Fe2(OH)3(NH3)6(2+)反铁磁性耦合计算问题

noraa · 发表于 Post on 2018-12-16 22:23:00

本帖最后由 noraa 于 2018-12-16 22:30 编辑

学习反铁磁性计算，在网上看到一篇：http://blog.sina.com.cn/s/blog_7fc1bcdf0102v7nt.html
所以重复一下这个计算，这设置片段进行破缺态初猜的时候遇到问题。。。。。。
化合物是Fe2(OH)3(NH3)6(2+)
片段设置如下图：

计算时出现错误：
Bad data into FinFrg.
Error termination via Lnk1e in /home/g09/l122.exe at Sat Dec 15 21:46:24 2018.
那篇文章提到5个片段应该是：

5个片段：

Fe(NH3)3(3+) S=5/2

Fe(NH3)3(2+) S=-2

OH-,OH-,OH- S=0

Total: S=7/2

感觉完全按照这个来设置的，不明白哪里出错了，请大家多多赐教，谢谢先！！！
附上输入文件：

Fe_BS09.gjf (2.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

sobereva · 发表于 Post on 2018-12-17 00:02:59

甭看那文章，乱七八糟
你的片段初猜设定很不合理
仔细看
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82

实例看

noraa · 发表于 Post on 2019-5-21 09:56:38

sobereva 发表于 2018-12-17 00:02
甭看那文章，乱七八糟
你的片段初猜设定很不合理
仔细看

Sob老师，很抱歉这么久才又来回复这个帖子。您说的那部分我回去仔细看了，博文和基础班的资料都看了一下，计算自旋极化单重态应该没有问题了。但是，我这里还有几个问题想请您拨冗给解答一下，辛苦您啦！
1、3期基础班，我们做单点计算的时候有一个例子：SP\frag\Mn2

您这里没有给出两个Mn的价态，这里是不是不对的？还是设置与否都行？
2、在opt\ferredoxin的例子里面产生初猜时，片段是这么设定的 -2 1 3 6 3 -6 -8 1。想问您，在设置片段的时候，是否片段设置的加和结果，应该还前面设置的电荷及多重度一致？
即：-2,1；（3+3-8）,(6-6+1)。是不是有这样的要求？
3、回到我请教您的这个例子：Fe2(OH)3(NH3)6(2+)。如果要计算它的反铁磁性应该怎么算呢？我提问中提到出现了：Bad data into FinFrg.这个错误。我按照您说的片段划分，也是一样的结果。
我觉得主要问题可能是因为这里面的两个Fe，价态不同，一个2+价，一个3+价。网上找了一下,出现Bad data into FinFrg.的原因有这么段解释:According to the Gaussian source code this error occurs while finalizing the guess for a fragment by orthogonalization and when the dimensions are for two fragments are mismatching. 应该是两个片段大小不同导致的吧？是不是Gaussian不适合计算此类问题还是要用别的方法？
本来想着不理了，但是有点耿耿于怀，想Sob老师能有空的时候给解答一下，周围实在无人可问。。。
另外，我找了两篇相关的文献附在后面，您看一下。

ic034716h.pdf (153.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

ja973497u.pdf (308.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-22 06:52:11

noraa 发表于 2019-5-21 09:56
Sob老师，很抱歉这么久才又来回复这个帖子。您说的那部分我回去仔细看了，博文和基础班的资料都看了一下 ...

1 没必要那么讲究，毕竟只是提供个初猜而已，只要大致靠谱，自然而然就能收敛到实际波函数，不放心就stable测一下

2 电荷是那么来的
而自旋多重度，应当是对每个电子数的alpha电子数相加、beta电子数也相加，从而得到整体的alpha和beta电子数，这应当与对整体设的自旋多重度的情况相同

3 不用太关注价这个东西。片段设定也别那么琐碎，设得多反倒容易手误写错

CCCC · 发表于 Post on 2019-11-4 11:03:23

sobereva 发表于 2018-12-17 00:02
甭看那文章，乱七八糟
你的片段初猜设定很不合理
仔细看

请问老师，
1.在设置自旋多重度时，这里的正/负仅代表alpha/beta?
2.如果计算出来的自旋的结果仍然不是我想要的，还需怎样调整，或者我设定的自旋并不是合理的，需要重新设置？

zjxitcc · 发表于 Post on 2019-11-4 11:32:10

CCCC 发表于 2019-11-4 11:03
请问老师，
1.在设置自旋多重度时，这里的正/负仅代表alpha/beta?
2.如果计算出来的自旋的结果仍然不是 ...

复杂过渡金属化合物有不止一种片段划分方式，三四种划分方式都不奇怪，都应该算一下，结果有些会不一样，有时候意外发现更低能量的解。还有每次算完一定要检验波函数稳定性。

CCCC · 发表于 Post on 2019-11-4 12:54:15

zjxitcc 发表于 2019-11-4 11:32
复杂过渡金属化合物有不止一种片段划分方式，三四种划分方式都不奇怪，都应该算一下，结果有些会不一样， ...

检查波函数稳定性指的是stable=opt吗？

zjxitcc · 发表于 Post on 2019-11-4 13:12:05

CCCC 发表于 2019-11-4 12:54
检查波函数稳定性指的是stable=opt吗？

是的。

正/负仅代表alpha/beta，是的。

CCCC · 发表于 Post on 2019-11-4 13:31:28

zjxitcc 发表于 2019-11-4 13:12
是的。

正/负仅代表alpha/beta，是的。

还有一个问题请教一下，Sob老师这个步骤PPT片子里的stable.gjf中的关键词stable和stable=opt的区别是什么？

zjxitcc · 发表于 Post on 2019-11-4 14:15:32

本帖最后由 zjxitcc 于 2019-11-4 14:16 编辑

CCCC 发表于 2019-11-4 13:31
还有一个问题请教一下，Sob老师这个步骤PPT片子里的stable.gjf中的关键词stable和stable=opt的区别是什么 ...

stable只检测稳定性，stable=opt先检测稳定性，若稳定则停、若不稳定则继续优化轨道至波函数稳定。

简单问题自己看看高斯官网手册http://gaussian.com/stable就知道了，回答者也是看手册过来的，也不是天生知道这些。

CCCC · 发表于 Post on 2019-11-4 15:56:50

zjxitcc 发表于 2019-11-4 14:15
stable只检测稳定性，stable=opt先检测稳定性，若稳定则停、若不稳定则继续优化轨道至波函数稳定。

简 ...

好的谢谢

shaoyueyue · 发表于 Post on 2022-11-8 13:28:49

sobereva 发表于 2018-12-17 00:02
甭看那文章，乱七八糟
你的片段初猜设定很不合理
仔细看

老师好，麻烦请问是否可以给一下第三步那个关于对称破缺态做几何优化和振动分析的文件？谢谢老师！

ChemG · 发表于 Post on 2022-11-8 16:17:27

shaoyueyue 发表于 2022-11-8 13:28
老师好，麻烦请问是否可以给一下第三步那个关于对称破缺态做几何优化和振动分析的文件？谢谢老师！

自己按照 http://sobereva.com/82 博文的方法走一遍很快就出来了，双核铁离子水合物就行[Fe2(μ-OH)2(H2O)8]4+。
后面的计算读取之前的波函数就行，比如第三步
%chk=初猜波函数名.chk
#p guess=read geom=check PBE1PBE 6-31G* opt freq

btm · 发表于 Post on 2023-5-9 08:44:34

sobereva 发表于 2019-5-22 06:52
1 没必要那么讲究，毕竟只是提供个初猜而已，只要大致靠谱，自然而然就能收敛到实际波函数，不放心就stab ...

老师预期反应会含有自旋极化单重态的过渡态，可以在柔性扫描时读取稳定波函数吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-10 21:48:59

btm 发表于 2023-5-9 08:44
老师预期反应会含有自旋极化单重态的过渡态，可以在柔性扫描时读取稳定波函数吗？

可以

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