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[VASP] Vasp算过渡态正常收敛的结果文件是什么样子?

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发表于 2018-12-28 00:18:52 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 chenxiankai 于 2018-12-28 01:36 编辑

最近用vasp CI-NEB 算C-C 耦合过渡态 算了好久能量变化一直不变  一点都没变 就这样一直算下去么啊? 想知道什么样是完成一个过渡态寻找的正常结果文件? 希望好心人的指导  非常感谢
   $YGD_GTR(E4@FQB]1_7NF{M.png D1~71}EKHS6F~O@81_JM7PV.png

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发表于 2019-1-8 16:29:18 | 显示全部楼层
你的CI-neb都没有编译成功吧,不然用neb.ef输出第二列应该是有原子受力的值得,你的全是0

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发表于 2019-1-8 16:30:36 | 显示全部楼层
夜夜衣 发表于 2019-1-8 16:29
你的CI-neb都没有编译成功吧,不然用neb.ef输出第二列应该是有原子受力的值得,你的全是0

或者你的CI-NEB编译成功了,但是提交任务的脚本还是用的旧的,这样也掉用不了新编译了CI-NEB的vasp

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发表于 2019-1-8 19:43:35 | 显示全部楼层
看任意一个文件夹的OSIZCAR,如果迭代步数等于你设置的最大步数,肯定没收敛。选取能量最大值的CONTCAR,验证频率,检查是否找到过渡态。

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 楼主| 发表于 2019-1-11 23:29:36 | 显示全部楼层
夜夜衣 发表于 2019-1-8 16:29
你的CI-neb都没有编译成功吧,不然用neb.ef输出第二列应该是有原子受力的值得,你的全是0

非常感谢你的回复 你是对的 我的脚本里没有调用vasp-vtst 我找了一下vasp-vtst所在的路径加入了脚本中的倒数第二行, 麻烦帮我看一下我的脚本调用的对不对 多谢!
#PBS -e vasp.err
#PBS -M dandan.zhang@chemistry.gatech.edu
#PBS -l select=ncpus=1024
#PBS -l walltime=10:00:00
#PBS -N
#PBS -l job_type=MPI
cd $HOME/

cp INCAR KPOINTS POSCAR POTCAR $WORKDIR/

cd $WORKDIR/

# Specifies version and number of processors for vasp wrapper script
setenv VASP_NPROCS 1024

#source $MODULESHOME/init/sh
module use /app/restricted/VASP/modulefiles
module load /app/restricted/VASP/modulefiles/VASP/5.5.3

/app/restricted/VASP/bin/vasp-vtst

cp * $HOME/VASP/Hong/Br_i/CI-3

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 楼主| 发表于 2019-1-11 23:33:25 | 显示全部楼层
archer 发表于 2019-1-8 19:43
看任意一个文件夹的OSIZCAR,如果迭代步数等于你设置的最大步数,肯定没收敛。选取能量最大值的CONTCAR,验 ...

非常感谢你的回复 验证频率要怎么验证呢 是用这个CONTCAR做POSCAR 之后再INCAR中改关键字就行了么啊  另外 我的体系体积比较大 有一百多个金属原子的表面  算频率是不是会非常耗时 第一次做 什么都不懂 还请多多指教 !

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发表于 3 天前 | 显示全部楼层
chenxiankai 发表于 2019-1-11 23:29
非常感谢你的回复 你是对的 我的脚本里没有调用vasp-vtst 我找了一下vasp-vtst所在的路径加入 ...

脚本这个不太会,得找专业人士,验证频率就对能量最高的image中对应的CONTAR,进行频率计算,如果只有唯一一个大虚频, 构型也看着像过渡态 就可以认为是过渡态了。复杂的过渡态,建议IOPT= 7  不会有太大的震荡  ediffg=-0.05甚至-0.1,等收敛了再算频率

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发表于 3 天前 来自手机 | 显示全部楼层
夜夜衣 发表于 2019-1-17 16:53
脚本这个不太会,得找专业人士,验证频率就对能量最高的image中对应的CONTAR,进行频率计算,如果只有唯 ...

这个力收敛的精度有些太粗糙了吧?

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发表于 3 天前 | 显示全部楼层
granvia 发表于 2019-1-17 17:47
这个力收敛的精度有些太粗糙了吧?

简单的没必要这么粗糙,但是如果neb计算保持和优化的收敛力一样的话,比如-0.02,几百步都不会收敛,太浪费时间了,我的经验是在最高的能量最高的像点的原子受力在0.05左右就停止计算了,拿出来算频率,基本就只有一个大虚频,如果还有个稍大点的在100cm-1以下我也就不考虑了,看看震动模式,符合我的预期基本就确定了,还有更大的超过100cm-1我就会考虑用dimer继续算,这样节省资源,他的这个体系大 全是金属原子,力收敛设置的太精确基本不会收敛的,不过按这个哥们以前的回答是个土豪 NEB用上千个节点算的,我的担心多余了。

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发表于 3 天前 来自手机 | 显示全部楼层
夜夜衣 发表于 2019-1-17 19:06
简单的没必要这么粗糙,但是如果neb计算保持和优化的收敛力一样的话,比如-0.02,几百步都不会收敛,太浪 ...

理解。就更甭提用IRC确定反应路径了吧。很多第一性原理算的反应能发很牛的杂志,但里面的模拟结果我一般都不太信。
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