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[分子对接] 分子对接的配体在对接前有必要用量化的方法优化吗?

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发表于 2019-1-9 21:12:45 | 显示全部楼层 |阅读模式
因为量化opt的话,只是寻找相对的最低能构象吧?对于键长和键角会有一些调整。
但是分子对接的话,优化过后的小分子结构也许并不对应其与大分子结合后的最低能构象,而且对于一些可旋转的键,其角度也会根据口袋的大小发生变化,所以在作分子对接的时候,有必要对小分子进行结构上的优化吗?

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发表于 2019-1-9 22:09:05 | 显示全部楼层
看具体情况,如果初始结构可能太糟糕,比如某些键长键角明显不合理,那也最好优化一下。用半经验,哪怕优化上百原子体系也就一两分钟的事,用xtb优化甚至耗时更低,如果用MMFF94之类力场优化也就是几秒钟的事(用openbabel可以很方便地批处理),何乐而不为。
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发表于 2019-1-10 15:22:30 | 显示全部楼层
(1)分子对接前,受体和配体都是需要进行处理的,如加氢、去水、质子化、补全loop等
(2)小分子的结构是否需要量子力学进行优化,这得看你分子对接所使用的算法是什么?分子对接的目的是什么?通常,分子对接都会产生数个不同的分子构象。当然,你也可以设置,让对接算法就按照你提供的初始构象进行对接

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 楼主| 发表于 2019-1-10 19:32:29 | 显示全部楼层
Chenglong_li 发表于 2019-1-10 15:22
(1)分子对接前,受体和配体都是需要进行处理的,如加氢、去水、质子化、补全loop等
(2)小分子的结构是否需 ...

哦哦,谢谢拉~第一步我可以在MGLtools里弄得好

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 楼主| 发表于 2019-1-10 19:33:19 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-1-9 22:09
看具体情况,如果初始结构可能太糟糕,比如某些键长键角明显不合理,那也最好优化一下。用半经验,哪怕优化 ...

谢谢社长大大,培训这么忙还能回答我的问题,真是非常感谢拉
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