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楼主 Author: yihanxu
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[综合交流] 请教:用DFT结合MD研究结合强度的思路是什么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-31 02:04:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yihanxu 于 2019-1-30 12:05 编辑
sobereva 发表于 2019-1-30 11:32
显式

可以做一些统计分析讨论,比如模拟过程中多硫离子与高分子的最近原子间距离随时间变化、距离分布 ...

谢谢老师,我想可以参考刚刚复习到的"蛋白质-配体复合物的模拟"吧,用的是显式的。
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发表于 Post on 2019-1-31 02:38:18 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2019-1-31 02:04
谢谢老师,我想可以参考刚刚复习到的"蛋白质-配体复合物的模拟"吧,用的是显式的。

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-31 03:50:26 | 只看该作者 Only view this author
老师好,请问该用什么做模型验证呢?
谢谢。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-4 15:07:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yihanxu 于 2019-2-8 23:19 编辑

老师好,如果一个5nm*5nm*5nm的盒子里按比例算出应该加一个高分子链,可不可以呢?会不会高分子链数太少不足以统计与分析?谢谢。
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发表于 Post on 2019-6-11 09:24:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-31 01:32
显式

可以做一些统计分析讨论,比如模拟过程中多硫离子与高分子的最近原子间距离随时间变化、距离分布 ...

DFT-MD过程中电子不是都是处于基态的么?那么如何用DFT-MD模拟得到极端条件下的离子构型,比如附件中用VASP模拟温稠密状态下铍的离子构型。

X-ray Thomson Scattering in Warm Dense Matter without the Chihara Decomposition.pdf

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发表于 Post on 2019-6-11 09:47:25 | 只看该作者 Only view this author
huangyoyo 发表于 2019-6-11 09:24
DFT-MD过程中电子不是都是处于基态的么?那么如何用DFT-MD模拟得到极端条件下的离子构型,比如附件中用VA ...

KS-DFT通常只能研究基态,但TDDFT可以研究激发态。文章我没仔细看,但貌似做了real-time TDDFT模拟。量化程序里octopus和NWChem也可以做real-time TDDFT的动力学

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发表于 Post on 2019-6-11 17:43:25 | 只看该作者 Only view this author
他看他文章的意思是用VASP做Ehrenfest molecular dynamics,然后把得到的离子构型做TDDFT计算。特别疑惑这种DFT-MD是如何描述温度或者压强导致的电离的。

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