合时的构象，包括侧链的构象、苯环的旋转等，否则极小点和最小点的能量差远大于方法的误差。

结合能要与实验对照的话注意羧酸的二聚。

sobereva

发帖前仔细阅读置顶的新人必读贴。

1 不要用过大的字号，给你改了

2 发帖时候看清楚板块再发，这是量化问题，为什么发到与此完全无关的 "分子模拟" - "资源分享" 版？给你移动了

3 注意求助帖应当在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”及具体内容（见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的标题“gaussian 的输入文件求助”改了，以后注意