GROMACS的安装方法（含全程视频演示）

Accelerator

使用较新版本gcc编译gmx 2018时，编译过程中不会报错，gmx --version能正常显示，但运行gmx grompp或任何其他命令时都会报错Stack smashing detected。我折腾了很久，最后是让Claude code给我安装，才知道是gcc版本问题，使用以下解决办法编译出来的程序可以顺利运行计算任务：
cmake一步要写：
cmake .. \
    -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/xxx \  # 替换为你想要的安装路径
    -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=OFF \                         # 使用系统FFTW，避免下载失败
    -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF \                         # 不添加版本后缀，二进制直接叫gmx
    -DCMAKE_C_FLAGS="-fno-stack-protector" \           # 关闭C栈保护，修复运行时栈溢出
    -DCMAKE_CXX_FLAGS="-fno-stack-protector -include cstdint -include limits" \  #
  C++关闭栈保护+全局包含缺失头文件
    -DCMAKE_POLICY_VERSION_MINIMUM=3.5                 # 兼容旧版CMake配置

Claude code用于自动配环境、装软件、排各种编译问题很好用。

resp

sob老师安装cmake的一步有些问题，如果系统里面已经有了老版本的cmake，文中 export PATH=$PATH:/sob/cmake3/bin命令会让系统还是优先找原先路径老版本的cmake，换成export PATH=/sob/cmake3/bin:PATH 后才会优先按照新路径找新安装的cmake

sobereva

resp 发表于 2026-3-19 19:45
sob老师安装cmake的一步有些问题，如果系统里面已经有了老版本的cmake，文中 export PATH=$PATH:/sob/cmake ...

这不是问题，而是特例
应当是export PATH=/sob/cmake3/bin:$PATH

resp

ok，谢谢sob老师

Ericbai

sob老师我在输入这两段时，显示如下错误，求助
$ export CMAKE_PREFIX_PATH=/sob/fftw338
$ cmake3 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/sob/gmx2018.8
-- The CXX compiler identification is unknown
CMake Error at CMakeLists.txt:41 (project):
  No CMAKE_CXX_COMPILER could be found.

  Tell CMake where to find the compiler by setting either the environment
  variable "CXX" or the CMake cache entry CMAKE_CXX_COMPILER to the full path
  to the compiler, or to the compiler name if it is in the PATH.


-- Configuring incomplete, errors occurred!
See also "/home/dabai/sob/gromacs-2018.8/build/CMakeFiles/CMakeOutput.log".
See also "/home/dabai/sob/gromacs-2018.8/build/CMakeFiles/CMakeError.log".

student0618

Ericbai 发表于 2026-4-10 14:14
sob老师我在输入这两段时，显示如下错误，求助
$ export CMAKE_PREFIX_PATH=/sob/fftw338
$ cmake3 .. -D ...

export的path要写对，检查清楚用到的文件和库放在哪。