GROMACS的安装方法（含全程视频演示）

neocc · 发表于 Post on 2022-3-8 13:14:28

请问社长，ubuntu2004里面安装gromacs-2020.6，在make install的时候报错是怎么回事呢？gcc版本太高了？

...
...
...
/home/xx/anaconda3/envs/cp2k/x86_64-conda-linux-gnu/include/c++/9.3.0/optional(1230): error: too few template parameters -- does not match previous declaration (declared
/home/xx/anaconda3/envs/cp2k/x86_64-conda-linux-gnu/include/c++/9.3.0/array(243): here)

/home/xx/anaconda3/envs/cp2k/x86_64-conda-linux-gnu/include/c++/9.3.0/optional(1230): error: expected a ";"

/home/xx/anaconda3/envs/cp2k/x86_64-conda-linux-gnu/include/c++/9.3.0/bits/unordered_map.h(1151): error: argument list for class template "std::unordered_map" is missing

/home/xx/anaconda3/envs/cp2k/x86_64-conda-linux-gnu/include/c++/9.3.0/bits/unordered_map.h(1151): error: expected a ")"

/home/xx/anaconda3/envs/cp2k/x86_64-conda-linux-gnu/include/c++/9.3.0/bits/unordered_map.h(1151): error: template parameter "_InputIterator" may not be redeclared in this scope

/home/xx/anaconda3/envs/cp2k/x86_64-conda-linux-gnu/include/c++/9.3.0/bits/unordered_map.h(1152): error: expected a ";"

/home/xx/anaconda3/envs/cp2k/x86_64-conda-linux-gnu/include/c++/9.3.0/bits/unordered_map.h(1164): error: argument list for class template "std::unordered_map" is missing

Error limit reached.
100 errors detected in the compilation of "/opt/softs/gromacs-2020.6/src/gromacs/nbnxm/cuda/nbnxm_cuda.cu".
Compilation terminated.
CMake Error at libgromacs_generated_nbnxm_cuda.cu.o.Release.cmake:280 (message):
Error generating file
/opt/softs/gromacs-2020.6/build/src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/nbnxm/cuda/./libgromacs_generated_nbnxm_cuda.cu.o

make[2]: *** [src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/build.make:65: src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/nbnxm/cuda/libgromacs_generated_nbnxm_cuda.cu.o] Error 1
make[1]: *** [CMakeFiles/Makefile2:4200: src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/all] Error 2
make: *** [Makefile:163: all] Error 2

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-9 05:01:25

neocc 发表于 2022-3-8 13:14
请问社长，ubuntu2004里面安装gromacs-2020.6，在make install的时候报错是怎么回事呢？gcc版本太高了？

...

我不用Ubuntu

陈小黑啊啊啊 · 发表于 Post on 2022-3-10 10:54:15

感谢大神分享，我按照这个教程安装时遇到了Gromacs安装到100%后卡住的问题。请问如何解决啊。系统是CentOS 7.6

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-10 21:56:49

陈小黑啊啊啊发表于 2022-3-10 10:54
感谢大神分享，我按照这个教程安装时遇到了Gromacs安装到100%后卡住的问题。请问如何解决啊。系统是CentOS ...

如果用了make -j，去掉-j

royce77 · 发表于 Post on 2022-3-15 13:57:31

sob老师好，我根据帖子内容安装了cmake和fftw库后，在安装gromacs时，进行到 cmake3 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/sob/gmx2018.8顺利结束后，进行make install -j时报错，小白刚开始还请帮忙看一下，非常感谢

-- Build files have been written to: /sob/gromacs-2018.8/build
[root@localhost build]# make install -j

报错如下：
nvcc fatal : Unsupported gpu architecture 'compute_30'
CMake Error at libgromacs_generated_nbnxn_cuda.cu.o.Release.cmake:220 (message):
Error generating
/sob/gromacs-2018.8/build/src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/mdlib/nbnxn_cuda/./libgromacs_generated_nbnxn_cuda.cu.o

make[2]: *** [src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/mdlib/nbnxn_cuda/libgromacs_generated_nbnxn_cuda.cu.o] Error 1
make[1]: *** [src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/all] Error 2
make: *** [all] Error 2

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-15 14:27:34

royce77 发表于 2022-3-15 13:57
sob老师好，我根据帖子内容安装了cmake和fftw库后，在安装gromacs时，进行到 cmake3 .. -DCMAKE_INSTALL_PR ...

如果你要GPU加速，应当用>=2020版，速度更快，支持更新的硬件

peixing · 发表于 Post on 2022-5-19 17:20:10

liuyjhx 发表于 2019-9-28 08:59
老师请问我安装中出现下面问题应该怎么解决？
[root@localhost build]# cmake3 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX ...

你好，我也遇到了同样的问题，你怎么解决的啊

peixing · 发表于 Post on 2022-5-19 17:45:34

sobereva 发表于 2019-11-4 09:48
看不懂你的意思
这都是linux的基础问题，熟悉linux自然根据实际情况就知道怎么回事

老师您好，我也遇到了这个问题，严格按照教程操作了，加了一个GPU加速的指令，这个报错怎么解决啊
Checking for module 'fftw3f'
-- No package 'fftw3f' found
-- pkg-config could not detect fftw3f, trying generic detection
Could not find fftw3f library named libfftw3f, please specify its location in CMAKE_PREFIX_PATH or FFTWF_LIBRARY by hand (e.g. -DFFTWF_LIBRARY='/path/to/libfftw3f.so')
CMake Error at cmake/gmxManageFFTLibraries.cmake:89 (MESSAGE):
  Cannot find FFTW 3 (with correct precision - libfftw3f for mixed-precision
  GROMACS or libfftw3 for double-precision GROMACS).  Either choose the right
  precision, choose another FFT(W) library (-DGMX_FFT_LIBRARY), enable the
  advanced option to let GROMACS build FFTW 3 for you
  (-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON), or use the really slow GROMACS built-in fftpack
  library (-DGMX_FFT_LIBRARY=fftpack).
Call Stack (most recent call first):
  CMakeLists.txt:743 (include)

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-19 22:45:50

peixing 发表于 2022-5-19 17:45
老师您好，我也遇到了这个问题，严格按照教程操作了，加了一个GPU加速的指令，这个报错怎么解决啊
Check ...

FFTW编译问题，仔细结合博文检查

Rosefinch · 发表于 Post on 2022-9-25 16:53:03

本帖最后由 Rosefinch 于 2022-9-26 13:26 编辑

sob老师，我在我们学校服务器自己课题组的分区里安装最新版的gromacs-2022.3，于是升级了最新的gcc12.2，接着安装了最新的cmake3.24，在编译gromacs时出现了如下报错：
我的命令是：cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/share/home/msxrmiao/software/gmx2022.3 -DGMX_GPU=CUDA -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/share/home/msxrmiao/software/cuda-11
请问老师该如何解决？

Rosefinch · 发表于 Post on 2022-10-8 21:38:06

本帖最后由 Rosefinch 于 2022-10-8 21:39 编辑

Rosefinch 发表于 2022-9-25 16:53
sob老师，我在我们学校服务器自己课题组的分区里安装最新版的gromacs-2022.3，于是升级了最新的gcc12.2，接 ...

亲测CentOS7.6环境下，利用该方法可以编译安装支持CUDA的最新版gromacs-2022.3（gcc9.4.0和cmake3.21.7）

Krg-frank · 发表于 Post on 2022-12-23 11:31:04

本帖最后由 Krg-frank 于 2022-12-23 11:46 编辑

gromacs centos 安装内存不足
win11 centos7 64位 VMware16
自己按照教程来输入的命令，cmake3安装正常，fftw安装也正常
但是最后gmx --version的时候查不到
自己把gaomacs整个文件删了又重新解压，编译
结果在make install -j 的时候报错了

自己删了之后，又重启了一下系统，在编译的时候还是报这个内存不足的错，是不是要常见swap分区啊？
关于cmake3，gcc，python的版本

虚拟机的内存信息

请教一下各位，有没有人遇见过这样的问题，望指教，感谢！

Krg-frank · 发表于 Post on 2022-12-23 17:17:11

安装gromacs fftw3f bug
win11 vmware16 centos7 64bit
fftw安装后的结果是

没有管，继续进行gromacs安装
下载压缩文件，解压
mkdir build
export CMAKE_PREFIX_PATH=/SOB/FFTW338
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/sob/gmx2018.8
编译后的结果是

unravel · 发表于 Post on 2023-2-17 00:35:39

sob老师我在编译fftw的时候一直不出现fftw338的目录怎么办？

unravel · 发表于 Post on 2023-2-17 01:35:26

make[2]: *** [src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/utility/keyvaluetreetransform.cpp.o] 错误 4
make[2]: *** 正在等待未完成的任务....
c++: 编译器内部错误：已杀死(程序 cc1plus)
Please submit a full bug report,
with preprocessed source if appropriate.
See <http://bugzilla.redhat.com/bugzilla> for instructions.
make[2]: *** [src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/fileio/checkpoint.cpp.o] 错误 4
make[1]: *** [src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/all] 错误 2
make: *** [all] 错误 2

sob老师这是什么情况呢

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