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[Linux] 求脚本:同时向n个nodes提交并执行当前目录下所有Gaussian输入文件

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发表于 2019-1-7 11:42:36 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 yihanxu 于 2019-1-7 20:58 编辑

老师好,大家好,

学校可能有几个空闲的nodes,一个node计算一个Gaussian任务,而我有一些个Gaussian任务,可不可以请问一下同时提交这些任务到nodes上计算的脚本?nodes不够的话排队等候下个空闲的node就好。

感谢!


你看这巍巍高山延绵不绝,正如人生负重前行。

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发表于 2019-1-7 13:39:28 | 显示全部楼层
请尽量在标题,至少是帖子内容里体现求助的脚本到底是什么内容、什么的脚本、是干什么的,免得别人下载后才知道
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 楼主| 发表于 2019-1-7 16:21:09 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-1-6 23:39
请尽量在标题,至少是帖子内容里体现求助的脚本到底是什么内容、什么的脚本、是干什么的,免得别人下载后才 ...

好的老师
你看这巍巍高山延绵不绝,正如人生负重前行。

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 楼主| 发表于 2019-1-7 16:33:59 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-1-6 23:39
请尽量在标题,至少是帖子内容里体现求助的脚本到底是什么内容、什么的脚本、是干什么的,免得别人下载后才 ...

老师好,可以请您帮忙删除附件吗,谢谢
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发表于 2019-1-7 23:31:48 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-1-7 16:33
老师好,可以请您帮忙删除附件吗,谢谢

编辑帖子,自行就可以删除
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 楼主| 发表于 2019-1-9 09:27:10 | 显示全部楼层
@sobereva 老师好,您写的“一次性执行当前目录下所有Gaussian输入文件”的脚本和命令(如下)可以把所有输入文件分别投到不同的nodes上同时计算吗?谢谢
#!/bin/bash
for inf in *.gjf
do
echo Running ${inf} ...
time g09 < ${inf} > ${inf//gjf/out}
echo ${inf} is finished
echo
done
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发表于 2019-2-2 08:11:11 | 显示全部楼层
需要知道你学校集群用的具体作业管理系统之后才知道怎么批量提交,一般是PBS,LSF,SLURM。

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 楼主| 发表于 2019-2-2 09:12:12 | 显示全部楼层
gkxiao 发表于 2019-2-1 18:11
需要知道你学校集群用的具体作业管理系统之后才知道怎么批量提交,一般是PBS,LSF,SLURM。

是slurm,谢谢
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发表于 2019-2-2 20:43:26 | 显示全部楼层
本帖最后由 gkxiao 于 2019-2-2 20:49 编辑

假设:(1)你的Gaussian作业是foo.com;(2)你的集群每个节点24核心,你每次计算用24核心并行计算;(3)假设你每个作业使用96GB内存; (3)假设G09所需的环境变量已经启用(登录既启用模式)并且$g09root/g09加到PATH路径,用slurm提交作作业:

  1. #单个作业
  2. srun -N 1 -n 24 g09 -m=96GB -p=24 foo.com

  3. #多个.com的作业(其它的情况类推)
  4. for file in *.com
  5. do
  6. srun -N 1 -n 24 g09 -m=96GB -p=24 $file
  7. done
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 楼主| 发表于 7 天前 | 显示全部楼层
gkxiao 发表于 2019-2-2 06:43
假设:(1)你的Gaussian作业是foo.com;(2)你的集群每个节点24核心,你每次计算用24核心并行计算;(3) ...

您好,谢谢回复。但我是想每次用10个节点同时计算十个任务,请问怎么弄呢?谢谢。
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