分子轨道太复杂了, 能否从中间剖开看

bay618 · 发表于 Post on 2015-5-25 15:54:15

本帖最后由 bay618 于 2015-5-25 15:58 编辑

请教sobereva 老师和各位网友,
我手上有小分子吸附在CNT 内部的复合物, 吸附能很强, Orbital composition analysis 找到HOMO 附近一条有明显作用的轨道
2D 等高线图可以画出清晰的图. 我想画一个好看点的立体图, 但画出来效果如下, 内部的轨道根本看不到. 表面用半透明材质效果更差.
问一下有没有办法可以从中间剖开看, 或是其他好办法. gview 或 vmd 能实现最好, 其他方法也可以.

先谢过

卡开发发 · 发表于 Post on 2015-5-25 15:59:03

Gview应该可以，Display format-surface-(Z-clip)，不知道是不是你想要的。

bay618 · 发表于 Post on 2015-5-25 16:06:50

卡开发发发表于 2015-5-25 15:59
Gview应该可以，Display format-surface-(Z-clip)，不知道是不是你想要的。

对对, 这样可以用, 谢谢哈.
不过这时剖面是否只能平行于屏幕, 内外壁的区分也不明显, 依然不是非常清晰. 如果角度和材质光线能调节就好了

wull · 发表于 Post on 2015-5-25 21:57:09

可以只显示一种电性？

bay618 · 发表于 Post on 2015-5-25 23:22:43

wull 发表于 2015-5-25 21:57
可以只显示一种电性？

是这样吗, 试了一下仍然不行, 外面还是把里面的细节给全部挡住了.

sobereva · 发表于 Post on 2015-5-25 23:31:07

用VMD的Extensions-Visualization-Clipping plane tool
假设Z轴是纳米管的轴，这么设

结果

bay618 · 发表于 Post on 2015-5-26 12:28:34

sobereva 发表于 2015-5-25 23:31
用VMD的Extensions-Visualization-Clipping plane tool
假设Z轴是纳米管的轴，这么设

正是这样的, 谢谢博学多识才貌双绝扶贫扶弱古道热肠的sob老师.

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